Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 AL021707.1-201ENST00000416406 500 ntTSL 3 BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL6A3P12111 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL6A3P12111 MMP25-204ENST00000612971 1017 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL6A3P12111 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL6A3P12111 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL6A3P12111 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL6A3P12111 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL6A3P12111 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
COL6A3P12111 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL6A3P12111 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL6A3P12111 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
COL6A3P12111 PTMS-207ENST00000619580 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL6A3P12111 TARDBP-228ENST00000629725 1031 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL6A3P12111 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL6A3P12111 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
COL6A3P12111 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL6A3P12111 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL6A3P12111 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL6A3P12111 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL6A3P12111 EIF2AK4-209ENST00000560648 687 ntTSL 3 BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL6A3P12111 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL6A3P12111 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL6A3P12111 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL6A3P12111 CCDC74B-203ENST00000409128 789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL6A3P12111 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL6A3P12111 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL6A3P12111 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL6A3P12111 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
COL6A3P12111 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL6A3P12111 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL6A3P12111 TADA2B-204ENST00000512388 1343 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL6A3P12111 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL6A3P12111 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL6A3P12111 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL6A3P12111 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL6A3P12111 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL6A3P12111 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL6A3P12111 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL6A3P12111 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL6A3P12111 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL6A3P12111 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
COL6A3P12111 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL6A3P12111 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL6A3P12111 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL6A3P12111 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL6A3P12111 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL6A3P12111 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL6A3P12111 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL6A3P12111 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL6A3P12111 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL6A3P12111 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL6A3P12111 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL6A3P12111 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL6A3P12111 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL6A3P12111 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
COL6A3P12111 SPDYE2-201ENST00000341656 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL6A3P12111 SPDYE2B-202ENST00000455020 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL6A3P12111 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
COL6A3P12111 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL6A3P12111 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
COL6A3P12111 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL6A3P12111 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
COL6A3P12111 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
COL6A3P12111 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
COL6A3P12111 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
COL6A3P12111 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
COL6A3P12111 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
COL6A3P12111 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL6A3P12111 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL6A3P12111 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL6A3P12111 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL6A3P12111 CENPVL3-201ENST00000417339 864 ntAPPRIS P1 BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL6A3P12111 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL6A3P12111 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL6A3P12111 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL6A3P12111 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL6A3P12111 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL6A3P12111 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
COL6A3P12111 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL6A3P12111 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL6A3P12111 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL6A3P12111 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL6A3P12111 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL6A3P12111 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL6A3P12111 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL6A3P12111 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL6A3P12111 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL6A3P12111 MDK-205ENST00000405308 1166 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL6A3P12111 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL6A3P12111 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
COL6A3P12111 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL6A3P12111 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL6A3P12111 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL6A3P12111 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL6A3P12111 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL6A3P12111 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL6A3P12111 DCTPP1-205ENST00000568973 878 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL6A3P12111 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL6A3P12111 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL6A3P12111 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.6 ms