Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 AC010615.2-202ENST00000597444 832 ntTSL 3 BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 PCDHA13-202ENST00000409494 4884 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 TOM1L1-204ENST00000570371 2442 ntTSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 MRPS21-201ENST00000581066 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 FGFR4-201ENST00000292408 3122 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 FAM92B-201ENST00000539556 1898 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 C1QTNF1-208ENST00000580474 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 C5orf24-202ENST00000394976 5065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 TONSL-203ENST00000613741 1713 ntTSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 ANTXR1-201ENST00000303714 5859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 SCN3B-202ENST00000392770 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 CYP4B1-203ENST00000371923 2110 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 GEM-202ENST00000396194 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 CRYZL1-202ENST00000361534 2224 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 HYAL1-202ENST00000320295 2324 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 VIPR1-204ENST00000438259 2427 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 ZNF418-208ENST00000599852 2501 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 TBC1D2-205ENST00000465784 3349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 BMI1-201ENST00000376663 3428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 MYH14-202ENST00000376970 6787 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 COL4A3BP-203ENST00000380494 5651 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 ZNF281-201ENST00000294740 4891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 ADD1-205ENST00000398125 4079 ntTSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 AC010491.1-201ENST00000563101 2797 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 ZSCAN10-201ENST00000252463 2463 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 IGSF8-202ENST00000368086 2366 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 C16orf89-201ENST00000315997 1872 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 SLFNL1-203ENST00000372611 1865 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 GTPBP8-202ENST00000383677 1787 ntTSL 3 BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 ROPN1L-201ENST00000274134 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 NNAT-202ENST00000346199 1209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 FAM220BP-201ENST00000377689 816 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 CD81-202ENST00000381036 880 ntTSL 3 BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 AL137003.1-201ENST00000423260 491 ntTSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 AC062015.1-201ENST00000423838 1134 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 AL109613.1-202ENST00000427243 639 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 LINC01264-201ENST00000431395 500 ntTSL 3 BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 RANGRF-203ENST00000439238 1140 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 SMIM15-AS1-201ENST00000506902 796 ntTSL 3 BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 CEMP1-201ENST00000565480 519 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 NDUFAB1-205ENST00000570319 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 TVP23B-206ENST00000574226 1080 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 MIR4321-201ENST00000592276 80 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 AC009093.7-201ENST00000623853 1223 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 CACNA1A-201ENST00000360228 8627 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 PRR19-204ENST00000598490 1641 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 GHR-201ENST00000230882 4560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 ASS1-204ENST00000372394 1973 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 AC100861.1-202ENST00000500853 1970 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 MXI1-202ENST00000332674 3470 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 BMP1-201ENST00000306349 2626 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 SLC8A2-201ENST00000236877 5234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 SBSPON-201ENST00000297354 3801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 PRKAR2B-201ENST00000265717 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 TBL2-205ENST00000432538 1573 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 TSPEAR-202ENST00000397916 2114 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 FBLIM1-202ENST00000375766 3695 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 SEC14L4-201ENST00000255858 2499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 AZI2-205ENST00000420543 1366 ntTSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 EIF2B3-210ENST00000620860 1923 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 PHKA1-202ENST00000373539 4476 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 SALL3-202ENST00000537592 6555 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 CENPM-201ENST00000215980 966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 CTRB2-201ENST00000303037 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 TMEM179B-201ENST00000333449 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 HLA-H-201ENST00000383620 1096 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 RBPMS2P1-201ENST00000437762 623 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 FAM172A-207ENST00000509739 1031 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 AC008127.1-201ENST00000548424 499 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 AL365330.1-201ENST00000607459 531 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 SPDYE2B-203ENST00000507450 1742 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 SPDYE2-203ENST00000507918 1742 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 LANCL3-201ENST00000378619 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 EIF2B4-206ENST00000451130 1633 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 MINDY1-202ENST00000361738 1961 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 WDR70-202ENST00000504564 1526 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 JADE3-204ENST00000614628 4934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 PABPC4-203ENST00000372858 2753 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 CHID1-215ENST00000528581 1431 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 HDHD2-201ENST00000300605 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 PCBP1-201ENST00000303577 1750 ntAPPRIS P1 BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 CXorf38-201ENST00000327877 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 AL603832.2-201ENST00000566195 2125 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 BEX4-202ENST00000372695 1328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 EGLN2-207ENST00000593726 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 AL136309.2-201ENST00000427049 2277 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 RDH10-201ENST00000240285 3949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 INPP5B-201ENST00000373021 3934 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 FOXO3-202ENST00000406360 7341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 JKAMP-202ENST00000356057 2524 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 RHOC-201ENST00000285735 2199 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 ATP11A-AS1-201ENST00000446442 2192 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 SMG1P3-206ENST00000522841 2774 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 RAB31-207ENST00000578921 4055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 FGFR3-204ENST00000412135 3951 ntTSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 CACFD1-201ENST00000291722 2688 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 DRG1-201ENST00000331457 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 IKZF4-206ENST00000547791 1712 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 DIABLO-208ENST00000464942 2569 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 PIAS4-201ENST00000262971 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 69 ms