Protein–RNA interactions for Protein: P35548

MSX2, Homeobox protein MSX-2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 267 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX2P35548 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
MSX2P35548 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
MSX2P35548 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
MSX2P35548 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
MSX2P35548 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
MSX2P35548 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
MSX2P35548 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
MSX2P35548 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
MSX2P35548 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
MSX2P35548 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSX2P35548 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSX2P35548 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSX2P35548 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
MSX2P35548 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSX2P35548 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSX2P35548 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSX2P35548 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSX2P35548 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSX2P35548 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSX2P35548 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSX2P35548 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSX2P35548 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSX2P35548 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSX2P35548 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSX2P35548 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSX2P35548 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSX2P35548 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
MSX2P35548 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
MSX2P35548 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
MSX2P35548 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
MSX2P35548 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
MSX2P35548 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
MSX2P35548 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
MSX2P35548 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
MSX2P35548 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
MSX2P35548 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
MSX2P35548 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
MSX2P35548 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
MSX2P35548 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
MSX2P35548 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
MSX2P35548 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
MSX2P35548 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
MSX2P35548 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
MSX2P35548 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC22.39■■□□□ 1.18
MSX2P35548 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
MSX2P35548 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
MSX2P35548 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
MSX2P35548 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
MSX2P35548 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
MSX2P35548 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
MSX2P35548 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
MSX2P35548 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
MSX2P35548 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
MSX2P35548 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
MSX2P35548 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
MSX2P35548 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
MSX2P35548 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
MSX2P35548 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
MSX2P35548 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
MSX2P35548 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
MSX2P35548 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
MSX2P35548 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
MSX2P35548 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
MSX2P35548 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
MSX2P35548 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
MSX2P35548 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
MSX2P35548 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
MSX2P35548 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
MSX2P35548 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
MSX2P35548 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
MSX2P35548 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
MSX2P35548 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
MSX2P35548 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
MSX2P35548 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
MSX2P35548 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
MSX2P35548 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
MSX2P35548 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
MSX2P35548 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
MSX2P35548 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC22.35■■□□□ 1.17
MSX2P35548 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
MSX2P35548 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
MSX2P35548 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
MSX2P35548 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSX2P35548 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSX2P35548 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSX2P35548 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSX2P35548 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
MSX2P35548 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSX2P35548 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSX2P35548 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSX2P35548 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
MSX2P35548 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
MSX2P35548 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
MSX2P35548 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
MSX2P35548 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
MSX2P35548 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
MSX2P35548 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
MSX2P35548 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
MSX2P35548 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
MSX2P35548 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.3 ms