Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 CDC14A-202ENST00000361544 2417 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 LRRC28-202ENST00000331450 752 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 POP5-202ENST00000357500 801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 CSHL1-204ENST00000392824 823 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 SPDYE17-201ENST00000412399 783 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 AC007388.1-210ENST00000415640 458 ntTSL 3 BASIC16.34■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 AC124057.1-201ENST00000433035 404 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 IQCF3-201ENST00000437810 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 LINC01775-201ENST00000587826 371 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 ZNF667-AS1-204ENST00000588158 921 ntTSL 3 BASIC16.34■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 MZF1-202ENST00000594108 1110 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 CLN3-246ENST00000636228 1224 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 BBS2-218ENST00000568104 2623 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 ASS1-204ENST00000372394 1973 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 ELFN2-208ENST00000430883 1970 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 CACNA1A-227ENST00000636549 6792 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 ARHGAP26-201ENST00000274498 6862 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 DUSP4-201ENST00000240100 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 DNAJA3-201ENST00000262375 2763 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 MTHFD1L-211ENST00000611279 3475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 ACOXL-201ENST00000340561 2188 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 EWSR1-201ENST00000331029 2267 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 ARHGAP27-208ENST00000528384 2296 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 STIM2-203ENST00000467011 3925 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 RASIP1-201ENST00000222145 3308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 MYB-205ENST00000367814 3302 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 POM121C-208ENST00000615331 5835 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 OCLN-202ENST00000396442 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 MAP3K9-206ENST00000555993 4449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 ERICH5-201ENST00000318528 1761 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 SHC3-202ENST00000375835 9768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 NR2C1-203ENST00000393101 1822 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 TLE4-206ENST00000376552 3695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 FAM92B-201ENST00000539556 1898 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 DIAPH2-205ENST00000373061 4983 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 ASAH1-254ENST00000637636 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 FERMT2-203ENST00000395631 3369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 COL23A1-202ENST00000407622 2329 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 SIVA1-202ENST00000347067 550 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 PDSS2-201ENST00000369031 1236 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 DBNDD2-205ENST00000372717 1207 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 HDAC8-202ENST00000373556 704 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 SPDYC-201ENST00000377185 991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 GPR162-202ENST00000382315 1150 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 LINC01273-201ENST00000411453 685 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 RNF183-202ENST00000416588 849 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 SNHG11-207ENST00000434729 1058 ntTSL 4 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 AC064807.1-203ENST00000520357 575 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 IGHV3-42-201ENST00000520410 361 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 AC027369.6-201ENST00000525520 931 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 TMEM258-204ENST00000537328 575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 AC007406.4-201ENST00000539568 765 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 AL583722.3-202ENST00000554954 486 ntTSL 4 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 DUT-210ENST00000559935 569 ntTSL 3 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 AC087392.4-201ENST00000574560 486 ntTSL 3 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 AC116003.1-201ENST00000578340 536 ntTSL 3 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 AC010336.3-201ENST00000597156 667 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 ZNF550-208ENST00000601415 515 ntTSL 4 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 TEX28P1-201ENST00000613479 1221 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 TEX28P2-201ENST00000617764 1221 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 AL390754.1-201ENST00000619088 582 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 FAM92A-219ENST00000620645 1014 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 SEMA3C-201ENST00000265361 5174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 WIZ-201ENST00000263381 5695 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 HAGH-202ENST00000397356 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 TBC1D2B-201ENST00000300584 6067 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 ZMYM3-202ENST00000373978 1511 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 PTHLH-209ENST00000545234 1544 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 PARVB-210ENST00000619710 1530 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 KLHL21-202ENST00000377663 6445 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 SLC17A3-202ENST00000360657 1750 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 MTFR2-203ENST00000420702 1793 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 AC005329.1-201ENST00000501448 3571 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 NCAPH2-205ENST00000420993 2037 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 UNG-201ENST00000242576 2071 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 CLCNKB-201ENST00000375667 2129 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 SGCB-201ENST00000381431 4431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 ZNF710-201ENST00000268154 4617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 PARP12-201ENST00000263549 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 SMO-201ENST00000249373 3738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 PIGQ-201ENST00000026218 2846 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 PCTP-201ENST00000268896 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 FLT1-201ENST00000282397 7092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 KRT73-201ENST00000305748 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 TTLL11-201ENST00000321582 3250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 C6orf99-202ENST00000367073 769 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 CLDN19-202ENST00000372539 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 SLFNL1-203ENST00000372611 1865 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 NAIF1-201ENST00000373078 3399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 SMIM5-201ENST00000375215 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 MIR770-201ENST00000390219 98 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 TMEM37-202ENST00000409826 794 ntTSL 3 BASIC16.32■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 IMPDH1P4-201ENST00000445028 1534 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 MTFR1L-218ENST00000526894 733 ntTSL 4 BASIC16.32■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 TMC3-AS1-203ENST00000559781 2195 ntTSL 3 BASIC16.32■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 AC243562.2-201ENST00000561247 970 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 NDRG4-247ENST00000568640 1281 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 BAIAP2-219ENST00000575245 2229 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 ERCC1-212ENST00000591636 836 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 GFOD2-203ENST00000602377 1991 ntTSL 4 BASIC16.32■□□□□ 0.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.5 ms