Protein–RNA interactions for Protein: O43196

MSH5, MutS protein homolog 5, humanhuman

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH5O43196 AC008991.2-201ENST00000587850 487 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
MSH5O43196 AL096865.1-201ENST00000606796 927 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
MSH5O43196 AL357078.3-201ENST00000607528 618 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
MSH5O43196 MIR4435-2HG-220ENST00000609902 603 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
MSH5O43196 AC010975.3-201ENST00000618727 978 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
MSH5O43196 CTSO-201ENST00000433477 2954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
MSH5O43196 ELMO1-209ENST00000448602 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
MSH5O43196 DPY19L3-206ENST00000587077 2456 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
MSH5O43196 TOM1-210ENST00000449058 2389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
MSH5O43196 COQ8B-201ENST00000243583 2041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
MSH5O43196 COA5-201ENST00000328709 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
MSH5O43196 ADAMTSL4-204ENST00000369041 2908 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
MSH5O43196 UBE2G1-204ENST00000572484 1514 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
MSH5O43196 SLC2A6-202ENST00000371899 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
MSH5O43196 MIB2-217ENST00000504599 3311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
MSH5O43196 TRAPPC1-201ENST00000303731 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
MSH5O43196 GUK1-203ENST00000366718 1275 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
MSH5O43196 EFNA4-202ENST00000368409 1263 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
MSH5O43196 SH3TC1-202ENST00000382521 829 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
MSH5O43196 FAM221A-202ENST00000409192 888 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
MSH5O43196 CASP5-203ENST00000418434 1023 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
MSH5O43196 SETP10-201ENST00000424368 814 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
MSH5O43196 AC108073.2-201ENST00000464002 357 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
MSH5O43196 LINC01932-201ENST00000520323 573 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
MSH5O43196 MTND1P24-201ENST00000552175 861 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
MSH5O43196 AC090527.1-201ENST00000557965 431 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
MSH5O43196 GREM1-201ENST00000560677 623 ntTSL 4 BASIC22.68■■□□□ 1.22
MSH5O43196 AL031432.2-201ENST00000566714 459 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
MSH5O43196 DCTN5-207ENST00000568272 523 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
MSH5O43196 AL928711.1-201ENST00000570165 459 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
MSH5O43196 OR5AH1P-202ENST00000597822 431 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
MSH5O43196 AL049844.2-201ENST00000604280 628 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
MSH5O43196 SH2B3-202ENST00000538307 2062 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
MSH5O43196 SLC23A3-207ENST00000455516 2048 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
MSH5O43196 ZNF79-204ENST00000617266 1969 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
MSH5O43196 CACNB3-203ENST00000540990 1814 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
MSH5O43196 EIPR1-201ENST00000382125 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
MSH5O43196 HPDL-201ENST00000334815 1629 ntAPPRIS P1 BASIC22.68■■□□□ 1.22
MSH5O43196 PRKAR2A-201ENST00000265563 6471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH5O43196 FLJ13224-201ENST00000313737 1514 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH5O43196 APLN-201ENST00000429967 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH5O43196 ALPPL2-201ENST00000295453 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH5O43196 NRG1-216ENST00000523079 2359 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH5O43196 PDLIM7-201ENST00000355572 977 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH5O43196 RFESDP1-201ENST00000422350 461 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH5O43196 SLC8A1-AS1-204ENST00000427354 790 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH5O43196 AC099342.1-201ENST00000446399 1124 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH5O43196 TWIST2-201ENST00000448943 1176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH5O43196 MTCO2P6-201ENST00000463134 685 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH5O43196 UBE2D3-221ENST00000507845 577 ntTSL 4 BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH5O43196 AC008549.1-201ENST00000512900 643 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH5O43196 SFTPC-210ENST00000524255 681 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH5O43196 RIMS4-202ENST00000541604 1036 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH5O43196 AC078909.1-201ENST00000559509 464 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH5O43196 ALOX12P2-208ENST00000574183 519 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH5O43196 AC008687.7-201ENST00000593309 920 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH5O43196 LINC01128-208ENST00000608189 824 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH5O43196 LINC00959-202ENST00000637128 826 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH5O43196 CRY1-201ENST00000008527 3267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH5O43196 WIPF2-210ENST00000585043 2693 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH5O43196 TYMS-203ENST00000323274 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH5O43196 PRR36-202ENST00000618550 4456 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH5O43196 NKAIN1-201ENST00000373736 2589 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH5O43196 KRT86-201ENST00000293525 2091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH5O43196 GRAMD1A-202ENST00000411896 2523 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH5O43196 PHYHD1-201ENST00000308941 1599 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH5O43196 RGN-204ENST00000457380 2041 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH5O43196 LINC00958-201ENST00000504230 1558 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH5O43196 RNF165-204ENST00000587853 2011 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH5O43196 AC019072.1-201ENST00000604535 1551 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH5O43196 MAPK8IP3-216ENST00000610761 5626 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH5O43196 F7-201ENST00000346342 2409 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH5O43196 MVK-201ENST00000228510 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH5O43196 AP5S1-201ENST00000246041 1960 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH5O43196 TNKS-211ENST00000520408 1964 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH5O43196 ALG3-201ENST00000397676 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH5O43196 STX6-201ENST00000258301 4851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
MSH5O43196 TTC1-201ENST00000231238 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
MSH5O43196 AL353732.1-201ENST00000569618 1459 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
MSH5O43196 PTHLH-201ENST00000201015 1872 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
MSH5O43196 TMEM175-201ENST00000264771 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
MSH5O43196 ELMO3-203ENST00000477898 2281 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
MSH5O43196 PSMC3IP-201ENST00000253789 1408 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
MSH5O43196 AZIN2-203ENST00000373441 1443 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
MSH5O43196 PSMC3IP-202ENST00000393795 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
MSH5O43196 MOV10L1-203ENST00000395852 1422 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
MSH5O43196 PXK-204ENST00000383716 3035 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
MSH5O43196 DSCAM-201ENST00000400454 8552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
MSH5O43196 TMEM177-204ENST00000424086 1738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
MSH5O43196 AC008040.1-204ENST00000469301 1738 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
MSH5O43196 FARP1-242ENST00000627049 5103 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
MSH5O43196 DUS1L-201ENST00000306796 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
MSH5O43196 GKN2-201ENST00000328895 800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
MSH5O43196 RPA2-202ENST00000373909 1162 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
MSH5O43196 NUDT5-202ENST00000378937 919 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
MSH5O43196 SNORD116-2-201ENST00000384274 95 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
MSH5O43196 SNORD116-6-201ENST00000384711 96 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
MSH5O43196 SUMO1-202ENST00000392245 1071 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
MSH5O43196 RFXANK-203ENST00000407360 1212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
MSH5O43196 AC018685.2-201ENST00000414065 547 ntTSL 4 BASIC22.66■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.3 ms