Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 PCM1-206ENST00000518537 2171 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 KCNJ8-201ENST00000240662 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 UGCG-201ENST00000374279 4007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 KCNMA1-251ENST00000639090 4319 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 HGS-201ENST00000329138 2970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 ZNF397-201ENST00000261333 1419 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 KREMEN1-203ENST00000407188 1422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 ORMDL3-201ENST00000304046 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 PRRX1-202ENST00000367760 2217 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 LINC00200-201ENST00000425630 2434 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 C1QTNF1-202ENST00000339142 3100 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 DACH1-203ENST00000619232 2986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 DTX2-201ENST00000324432 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 RBPJL-201ENST00000343694 2489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 SPATS2L-218ENST00000451764 2250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 U82695.1-201ENST00000635752 1889 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 OCIAD1-202ENST00000381473 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 KLK8-202ENST00000320838 456 ntTSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 WFDC3-204ENST00000372632 704 ntTSL 3 BASIC20.27■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 NQO2-203ENST00000380441 1021 ntTSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 RETN-202ENST00000381324 249 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 TSSK5P-201ENST00000423978 907 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 OARD1-208ENST00000469104 704 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 AC019103.1-201ENST00000503095 272 ntTSL 3 BASIC20.27■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 AKIP1-211ENST00000534506 576 ntTSL 3 BASIC20.27■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 AL079307.3-201ENST00000556114 283 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 LINC02560-201ENST00000596379 459 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 MARCH2-206ENST00000601283 747 ntTSL 3 BASIC20.27■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 AL133215.2-201ENST00000609242 977 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 DBI-212ENST00000627305 620 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 OARD1-216ENST00000628419 1188 ntTSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 DIRC2-201ENST00000261038 3596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 DYNC1LI1-204ENST00000432458 1827 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 NRIP1-203ENST00000400202 7671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 SLC2A10-201ENST00000359271 4389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 FAM49B-223ENST00000522746 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 SLC7A5-201ENST00000261622 4537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 NAP1L4-201ENST00000380542 2511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 WASF1-202ENST00000359451 3075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 ZNF281-203ENST00000367353 3080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 PHF23-202ENST00000454255 1662 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 PDE4DIP-230ENST00000530472 1690 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 SLC29A1-208ENST00000393844 2326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 AGGF1P2-201ENST00000426656 2106 ntBASIC20.26■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 CACNA1A-202ENST00000573710 7569 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 ELAC2-203ENST00000426905 2671 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 NIPA2-201ENST00000337451 3233 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 LINC02370-201ENST00000428272 2009 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 FUT3-202ENST00000458379 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 PPP2R2B-206ENST00000453001 2569 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 NMRAL1-201ENST00000283429 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 IL11RA-215ENST00000602473 1388 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 COX6A1-201ENST00000229379 572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 PAM16-201ENST00000318059 587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 CD8B-201ENST00000331469 832 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 MB-201ENST00000359787 1170 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 SFT2D1-201ENST00000361731 1079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 MB-202ENST00000397326 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 MB-203ENST00000397328 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 RBM39-205ENST00000397370 612 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 CYSRT1-201ENST00000409414 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 AC091729.2-201ENST00000415656 302 ntTSL 3 BASIC20.26■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 AC093702.1-201ENST00000423433 367 ntTSL 3 BASIC20.26■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 AC099552.3-201ENST00000454149 367 ntTSL 3 BASIC20.26■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 LY6E-204ENST00000519546 971 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 TAGLN-206ENST00000530649 1227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 AC012173.1-201ENST00000567942 430 ntTSL 3 BASIC20.26■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 ASTN2-202ENST00000313400 4747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 ZFP28-201ENST00000301318 4096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 MAN1C1-201ENST00000263979 2627 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 NR6A1-205ENST00000487099 7031 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 STC2-201ENST00000265087 5353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 MRTO4-201ENST00000330263 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 TCOF1-206ENST00000445265 4825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 CFAP43-203ENST00000369719 1434 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 RAB35-201ENST00000229340 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 RIF1-204ENST00000430328 7992 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 CD244-203ENST00000368034 2463 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 ABCG5-201ENST00000260645 2740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 TOR4A-201ENST00000357503 4148 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 CT62-201ENST00000449977 1825 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 ARPC1B-211ENST00000451682 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 TDG-209ENST00000544861 1387 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 AC009292.1-201ENST00000502156 1986 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 LGALS3BP-218ENST00000591778 1961 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 DDX19B-204ENST00000451014 1608 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 PNKD-201ENST00000248451 758 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 MCM7-203ENST00000354230 2975 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 C2orf76-202ENST00000409466 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 MRPS18AP1-201ENST00000414458 589 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 RCAN3-204ENST00000425530 997 ntTSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 PNPO-202ENST00000434554 1196 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 TERF1P3-201ENST00000505638 1227 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 AC092070.4-201ENST00000599803 507 ntTSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 MFF-201ENST00000304593 2004 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 SLC5A2-201ENST00000330498 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 ZBTB45-202ENST00000594051 2541 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 OLIG2-201ENST00000333337 3262 ntAPPRIS P1 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 NFIX-210ENST00000588228 1692 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CHMP3Q9Y3E7 PRR5-218ENST00000624862 1900 ntTSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 197.8 ms