Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 PNO1-201ENST00000263657 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 TLE2-204ENST00000455444 2253 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 LINC02268-202ENST00000515444 1328 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 RAD51C-215ENST00000583539 1319 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 NUP50-202ENST00000396096 1895 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 PJA1-201ENST00000361478 2755 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 SLC22A3-201ENST00000275300 3348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 LAT-202ENST00000360872 1459 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 CDIP1-206ENST00000563507 1463 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 CA12-203ENST00000422263 2556 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 FGFR3-208ENST00000481110 4217 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 RPS19-201ENST00000221975 500 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 C2orf40-201ENST00000238044 789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 AIP-201ENST00000279146 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 ASB12-201ENST00000362002 1289 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 ZUFSP-201ENST00000368573 1225 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 CIB3-202ENST00000379859 467 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 SNRPB-201ENST00000381342 1154 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 SNRPB-202ENST00000438552 1008 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 TMPRSS11CP-201ENST00000453277 683 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 AC084125.2-203ENST00000532766 821 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 OBP2A-206ENST00000539850 914 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 GCHFR-204ENST00000559445 626 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 AC026471.2-201ENST00000569782 655 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 SPDYE22P-201ENST00000582158 798 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 AURKB-214ENST00000585124 1227 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 AC087645.2-202ENST00000586583 643 ntTSL 4 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 RPS19-202ENST00000593863 526 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 GLMP-201ENST00000362007 1604 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 GPR152-201ENST00000312457 1429 ntAPPRIS P1 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 PHF20L1-220ENST00000622263 3375 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 GFY-202ENST00000610896 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 MTHFD1L-211ENST00000611279 3475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 FAM49B-224ENST00000522941 1700 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 CLIP4-201ENST00000320081 4293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 OSBPL1A-203ENST00000399441 1887 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 RUNX1-203ENST00000358356 2720 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 SATB1-201ENST00000338745 7810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 AC124067.4-201ENST00000519691 2379 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 CLPTM1L-216ENST00000630539 2032 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 GUCY1A2-202ENST00000347596 2532 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 L2HGDH-202ENST00000267436 6414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 DNAJC7-201ENST00000316603 1468 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 KLHDC8A-205ENST00000539253 2931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 SHISA6-202ENST00000409168 7262 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 PRRT4-201ENST00000446477 3544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 GLOD4-202ENST00000301329 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 PSMB9-207ENST00000374859 782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 PSMB9-208ENST00000395330 792 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 PSMB8-203ENST00000395339 1025 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 LINC01818-201ENST00000437118 368 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 AC009477.1-201ENST00000452936 217 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 TMEM176A-202ENST00000461345 635 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 SLC25A30-AS1-201ENST00000506633 701 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 CXCL6-203ENST00000515050 557 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 CCDC25-209ENST00000522915 785 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 ARL6IP1-202ENST00000546206 1107 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 AC024267.1-201ENST00000582320 895 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 ALKBH7-203ENST00000599849 556 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 AL844908.2-201ENST00000609461 460 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 DBI-211ENST00000627093 554 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 DBI-212ENST00000627305 620 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 AL139130.1-201ENST00000451362 5586 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 OVCH1-AS1-204ENST00000641955 5529 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 MAP4K1-201ENST00000396857 2653 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 GABARAPL1-205ENST00000539170 1700 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 FADS1-216ENST00000542506 1725 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 GGT4P-201ENST00000623672 1708 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 ANKMY1-202ENST00000361678 2499 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 EDN3-202ENST00000337938 2636 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 AC084018.2-201ENST00000613093 2607 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 LRRC56-201ENST00000270115 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 BTBD11-205ENST00000490090 4614 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 PKN3-201ENST00000291906 3375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 PCDHA14-201ENST00000506751 2298 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 ATXN7-213ENST00000538065 6842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 PAK4-202ENST00000358301 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 ZNF354C-201ENST00000315475 5411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 MMEL1-201ENST00000378412 2849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 NUP50-203ENST00000407019 2059 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 MRGPRX3-201ENST00000396275 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 SIGLEC7-201ENST00000305628 1469 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 AC069281.2-201ENST00000485071 4401 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 ACY3-201ENST00000255082 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 CLN8-205ENST00000520991 1305 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 GCH1-204ENST00000491895 2943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 FSCN1-201ENST00000382361 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 KPNA2-202ENST00000537025 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 MMP17-206ENST00000535291 2301 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 PEX10-201ENST00000288774 2871 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 IRF3-217ENST00000597198 1741 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 ELP4-219ENST00000639878 1583 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 SENP1-204ENST00000549518 2260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 BHLHE41-201ENST00000242728 3837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 CCDC84-201ENST00000334418 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 LINC01116-202ENST00000339037 838 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 AC073349.1-201ENST00000340779 1062 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 MORN4-202ENST00000370635 419 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 ADIRF-201ENST00000372013 917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 C1QC-202ENST00000374639 1183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.4 ms