Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 BMP2K-201ENST00000335016 3804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.64■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 CD1E-212ENST00000368167 1458 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 AL365203.3-201ENST00000609742 2057 ntBASIC18.64■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 MGEA5-202ENST00000361464 5155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 MEAF6-201ENST00000296214 1525 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 PRAG1-202ENST00000622241 4639 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.64■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 NUCB1-202ENST00000407032 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.64■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 CD34-202ENST00000356522 2874 ntTSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 ZNF574-202ENST00000359044 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 AL136982.4-201ENST00000437689 1740 ntBASIC18.63■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 WDR74-205ENST00000525752 1724 ntTSL 5 BASIC18.63■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 TXNDC2-204ENST00000536353 1703 ntTSL 5 BASIC18.63■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 ERICH5-201ENST00000318528 1761 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 LRRFIP2-205ENST00000421276 2522 ntTSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 AC112504.1-201ENST00000623415 1841 ntBASIC18.63■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 MAGI1-213ENST00000483466 4791 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 ZFAND5-204ENST00000376960 2686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 AC134407.2-201ENST00000625089 1978 ntBASIC18.63■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 NSFL1C-201ENST00000216879 3568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 AP003680.1-201ENST00000598970 3660 ntBASIC18.63■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 H2AFZ-201ENST00000296417 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 LSM1-201ENST00000311351 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 CCDC84-201ENST00000334418 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 IL32-205ENST00000396890 1067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 AL669831.5-201ENST00000434264 844 ntTSL 5 BASIC18.63■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 LINC01143-201ENST00000449073 625 ntTSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 AC092691.1-201ENST00000484092 554 ntTSL 4 BASIC18.63■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 IQSEC2-204ENST00000485377 835 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 IL32-233ENST00000552664 731 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC18.63■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 PAM16-215ENST00000577031 548 ntTSL 4 BASIC18.63■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 AL121832.1-201ENST00000615180 677 ntTSL 3 BASIC18.63■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 MIR6080-201ENST00000617359 66 ntBASIC18.63■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 AL157832.3-201ENST00000635764 1005 ntTSL 5 BASIC18.63■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 AHSA2-202ENST00000394457 6574 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 LINC02138-201ENST00000378340 1326 ntTSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 ZDHHC13-201ENST00000399351 2283 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 OTUB1-202ENST00000422031 2297 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.63■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 RASGRP2-201ENST00000354024 2310 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 RNLS-201ENST00000331772 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 DNAJC7-201ENST00000316603 1468 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 SRSF12-201ENST00000452027 3599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 SATB2-202ENST00000417098 5730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 CRK-202ENST00000398970 3675 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 ZSWIM8-223ENST00000605216 6004 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 PDE1C-201ENST00000321453 2898 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 FBLN1-202ENST00000327858 2896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 PRKD2-216ENST00000601806 2906 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.63■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 COBL-201ENST00000265136 5291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 MICALL2-201ENST00000297508 3121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 ABCC5-203ENST00000382494 1923 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 TRIM39-201ENST00000376656 3338 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 TTLL3-213ENST00000430793 2097 ntTSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 ARHGEF16-202ENST00000378373 2211 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 FEN1-201ENST00000305885 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 LFNG-205ENST00000402506 2268 ntTSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 FUT8-213ENST00000557164 2269 ntTSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 DLGAP1-220ENST00000581699 2258 ntTSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 VPS16-203ENST00000380469 2318 ntTSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 RSPO1-203ENST00000612451 2463 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 SDC4-201ENST00000372733 2613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 PSMG3-201ENST00000252329 1007 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.62■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 PLAC9P1-202ENST00000433290 400 ntTSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 BANF1P1-201ENST00000553684 263 ntBASIC18.62■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 LINC00473-203ENST00000581850 929 ntTSL 3 BASIC18.62■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 MIR4453-201ENST00000584019 89 ntBASIC18.62■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 AC003101.2-201ENST00000612557 442 ntBASIC18.62■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 HAUS2-211ENST00000639412 375 ntTSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 PITPNM1-201ENST00000356404 4225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 TMEM222-210ENST00000608611 1511 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 ITGA3-202ENST00000320031 4888 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 SIRT6-202ENST00000337491 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 GIT2-220ENST00000553118 2424 ntTSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 ATP6V0E2-212ENST00000611515 2565 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 APBB1-202ENST00000311051 2619 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 RUFY2-205ENST00000454950 2613 ntTSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 CD55-204ENST00000367064 2760 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 AGTPBP1-201ENST00000337006 4473 ntTSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 SURF4-209ENST00000618229 3200 ntTSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 GRAMD2B-217ENST00000515200 3109 ntTSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 SPCS2-201ENST00000263672 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 GFM1-208ENST00000478576 2147 ntTSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 ZNF398-203ENST00000483892 2121 ntTSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 TUBB3-201ENST00000315491 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 TP73-208ENST00000378295 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 ESR2-206ENST00000553796 1634 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 ELP4-219ENST00000639878 1583 ntTSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 KLK10-202ENST00000358789 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 ATG2A-203ENST00000421419 1481 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 PRRG2-201ENST00000246794 1404 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 GADD45B-201ENST00000215631 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 UPK2-201ENST00000264031 916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 CSNK1G2-AS1-201ENST00000314315 1252 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 FCN1-201ENST00000371806 1286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 ID3-201ENST00000374561 1251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 NRSN2-AS1-202ENST00000442637 762 ntTSL 3 BASIC18.61■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 PSMB5-204ENST00000460922 729 ntTSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 TMEM5-AS1-201ENST00000546214 563 ntTSL 4 BASIC18.61■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 AC093028.1-201ENST00000622998 982 ntBASIC18.61■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 DBI-212ENST00000627305 620 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 TSC2-204ENST00000401874 5421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 74.4 ms