Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 DNAJC12-202ENST00000339758 1064 ntTSL 1 (best) BASIC3.26□□□□□ -1.898e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TIA1-212ENST00000477415 510 ntTSL 23.26□□□□□ -1.898e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PIAS2-215ENST00000592212 2790 ntTSL 53.26□□□□□ -1.898e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 GLS-206ENST00000412247 693 ntTSL 33.25□□□□□ -1.898e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AC093155.1-201ENST00000440164 826 ntBASIC3.24□□□□□ -1.898e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 STRAP-203ENST00000536737 434 ntTSL 23.23□□□□□ -1.898e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DAB2-215ENST00000515269 300 ntTSL 33.22□□□□□ -1.898e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ERGIC2-209ENST00000551467 765 ntTSL 53.22□□□□□ -1.898e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CREB1-203ENST00000418081 893 ntTSL 53.21□□□□□ -1.898e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CIR1-205ENST00000472169 676 ntTSL 33.21□□□□□ -1.898e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TRAPPC11-210ENST00000513600 545 ntTSL 33.2□□□□□ -1.98e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TMEM161B-210ENST00000511218 1351 ntTSL 2 BASIC3.16□□□□□ -1.98e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NAA50-206ENST00000493454 964 ntTSL 2 BASIC3.12□□□□□ -1.918e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SAMM50-202ENST00000465768 169 ntTSL 33.11□□□□□ -1.918e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AHI1-216ENST00000533029 761 ntTSL 33.11□□□□□ -1.918e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SACM1L-212ENST00000464524 571 ntTSL 43.11□□□□□ -1.918e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DAB2-216ENST00000515700 651 ntTSL 53.04□□□□□ -1.928e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 USP40-204ENST00000427947 794 ntTSL 23.03□□□□□ -1.928e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SDHB-204ENST00000475049 397 ntTSL 33.02□□□□□ -1.938e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ACYP2-208ENST00000606865 674 ntTSL 5 BASIC3.01□□□□□ -1.938e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZFPM2-AS1-207ENST00000524045 987 ntTSL 3 BASIC3□□□□□ -1.938e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZFPM2-AS1-204ENST00000520433 748 ntTSL 3 BASIC2.95□□□□□ -1.948e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FMNL3-204ENST00000550424 547 ntTSL 42.93□□□□□ -1.948e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PPP6R3-213ENST00000527069 573 ntTSL 52.93□□□□□ -1.948e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MEF2C-216ENST00000509373 573 ntTSL 32.93□□□□□ -1.948e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LINC02484-201ENST00000513843 546 ntTSL 5 BASIC2.91□□□□□ -1.948e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SRI-210ENST00000490437 570 ntTSL 2 BASIC2.89□□□□□ -1.958e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DDX60L-204ENST00000505150 655 ntTSL 52.89□□□□□ -1.958e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LINC02484-202ENST00000514877 546 ntTSL 3 BASIC2.89□□□□□ -1.958e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CREB1-209ENST00000448277 829 ntTSL 52.81□□□□□ -1.968e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 C1D-204ENST00000410067 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.79□□□□□ -1.968e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ASXL1-205ENST00000497249 296 ntTSL 52.79□□□□□ -1.968e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 BBS5-206ENST00000475571 566 ntTSL 42.77□□□□□ -1.978e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ENTPD4-206ENST00000519839 351 ntTSL 32.77□□□□□ -1.978e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SECISBP2-203ENST00000425851 826 ntTSL 32.76□□□□□ -1.971e-10■■■■■ 107
SF3B1O75533 CALM2-204ENST00000456319 703 ntTSL 22.74□□□□□ -1.978e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ADIPOR2-207ENST00000544470 793 ntTSL 22.73□□□□□ -1.978e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 USP28-210ENST00000542033 852 ntTSL 22.73□□□□□ -1.978e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 GNAL-208ENST00000590228 585 ntTSL 42.73□□□□□ -1.978e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DOCK7-210ENST00000634223 681 ntTSL 52.73□□□□□ -1.978e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MTERF2-206ENST00000550736 581 ntTSL 32.71□□□□□ -1.988e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DTL-205ENST00000496442 485 ntTSL 22.7□□□□□ -1.988e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SCAPER-210ENST00000564022 574 ntTSL 32.68□□□□□ -1.988e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CENPJ-203ENST00000471870 501 ntTSL 32.67□□□□□ -1.988e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TMOD3-206ENST00000559202 413 ntTSL 32.65□□□□□ -1.998e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DNAJC12-204ENST00000480963 644 ntTSL 22.64□□□□□ -1.998e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SDCCAG8-203ENST00000463012 430 ntTSL 22.6□□□□□ -1.998e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 KIF1BP-205ENST00000627949 2091 ntTSL 52.57□□□□□ -28e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 UHRF2-203ENST00000450508 474 ntTSL 32.54□□□□□ -28e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TRAPPC11-207ENST00000511409 568 ntTSL 42.52□□□□□ -2.018e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LVRN-203ENST00000503203 625 ntTSL 22.52□□□□□ -2.018e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TRDMT1-206ENST00000451253 363 ntTSL 32.51□□□□□ -2.018e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TIA1-214ENST00000482876 562 ntTSL 52.5□□□□□ -2.018e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 UBE2Q2-207ENST00000567921 478 ntTSL 32.48□□□□□ -2.018e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RAB31-203ENST00000577371 272 ntTSL 32.46□□□□□ -2.028e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SHOC2-201ENST00000265277 3691 ntTSL 2 BASIC2.44□□□□□ -2.028e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 COG6-207ENST00000536488 564 ntTSL 42.43□□□□□ -2.028e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TMOD3-205ENST00000558714 534 ntTSL 32.42□□□□□ -2.028e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MYO9A-220ENST00000568781 670 ntTSL 32.33□□□□□ -2.048e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MAP4K3-205ENST00000437545 3924 ntTSL 5 BASIC2.16□□□□□ -2.068e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AHCTF1-207ENST00000498601 355 ntTSL 22.15□□□□□ -2.078e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MDH1-204ENST00000421012 573 ntTSL 42.12□□□□□ -2.078e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 KYAT3-204ENST00000446900 1937 ntTSL 52.1□□□□□ -2.078e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CUL3-203ENST00000409096 2701 ntTSL 1 (best) BASIC2.09□□□□□ -2.078e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MAP4K3-203ENST00000414968 558 ntTSL 42.05□□□□□ -2.088e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SLMAP-212ENST00000465203 511 ntTSL 52□□□□□ -2.098e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RNPC3-203ENST00000524641 547 ntTSL 42□□□□□ -2.098e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RAB31-204ENST00000577796 295 ntTSL 31.98□□□□□ -2.098e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CUL2-206ENST00000421317 2376 ntTSL 2 BASIC1.93□□□□□ -2.18e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 OMA1-209ENST00000467509 389 ntTSL 51.91□□□□□ -2.18e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AC008568.1-201ENST00000599562 725 ntTSL 51.91□□□□□ -2.18e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TRDMT1-212ENST00000525762 410 ntTSL 51.84□□□□□ -2.128e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TRDMT1-204ENST00000424636 333 ntTSL 51.84□□□□□ -2.128e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 APOO-206ENST00000633432 437 ntTSL 51.83□□□□□ -2.128e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MAP4K3-207ENST00000465701 201 ntTSL 51.83□□□□□ -2.128e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SNAP23-207ENST00000563765 855 ntTSL 31.78□□□□□ -2.128e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SHOC2-203ENST00000451838 2967 ntTSL 21.6□□□□□ -2.158e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZRANB2-AS2-223ENST00000625896 476 ntTSL 51.59□□□□□ -2.168e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 OMA1-210ENST00000476933 409 ntTSL 31.55□□□□□ -2.168e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TUSC3-207ENST00000508446 457 ntTSL 31.52□□□□□ -2.178e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SMARCAD1-208ENST00000514232 444 ntTSL 31.51□□□□□ -2.178e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SLMAP-216ENST00000475055 351 ntTSL 31.47□□□□□ -2.178e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CCDC18-207ENST00000455267 2161 ntTSL 51.45□□□□□ -2.188e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PAIP1-209ENST00000514816 515 ntTSL 31.39□□□□□ -2.198e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 APOO-208ENST00000634086 461 ntTSL 31.37□□□□□ -2.198e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CUL3-206ENST00000436172 576 ntTSL 41.36□□□□□ -2.198e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MAP4K3-213ENST00000497566 528 ntTSL 31.29□□□□□ -2.28e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SNAP23-203ENST00000397138 477 ntTSL 1 (best) BASIC1.27□□□□□ -2.218e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 Y_RNA.118-201ENST00000363300 101 ntBASIC1.2□□□□□ -2.228e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CASC4-211ENST00000561305 353 ntTSL 51.2□□□□□ -2.228e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DMXL1-206ENST00000505312 3448 ntTSL 1 (best)1.15□□□□□ -2.238e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 BBS7-206ENST00000508536 164 ntTSL 51.08□□□□□ -2.248e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZRANB2-AS2-231ENST00000628670 601 ntTSL 50.89□□□□□ -2.278e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SHOC2-207ENST00000497305 325 ntTSL 1 (best)0.69□□□□□ -2.38e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RNU2-61P-201ENST00000411069 191 ntBASIC0.68□□□□□ -2.38e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MEF2C-236ENST00000635898 125 ntTSL 50.52□□□□□ -2.338e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NCKAP1-204ENST00000477988 612 ntTSL 20.51□□□□□ -2.331e-7■■■■■ 107
SF3B1O75533 PLCL1-206ENST00000625084 236 ntTSL 50.38□□□□□ -2.358e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 BBX-214ENST00000449271 552 ntTSL 40.38□□□□□ -2.358e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 APOO-203ENST00000476598 244 ntTSL 20.28□□□□□ -2.368e-6■■■■■ 107
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 1249.9 ms