Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 DPYSL3-201ENST00000343218 5476 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 UNC13B-203ENST00000396787 5293 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 MALSU1-202ENST00000466681 3044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 AC005264.1-201ENST00000587587 2319 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 RSPH6A-202ENST00000597055 2306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 PER1-201ENST00000317276 4707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 CICP4-201ENST00000447359 2812 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 GPR32-201ENST00000270590 1269 ntAPPRIS P1 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 GGT1-208ENST00000404920 657 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 GGTLC2-203ENST00000480559 657 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 TMEM220-AS1-202ENST00000580899 561 ntTSL 4 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 COPE-211ENST00000600932 1144 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 GFOD2-207ENST00000602855 819 ntTSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 AC073592.4-201ENST00000623827 446 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 XPO6-201ENST00000304658 4422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 ARHGEF16-203ENST00000378378 3061 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 HMBS-209ENST00000537841 1559 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 WSCD1-201ENST00000317744 5819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 USP43-202ENST00000570475 3500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 DPP6-205ENST00000427557 2388 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 HPGD-202ENST00000296522 3027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 IRAK1-203ENST00000369980 3666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 GOPC-203ENST00000535237 4460 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 SLCO6A1-205ENST00000506729 2689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 WLS-202ENST00000354777 2037 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 EIF4G1-206ENST00000392537 5229 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 TPM1-201ENST00000267996 1670 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 ARHGEF7-204ENST00000375736 5032 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 TPM1-219ENST00000559397 1655 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 RPS6KL1-201ENST00000354625 5195 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 CNKSR1-201ENST00000361530 2625 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 C11orf80-201ENST00000360962 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 CYB561A3-203ENST00000447532 1803 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 ALDH3A2-221ENST00000581518 2785 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 OPA1-201ENST00000361150 6330 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 ARVCF-202ENST00000401994 2700 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 PDLIM2-206ENST00000409141 1463 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 RBM4-204ENST00000408993 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 NCK2-203ENST00000393349 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 ABCB8-221ENST00000498578 2350 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 C4A-259ENST00000498271 5269 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 GSN-203ENST00000373808 2664 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 CALN1-201ENST00000329008 9243 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 CNOT9-208ENST00000542068 3259 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 MIR600HG-201ENST00000449175 5984 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 TMEM88-201ENST00000301599 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 STX8-201ENST00000306357 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 KCNMB3-202ENST00000349697 1228 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 RASGRP2-201ENST00000354024 2310 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 NMRK1-202ENST00000376808 1121 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 TRIM73-203ENST00000437796 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 TUB-AS1-201ENST00000506601 2021 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 PP7080-204ENST00000510714 601 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 REPIN1-217ENST00000518514 478 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 PTK2-216ENST00000519881 863 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 GSTZ1-207ENST00000553586 979 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 BLOC1S6-202ENST00000562384 494 ntTSL 4 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 AP005901.3-202ENST00000581653 237 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 AL353135.1-201ENST00000606729 504 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 AC104581.4-201ENST00000623126 3052 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 SETD3-209ENST00000630307 1281 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 SLC9A7-205ENST00000616978 10024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC112Q8NEF3 HAPLN3-201ENST00000359595 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 POLL-217ENST00000628479 1953 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 ABCG4-205ENST00000619701 3852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 CRHR2-208ENST00000506074 3109 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 MEAF6-201ENST00000296214 1525 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 SLC8B1-201ENST00000202831 2975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 SCAP-215ENST00000545718 2950 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 MYH11-211ENST00000576790 6272 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 NR6A1-205ENST00000487099 7031 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 UNKL-201ENST00000248104 4320 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 GALNT14-201ENST00000324589 2169 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 OSBPL5-210ENST00000525498 2733 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 RCOR3-203ENST00000419091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 KRT12-201ENST00000251643 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 NRSN1-203ENST00000378478 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 PES1-202ENST00000354694 2295 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 SSR4P1-203ENST00000599569 2260 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 TNN-201ENST00000239462 5008 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 SGSH-201ENST00000326317 2784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 ALOX15B-205ENST00000573359 1809 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 SLX1A-202ENST00000345535 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 SLX1B-202ENST00000351581 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 AL162258.2-202ENST00000469931 831 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 AC051649.1-201ENST00000509204 330 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 AC002091.2-201ENST00000585297 402 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 AL691432.3-201ENST00000621860 400 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 PGM5P2-202ENST00000637225 1043 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 ASAH1-255ENST00000637638 699 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 GFAP-225ENST00000638281 2099 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 ZNF385A-205ENST00000546970 2494 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 SMARCD1-202ENST00000394963 3658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 SLC24A3-201ENST00000328041 3929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 PCDHB8-201ENST00000239444 2740 ntAPPRIS P1 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 CICP24-201ENST00000605464 2705 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 FUT5-201ENST00000252675 1916 ntAPPRIS P1 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 CATSPER4-202ENST00000456354 1912 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 ARPP19-202ENST00000561650 3245 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 DNAJC21-202ENST00000382021 6208 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.7 ms