Protein–RNA interactions for Protein: Q01081

U2AF1, Splicing factor U2AF 35 kDa subunit, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 240 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
U2AF1Q01081 PUM2-207ENST00000429419 547 ntTSL 57.2□□□□□ -1.263e-6■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 SLC25A36-213ENST00000514629 544 ntTSL 26.84□□□□□ -1.313e-6■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 UIMC1-210ENST00000510376 466 ntTSL 26.77□□□□□ -1.333e-6■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 HIF1A-210ENST00000557206 767 ntTSL 36.59□□□□□ -1.353e-6■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 PUM2-205ENST00000420234 562 ntTSL 56.16□□□□□ -1.423e-6■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 OPA1-215ENST00000483516 594 ntTSL 35.98□□□□□ -1.453e-6■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 HIF1A-201ENST00000323441 3555 ntTSL 1 (best) BASIC3.97□□□□□ -1.773e-6■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 HIF1A-212ENST00000557538 3468 ntTSL 1 (best) BASIC2.37□□□□□ -2.033e-6■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 HIF1A-204ENST00000539097 3956 ntTSL 1 (best) BASIC1.6□□□□□ -2.153e-6■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 PNISR-206ENST00000476159 537 ntTSL 36.99□□□□□ -1.291e-14■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 PNISR-203ENST00000460600 2178 ntTSL 26.69□□□□□ -1.341e-14■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 MGEA5-208ENST00000479811 695 ntTSL 514.5□□□□□ -0.091e-7■■■■□ 23.2
U2AF1Q01081 MGEA5-209ENST00000482611 1664 ntTSL 1 (best)7.89□□□□□ -1.151e-7■■■■□ 23.2
U2AF1Q01081 ENSA-205ENST00000361532 792 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.596e-15■■■■□ 23.1
U2AF1Q01081 ENSA-206ENST00000361631 725 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.36e-15■■■■□ 23.1
U2AF1Q01081 ENSA-208ENST00000369014 2085 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.446e-15■■■■□ 23.1
U2AF1Q01081 ENSA-202ENST00000339643 633 ntTSL 2 BASIC13.98□□□□□ -0.176e-15■■■■□ 23.1
U2AF1Q01081 ENSA-213ENST00000509582 716 ntTSL 312.98□□□□□ -0.336e-15■■■■□ 23.1
U2AF1Q01081 ENSA-209ENST00000369016 923 ntTSL 5 BASIC11.6□□□□□ -0.556e-15■■■■□ 23.1
U2AF1Q01081 ENSA-215ENST00000638926 360 ntTSL 5 BASIC9.67□□□□□ -0.866e-15■■■■□ 23.1
U2AF1Q01081 PCM1-204ENST00000517730 2536 ntTSL 1 (best)19■□□□□ 0.633e-6■■■■□ 23.1
U2AF1Q01081 PCM1-201ENST00000325083 6820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.413e-6■■■■□ 23.1
U2AF1Q01081 PCM1-202ENST00000327578 8287 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.313e-6■■■■□ 23.1
U2AF1Q01081 PCM1-212ENST00000519253 6443 ntTSL 1 (best) BASIC10.69□□□□□ -0.73e-6■■■■□ 23.1
U2AF1Q01081 PCM1-222ENST00000524226 5955 ntTSL 1 (best) BASIC3.25□□□□□ -1.893e-6■■■■□ 23.1
U2AF1Q01081 GANAB-206ENST00000526392 257 ntTSL 322.43■■□□□ 1.182e-7■■■■□ 23.1
U2AF1Q01081 GANAB-205ENST00000526210 533 ntTSL 421.14■□□□□ 0.972e-7■■■■□ 23.1
U2AF1Q01081 GANAB-209ENST00000529737 577 ntTSL 416.64■□□□□ 0.252e-7■■■■□ 23.1
U2AF1Q01081 GANAB-212ENST00000534419 640 ntTSL 414.91□□□□□ -0.022e-7■■■■□ 23.1
U2AF1Q01081 GFPT1-203ENST00000493759 524 ntTSL 54.57□□□□□ -1.682e-18■■■■□ 23.1
U2AF1Q01081 VAPA-205ENST00000578314 532 ntTSL 330.74■■■□□ 2.515e-7■■■■□ 23
U2AF1Q01081 WNK4-205ENST00000592072 1613 ntTSL 227.94■■■□□ 2.065e-7■■■■□ 23
U2AF1Q01081 WNK4-202ENST00000587705 586 ntTSL 423.68■■□□□ 1.385e-7■■■■□ 23
