Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 AC009093.8-202ENST00000562902 677 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 IL32-235ENST00000613483 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 CFLAR-205ENST00000342795 1613 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 AMT-233ENST00000636522 1620 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 CACNB3-203ENST00000540990 1814 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 GLS-202ENST00000338435 4475 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 MBD1-210ENST00000457839 2473 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 B9D1-209ENST00000477478 1353 ntTSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 SLC5A10-204ENST00000395647 2140 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 NOS1AP-206ENST00000530878 2894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 ASS1-204ENST00000372394 1973 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 PLSCR4-204ENST00000446574 1442 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 PPDPF-201ENST00000370177 627 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 DSCR3-202ENST00000398998 988 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 TMEM44-AS1-203ENST00000453671 1119 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 AC025183.2-201ENST00000503386 428 ntTSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 AC021491.2-201ENST00000513017 607 ntTSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 CD74-212ENST00000524315 584 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 MFF-223ENST00000524634 647 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 AL132639.3-201ENST00000556537 530 ntTSL 4 BASIC24.08■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 GSTZ1-219ENST00000557639 873 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 AC138028.3-201ENST00000561699 213 ntTSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 AC124287.1-201ENST00000582249 838 ntTSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 AC131235.3-202ENST00000608135 362 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 PFAS-212ENST00000625942 396 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 LINC01759-203ENST00000635271 888 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 SIGLEC6-205ENST00000425629 1852 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 AC011477.6-201ENST00000604980 1927 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 MEAF6-201ENST00000296214 1525 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 FSCN1-201ENST00000382361 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 PCDHA12-202ENST00000613593 2588 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 HNRNPA1P48-201ENST00000562726 1377 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 SLC17A7-204ENST00000600601 2237 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 SPAAR-202ENST00000443779 1612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 RNF167-214ENST00000576229 1436 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 TOM1L1-221ENST00000575882 2507 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 RAB38-201ENST00000243662 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 POLR2I-201ENST00000221859 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 TRMT112-201ENST00000308774 561 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 KCNK7-201ENST00000340313 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 FANK1-204ENST00000368695 1296 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 DBNDD2-208ENST00000372723 1118 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 STPG3-201ENST00000388931 1207 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 ZMYND10-AS1-201ENST00000440013 250 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 CMC2-214ENST00000565925 640 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 TMEM170A-203ENST00000566980 547 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 MIR6869-201ENST00000619434 62 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 GPR182-203ENST00000622922 591 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 RNF222-201ENST00000344001 2786 ntAPPRIS P1 BASIC24.07■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 AC004233.2-201ENST00000573315 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 QPCTL-201ENST00000012049 2310 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 NKILA-202ENST00000614771 2598 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 WDR6-202ENST00000415265 1883 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 WSB2-202ENST00000441406 1353 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 ELN-206ENST00000380553 2703 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 SMPD1-201ENST00000342245 2452 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 TUBA1C-201ENST00000301072 3001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 ADAM22-202ENST00000398201 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 HMOX2-205ENST00000458134 1797 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 AP000317.2-201ENST00000362077 641 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 AC114730.3-201ENST00000435195 584 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 TMEM191A-209ENST00000452055 788 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 HOXB3-204ENST00000465120 943 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 SELENOT-203ENST00000477889 944 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 AC106772.2-201ENST00000515085 442 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 AC120498.3-201ENST00000568884 542 ntTSL 4 BASIC24.07■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 MIR5189-201ENST00000577370 114 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 AC011497.1-201ENST00000596781 561 ntTSL 4 BASIC24.07■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 RBCK1-202ENST00000356286 2774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 MSI2-204ENST00000442934 1624 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 LRRFIP1P1-201ENST00000498774 2246 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 AAAS-217ENST00000550286 1652 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 AC007326.5-201ENST00000640084 1382 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 ILVBL-201ENST00000263383 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 TBC1D3D-201ENST00000616101 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 TBC1D3K-201ENST00000620247 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 ABHD11-201ENST00000222800 1483 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 CD24-201ENST00000606017 2180 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 ZFP90-203ENST00000563169 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 GAS2L3-201ENST00000266754 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 MAP4K2-202ENST00000377350 2931 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 RETREG1-201ENST00000306320 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 PEX5-206ENST00000434354 2253 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 PKN3-201ENST00000291906 3375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 PHLDA2-201ENST00000314222 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 CCDC107-204ENST00000378409 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 TAGLN-202ENST00000392951 928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 MIR1908-201ENST00000410394 80 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 VCX3B-204ENST00000453306 868 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 TNNT1-209ENST00000587758 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 OCEL1-213ENST00000601529 942 ntTSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 TSC22D1-AS1-201ENST00000616360 2845 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 CCM2-207ENST00000475551 2471 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 RBPMS2-202ENST00000560606 1746 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 ASL-201ENST00000304874 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 AC020916.1-201ENST00000587762 1774 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 CA12-203ENST00000422263 2556 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 EVI5L-201ENST00000270530 3855 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
TCOF1Q13428 CLMAT3-201ENST00000510576 1973 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
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