Protein–RNA interactions for Protein: P20849

COL9A1, Collagen alpha-1(IX) chain, humanhuman

Predictions only

Length 921 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A1P20849 FAM49B-224ENST00000522941 1700 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 MCUR1-201ENST00000379170 5471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 CCT6A-202ENST00000335503 2529 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 NUTM2F-202ENST00000341207 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 NUTM2G-202ENST00000372322 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 UBAP1-203ENST00000379186 2524 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 ATP2A2-201ENST00000308664 4453 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 MFHAS1-201ENST00000276282 6414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 TCIRG1-201ENST00000265686 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 DNAJA4-206ENST00000446172 1399 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 SLC35E2B-204ENST00000614300 2156 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 CDC25B-204ENST00000379598 2990 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 WNT5B-202ENST00000397196 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 LGI3-201ENST00000306317 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 CNNM3-201ENST00000305510 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 ZIC1-201ENST00000282928 5241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 KAT7-213ENST00000510819 1769 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 ACOT12-201ENST00000307624 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 PGLYRP2-202ENST00000340880 2230 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 GSKIP-205ENST00000555181 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 SLC2A6-202ENST00000371899 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 NPTN-202ENST00000351217 2817 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 AC007040.2-201ENST00000606025 4170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 PABPC1L-201ENST00000217073 1851 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 CXCL6-201ENST00000226317 1718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 RHCE-201ENST00000294413 1591 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 C8orf74-201ENST00000304519 1036 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 HIST1H4J-201ENST00000355057 373 ntAPPRIS P1 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 EIF3B-201ENST00000360876 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 HIST3H3-201ENST00000366696 481 ntAPPRIS P1 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 PPOX-202ENST00000367999 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 PLK3-201ENST00000372201 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 CLIC1-206ENST00000375779 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 MIR769-201ENST00000390225 118 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 ANKDD1A-203ENST00000395723 1250 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 SETD7-203ENST00000406354 1127 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 MAGI2-AS3-208ENST00000446159 670 ntTSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 AC092910.3-201ENST00000484076 969 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 HNRNPA1P13-201ENST00000510646 963 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 AC022858.1-201ENST00000521685 685 ntTSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 TMEM5-AS1-201ENST00000546214 563 ntTSL 4 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 RARRES2P5-201ENST00000564013 466 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 NAA38-207ENST00000576861 556 ntTSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 COX6B1-204ENST00000592141 660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 AC011462.2-201ENST00000598887 344 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 AP001505.2-201ENST00000616815 443 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 AC233280.19-201ENST00000633223 136 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 AC233723.1-201ENST00000635921 386 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 PRPF39-201ENST00000355765 2868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 NBL1-213ENST00000622566 2109 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 USP25-204ENST00000400183 5341 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 TVP23C-201ENST00000225576 1527 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 AL589702.1-201ENST00000641229 1509 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 CD300LG-204ENST00000539718 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 HDAC10-201ENST00000216271 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 AL031731.1-201ENST00000642131 2094 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 AHCYL2-201ENST00000325006 5056 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 SNN-201ENST00000329565 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 TMEM263-204ENST00000548125 3349 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 HM13-202ENST00000340852 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 CD1E-212ENST00000368167 1458 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 B3GNT8-201ENST00000321702 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 ARCN1-203ENST00000392859 1709 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 SLFNL1-205ENST00000439569 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 LARGE2-201ENST00000325468 2522 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 ACTL9-201ENST00000324436 1426 ntAPPRIS P1 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 IGSF9B-206ENST00000533871 5050 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 THAP8-201ENST00000292894 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 ADSL-202ENST00000342312 1808 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 MAGEA2-201ENST00000595583 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 NOL4-211ENST00000589544 2221 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 TMEFF2-201ENST00000272771 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 Z97985.1-201ENST00000332270 946 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 TMEM254-204ENST00000372277 366 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 AC004973.1-201ENST00000413240 635 ntTSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 CYP46A4P-201ENST00000414953 267 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 SOCS2P1-201ENST00000417727 557 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 AC092614.1-201ENST00000419640 909 ntTSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 LINC01694-201ENST00000424569 821 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 AL162431.1-201ENST00000434447 543 ntTSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 AC244250.1-201ENST00000438185 451 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 AC099552.3-201ENST00000454149 367 ntTSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 PAQR9-AS1-203ENST00000497652 516 ntTSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 CSTF3-206ENST00000524827 693 ntTSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 AC061975.2-201ENST00000581722 295 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 UXT-AS1-202ENST00000591832 565 ntTSL 4 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 AL355974.2-201ENST00000614099 556 ntTSL 4 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 AL355974.2-202ENST00000617298 936 ntTSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 CBR3-AS1-213ENST00000623647 815 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 GLUD1P2-203ENST00000631118 486 ntTSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 TGIF1-205ENST00000401449 1670 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 PTGES3-201ENST00000262033 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 JAKMIP1-202ENST00000409021 2975 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 XRCC3-201ENST00000352127 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 ZDHHC2-201ENST00000262096 6377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 SLC12A5-210ENST00000616202 2445 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 SPATS1-201ENST00000288390 1354 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 MRGPRX3-201ENST00000396275 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 AL512625.3-203ENST00000445604 1602 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL9A1P20849 CLDN5-202ENST00000406028 2548 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.7 ms