U2AF1Q01081 VAPA-204ENST00000577901 917 ntTSL 221.28■■□□□ 15e-7■■■■□ 23
U2AF1Q01081 NLGN2-201ENST00000302926 4642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.985e-7■■■■□ 23
U2AF1Q01081 VAPA-209ENST00000585042 567 ntTSL 420.04■□□□□ 0.85e-7■■■■□ 23
U2AF1Q01081 NEDD4L-238ENST00000635997 4402 ntTSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.575e-7■■■■□ 23
U2AF1Q01081 NEDD4L-220ENST00000587881 1984 ntTSL 518.46■□□□□ 0.555e-7■■■■□ 23
U2AF1Q01081 WNK4-204ENST00000591448 3909 ntTSL 1 (best)16.26■□□□□ 0.195e-7■■■■□ 23
U2AF1Q01081 NEDD4L-208ENST00000456173 4978 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.025e-7■■■■□ 23
U2AF1Q01081 WNK4-201ENST00000246914 4001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.025e-7■■■■□ 23
U2AF1Q01081 AKR1C3-209ENST00000605149 1405 ntTSL 2 BASIC14.93□□□□□ -0.025e-7■■■■□ 23
U2AF1Q01081 AKR1C3-202ENST00000439082 972 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.49□□□□□ -0.255e-7■■■■□ 23
U2AF1Q01081 NEDD4L-206ENST00000431212 3338 ntTSL 1 (best) BASIC12.92□□□□□ -0.345e-7■■■■□ 23
U2AF1Q01081 AKR1C3-201ENST00000380554 1807 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.59□□□□□ -0.395e-7■■■■□ 23
U2AF1Q01081 NEDD4L-203ENST00000357895 3543 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12□□□□□ -0.495e-7■■■■□ 23
U2AF1Q01081 NEDD4L-214ENST00000586263 3347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.12□□□□□ -0.635e-7■■■■□ 23
U2AF1Q01081 NEDD4L-230ENST00000590638 862 ntTSL 210.08□□□□□ -0.85e-7■■■■□ 23
U2AF1Q01081 NEDD4L-207ENST00000435432 3417 ntTSL 1 (best) BASIC9.82□□□□□ -0.845e-7■■■■□ 23
U2AF1Q01081 AKR1C3-208ENST00000603484 629 ntTSL 25.4□□□□□ -1.545e-7■■■■□ 23
U2AF1Q01081 PRRC2C-204ENST00000426496 10175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.321e-6■■■■□ 23
U2AF1Q01081 PRRC2C-201ENST00000338920 10355 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC9.87□□□□□ -0.831e-6■■■■□ 23
U2AF1Q01081 PRRC2C-202ENST00000367742 10366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC8.36□□□□□ -1.071e-6■■■■□ 23
U2AF1Q01081 TP53-219ENST00000610538 2580 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.215e-7■■■■□ 23
U2AF1Q01081 TP53-206ENST00000455263 2580 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.215e-7■■■■□ 23
U2AF1Q01081 TP53-204ENST00000420246 2653 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.085e-7■■■■□ 23
U2AF1Q01081 TP53-227ENST00000622645 2653 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.085e-7■■■■□ 23
U2AF1Q01081 TP53-202ENST00000359597 1152 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.085e-7■■■■□ 23
U2AF1Q01081 TP53-228ENST00000635293 1883 ntTSL 515.33■□□□□ 0.055e-7■■■■□ 23
U2AF1Q01081 TP53-218ENST00000610292 2639 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.025e-7■■■■□ 23
U2AF1Q01081 TP53-201ENST00000269305 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.025e-7■■■■□ 23
U2AF1Q01081 TP53-226ENST00000620739 2579 ntTSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.025e-7■■■■□ 23
U2AF1Q01081 TP53-203ENST00000413465 1018 ntTSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.065e-7■■■■□ 23
U2AF1Q01081 TP53-208ENST00000504290 2331 ntTSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.085e-7■■■■□ 23
U2AF1Q01081 TP53-220ENST00000610623 2331 ntTSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.085e-7■■■■□ 23
U2AF1Q01081 TP53-223ENST00000618944 2404 ntTSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.085e-7■■■■□ 23
