Protein–RNA interactions for Protein: Q96EP1

CHFR, E3 ubiquitin-protein ligase CHFR, humanhuman

Predictions only

Length 664 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHFRQ96EP1 SPAAR-202ENST00000443779 1612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 PTDSS1-202ENST00000517309 5177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 AKIRIN1-202ENST00000432648 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 TNXB-204ENST00000479795 2742 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 PKD1P1-201ENST00000458669 6805 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 PAX3-207ENST00000409551 1782 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 DNAJB8-AS1-201ENST00000471626 1798 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 CENPT-208ENST00000562787 2345 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 LGI4-202ENST00000392225 2891 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 EML3-201ENST00000278845 3017 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 RARA-206ENST00000425707 3041 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 SPAG1-201ENST00000251809 3748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 ZBP1-202ENST00000395822 2073 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 MAP4K2-202ENST00000377350 2931 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 KANSL1L-201ENST00000281772 4754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 LFNG-207ENST00000614382 1969 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 PRCC-201ENST00000271526 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 ANKRD19P-201ENST00000338192 862 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 TMEM91-202ENST00000356385 944 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 VAV2-203ENST00000406606 4691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 FAM221A-203ENST00000409653 761 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 FAM221A-204ENST00000409994 1136 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 AC074338.1-201ENST00000416825 156 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 MOGAT3-203ENST00000440203 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 ATXN2-AS-201ENST00000547021 485 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 AC087612.1-201ENST00000560238 658 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 TMEM170A-203ENST00000566980 547 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 ORC6-206ENST00000568364 888 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 AC111170.2-201ENST00000585369 768 ntTSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 SMIM22-202ENST00000586440 549 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 TXNL4A-212ENST00000592957 546 ntTSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 UBE2Q2-201ENST00000267938 3130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 PDE2A-226ENST00000544570 3119 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 SYNGAP1-202ENST00000418600 5828 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 SPATS2L-218ENST00000451764 2250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 PPP1R27-202ENST00000570394 1443 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 C16orf71-204ENST00000590191 2564 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 DUSP14-204ENST00000613659 1559 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 MAGEA4-206ENST00000393921 1727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 IKZF4-206ENST00000547791 1712 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 C2orf48-201ENST00000381786 1897 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 DIABLO-204ENST00000413918 1859 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 SNAPC3-202ENST00000380821 5680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 LSM12-204ENST00000591247 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 NR2E1-202ENST00000368986 3212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 CLK3P2-201ENST00000427566 1453 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 SLC17A3-202ENST00000360657 1750 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 AIFM1-202ENST00000319908 2248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 ARHGAP22-205ENST00000417912 2352 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 RNF128-201ENST00000255499 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 STX2-201ENST00000261653 3331 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 EPB41L3-207ENST00000545076 3190 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 OTUB1-202ENST00000422031 2297 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 ZNF584-209ENST00000599238 2288 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 USHBP1-203ENST00000431146 2136 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 DUSP18-206ENST00000407308 1978 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 NPY4R-202ENST00000612632 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 NPY4R2-202ENST00000613306 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 PHKA1-201ENST00000339490 6121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 ENC1-205ENST00000510316 5381 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 ANKRD23-203ENST00000418232 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 ASIC2-201ENST00000225823 3443 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 TTC13-202ENST00000366662 3112 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 FKBP8-201ENST00000222308 1710 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 BCS1L-205ENST00000412366 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 ZNF514-201ENST00000295208 3011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 SOD1-201ENST00000270142 966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 SPAG11A-201ENST00000326558 612 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 FAM104B-202ENST00000358460 1179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 CTRB1-201ENST00000361017 858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 AZGP1P1-201ENST00000411909 902 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 RHOXF1P1-201ENST00000454625 772 ntTSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 IGFBP2-204ENST00000456764 846 ntTSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 MPZL1-209ENST00000474859 630 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 FXR1-221ENST00000491674 365 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 AC026774.1-201ENST00000503652 691 ntTSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 NEU3-203ENST00000529024 581 ntTSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 AC009163.1-201ENST00000530512 573 ntTSL 4 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 CACNA2D4-208ENST00000538027 952 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 AC092552.1-201ENST00000547243 906 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 RNASEK-C17orf49-201ENST00000547302 900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 SUOX-214ENST00000551841 906 ntTSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 AC087741.1-202ENST00000573346 801 ntTSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 AC008758.5-201ENST00000595562 617 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 HIST1H3I-201ENST00000616365 411 ntAPPRIS P1 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 MIR6799-201ENST00000620297 69 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 ZNF264-202ENST00000536056 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 SBF2-AS1-201ENST00000498905 2709 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 ZNF853-201ENST00000457543 3857 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 C1orf115-201ENST00000294889 3413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 AC099398.1-201ENST00000567919 2776 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 NTNG1-202ENST00000370065 1485 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 MAP7-203ENST00000438100 2633 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 TMEM140-201ENST00000275767 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 CACNA1A-225ENST00000636389 8137 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 CALHM2-202ENST00000369788 1843 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 ABHD2-207ENST00000565973 2347 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 L1CAM-203ENST00000370055 4655 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 BLOC1S5-202ENST00000397457 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHFRQ96EP1 PRPF19-201ENST00000227524 2157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.9 ms