Protein–RNA interactions for Protein: Q04844

CHRNE, Acetylcholine receptor subunit epsilon, humanhuman

Predictions only

Length 493 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHRNEQ04844 PARVB-210ENST00000619710 1530 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHRNEQ04844 LONRF3-203ENST00000422289 2898 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHRNEQ04844 MITF-204ENST00000352241 4814 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHRNEQ04844 PLPPR4-203ENST00000457765 4846 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHRNEQ04844 PDE4C-202ENST00000355502 5979 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CHRNEQ04844 RFK-201ENST00000376736 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CHRNEQ04844 TMTC2-203ENST00000548305 2682 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CHRNEQ04844 AC097376.2-201ENST00000608661 2510 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CHRNEQ04844 SH3YL1-206ENST00000405430 2064 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CHRNEQ04844 BMP4-201ENST00000245451 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CHRNEQ04844 FBXL5-201ENST00000341285 3385 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CHRNEQ04844 VWA2-203ENST00000603594 2600 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CHRNEQ04844 PDE4DIP-201ENST00000313431 5676 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CHRNEQ04844 TPD52L2-204ENST00000351424 2302 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CHRNEQ04844 KLHL36-204ENST00000564996 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CHRNEQ04844 NEO1-207ENST00000560262 4315 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CHRNEQ04844 MCM4-201ENST00000262105 4183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CHRNEQ04844 TUBB4A-201ENST00000264071 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CHRNEQ04844 AC012485.3-201ENST00000637634 2424 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CHRNEQ04844 ADIPOR1-202ENST00000367254 1116 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CHRNEQ04844 AC092474.2-201ENST00000424288 719 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
CHRNEQ04844 AC007967.2-201ENST00000432613 625 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
CHRNEQ04844 NMU-203ENST00000507338 658 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CHRNEQ04844 RCHY1-208ENST00000512706 1011 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CHRNEQ04844 MAL2-202ENST00000531508 892 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CHRNEQ04844 AC109635.5-201ENST00000533593 962 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
CHRNEQ04844 RPL18-208ENST00000549920 1004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CHRNEQ04844 RPL18-209ENST00000550645 463 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CHRNEQ04844 RPL18-214ENST00000552588 559 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CHRNEQ04844 TMEM220-AS1-206ENST00000583343 876 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CHRNEQ04844 LSS-205ENST00000457828 4390 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CHRNEQ04844 PSMD13-212ENST00000532097 1991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CHRNEQ04844 SGK1-205ENST00000413996 2686 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CHRNEQ04844 FGF11-201ENST00000293829 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CHRNEQ04844 AL138694.1-201ENST00000637731 1689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CHRNEQ04844 SLC29A1-205ENST00000371740 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CHRNEQ04844 ASAH1-254ENST00000637636 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CHRNEQ04844 MCF2L2-208ENST00000473233 4748 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CHRNEQ04844 ZNF563-201ENST00000293725 2754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CHRNEQ04844 DPM2-201ENST00000314392 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CHRNEQ04844 NQO2-201ENST00000338130 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CHRNEQ04844 UBE2G1-204ENST00000572484 1514 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CHRNEQ04844 NDOR1-202ENST00000371521 2497 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 NUP58-201ENST00000381718 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 ZMYND12-201ENST00000372565 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 AP005329.2-201ENST00000580139 1771 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 ZSCAN18-208ENST00000595944 1768 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 NKX3-1-201ENST00000380871 3271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 ST3GAL2-201ENST00000342907 4450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 C1QTNF1-208ENST00000580474 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 RAB9A-202ENST00000464506 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 PPP1R26-205ENST00000605286 4744 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 HNF1A-211ENST00000543427 2819 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 AC062028.1-203ENST00000447433 1472 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 PRKD2-216ENST00000601806 2906 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 PACSIN2-204ENST00000403744 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 AARSD1-202ENST00000427569 1322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 LONRF1-201ENST00000398246 3594 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 DOK5-201ENST00000262593 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 DMAP1-201ENST00000315913 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 MRPL57-201ENST00000309594 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 UCKL1-201ENST00000354216 1837 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 RASGEF1C-206ENST00000522500 2055 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 PAPLN-202ENST00000340738 5834 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 RASSF1-205ENST00000395126 1657 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 NRG1-202ENST00000356819 5931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 PSEN2-203ENST00000422240 1947 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 FBXO21-208ENST00000622495 6040 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 CHRNB2-201ENST00000368476 5867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 FCN3-201ENST00000270879 1030 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 BRCC3-202ENST00000340647 1101 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 FCN3-202ENST00000354982 997 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 CD99L2-202ENST00000355149 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 SYS1-202ENST00000372727 813 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 MECP2-203ENST00000407218 1174 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 SGO2-202ENST00000409203 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 PITPNA-AS1-201ENST00000425081 542 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 BARX1-AS1-202ENST00000454594 307 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 FBXL21-206ENST00000495672 589 ntTSL 4 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 AC010226.1-202ENST00000508517 539 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 LEPROTL1-203ENST00000518001 589 ntTSL 4 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 AP005019.1-201ENST00000545254 664 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 FLYWCH2-203ENST00000572006 754 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 AC055811.1-201ENST00000584203 1231 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 MED16-214ENST00000617672 554 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 POU2F2-207ENST00000529067 2657 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 SMIM13-202ENST00000416247 4688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 CAAP1-201ENST00000333916 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 IL6ST-209ENST00000502326 3007 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 RHOT1-203ENST00000358365 3297 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 ICAM4-203ENST00000393717 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 RPS19-206ENST00000598742 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 AC092919.2-201ENST00000623631 1645 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 U82695.1-201ENST00000635752 1889 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 DCAF5-201ENST00000341516 5953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 APH1A-203ENST00000369109 1713 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 PTBP1-202ENST00000350092 3069 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 TMED9-201ENST00000332598 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 GABRB3-215ENST00000622697 5876 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 ARHGEF10-201ENST00000349830 5590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.8 ms