U2AF1Q01081 TP53-213ENST00000510385 2404 ntTSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.085e-7■■■■□ 23
U2AF1Q01081 TP53-222ENST00000617185 2724 ntTSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.145e-7■■■■□ 23
U2AF1Q01081 TP53-224ENST00000619186 2271 ntTSL 1 (best) BASIC14.08□□□□□ -0.155e-7■■■■□ 23
U2AF1Q01081 TP53-209ENST00000504937 2271 ntTSL 1 (best) BASIC14.08□□□□□ -0.155e-7■■■■□ 23
U2AF1Q01081 TP53-225ENST00000619485 2506 ntTSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.35e-7■■■■□ 23
U2AF1Q01081 TP53-205ENST00000445888 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.35e-7■■■■□ 23
U2AF1Q01081 EIF4G2-229ENST00000534272 591 ntTSL 35.95□□□□□ -1.464e-8■■■■□ 23
U2AF1Q01081 EIF4G2-213ENST00000528839 702 ntTSL 55.95□□□□□ -1.464e-8■■■■□ 23
U2AF1Q01081 TIA1-219ENST00000496452 853 ntTSL 221.78■■□□□ 1.084e-8■■■■□ 23
U2AF1Q01081 GRB10-212ENST00000439044 733 ntTSL 529.63■■■□□ 2.334e-7■■■■□ 22.9
U2AF1Q01081 TP53BP1-217ENST00000605155 610 ntTSL 416.77■□□□□ 0.281e-12■■■■□ 22.9
U2AF1Q01081 TP53BP1-205ENST00000413546 3143 ntTSL 510.47□□□□□ -0.731e-12■■■■□ 22.9
U2AF1Q01081 TP53BP1-214ENST00000480860 586 ntTSL 37.48□□□□□ -1.211e-12■■■■□ 22.9
U2AF1Q01081 RXRB-204ENST00000483281 1977 ntTSL 527.61■■■□□ 2.012e-7■■■■□ 22.9
U2AF1Q01081 RXRB-202ENST00000374685 2846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.432e-7■■■■□ 22.9
U2AF1Q01081 RXRB-201ENST00000374680 2908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.152e-7■■■■□ 22.9
U2AF1Q01081 KIAA0907-203ENST00000368321 2947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.064e-8■■■■□ 22.9
U2AF1Q01081 KIAA0907-202ENST00000368320 4499 ntTSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.124e-8■■■■□ 22.9
U2AF1Q01081 KIAA0907-207ENST00000478002 1065 ntTSL 58.35□□□□□ -1.074e-8■■■■□ 22.9
U2AF1Q01081 TMEM59-201ENST00000234831 6691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.052e-16■■■■□ 22.9
U2AF1Q01081 TMEM59-204ENST00000371344 2473 ntTSL 2 BASIC9.42□□□□□ -0.92e-16■■■■□ 22.9
U2AF1Q01081 TMEM59-205ENST00000371348 1911 ntTSL 1 (best) BASIC3.52□□□□□ -1.852e-16■■■■□ 22.9
U2AF1Q01081 PARG-204ENST00000610922 1487 ntTSL 222.46■■□□□ 1.194e-6■■■■□ 22.9
U2AF1Q01081 PDSS2-201ENST00000369031 1236 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.034e-6■■■■□ 22.9
U2AF1Q01081 PARG-207ENST00000616448 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.024e-6■■■■□ 22.9
U2AF1Q01081 PARG-201ENST00000402038 4128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.024e-6■■■■□ 22.9
U2AF1Q01081 PARG-206ENST00000614063 3473 ntTSL 213.18□□□□□ -0.34e-6■■■■□ 22.9
U2AF1Q01081 PDSS2-202ENST00000369037 3540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.454e-6■■■■□ 22.9
U2AF1Q01081 GPCPD1-201ENST00000379019 5489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.22□□□□□ -0.932e-8■■■■□ 22.7
U2AF1Q01081 GPCPD1-205ENST00000481038 6649 ntTSL 25.34□□□□□ -1.552e-8■■■■□ 22.7
U2AF1Q01081 TP53BP1-210ENST00000450115 6179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.24□□□□□ -0.296e-7■■■■□ 22.7
U2AF1Q01081 TP53BP1-216ENST00000572085 5574 ntTSL 212.71□□□□□ -0.376e-7■■■■□ 22.7
U2AF1Q01081 TP53BP1-204ENST00000411772 3976 ntTSL 511.12□□□□□ -0.636e-7■■■■□ 22.7
U2AF1Q01081 TP53BP1-201ENST00000263801 6346 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.02□□□□□ -0.656e-7■■■■□ 22.7
Retrieved 100 of 10,096 protein–RNA pairs in 42.6 ms