Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 MIR3909-201ENST00000579518 119 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 RN7SL510P-201ENST00000581311 263 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 BIRC5-207ENST00000590449 568 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 AL049840.3-201ENST00000602669 611 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 LINC01128-210ENST00000609139 455 ntTSL 3 BASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 PRKN-208ENST00000610470 531 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 PRKN-209ENST00000612485 225 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 MIR7706-201ENST00000613747 67 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 MAP4K5-201ENST00000013125 4354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 HLA-DQB2-231ENST00000435145 2026 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 TOMM70-201ENST00000284320 4409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 TMEM198B-203ENST00000482378 2230 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 ASAH1-254ENST00000637636 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 IRF5-215ENST00000619830 1652 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 TFPI2-201ENST00000222543 2444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 PIPOX-201ENST00000323372 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 INPP5B-202ENST00000373023 4694 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 SNX6-202ENST00000396526 3398 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 NPM2-203ENST00000397940 1874 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 STAC-201ENST00000273183 3227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 FBXW9-201ENST00000393261 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 BRF1-206ENST00000446501 2858 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 AC069224.1-201ENST00000566372 1715 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 HS6ST2-201ENST00000370833 1938 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 AP001122.1-202ENST00000501648 1916 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 PLPPR5-201ENST00000263177 3288 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 ISG20L2-202ENST00000368219 2310 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 TSPY26P-202ENST00000565928 3884 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 PARVB-203ENST00000404989 1591 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 PARVB-204ENST00000406477 1569 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 PDXK-202ENST00000327574 2583 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 AEBP1-206ENST00000450684 2571 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 KIFC3-206ENST00000541240 3047 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 ACE-203ENST00000413513 2237 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 GSKIP-205ENST00000555181 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 SFRP2-201ENST00000274063 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 UCKL1-201ENST00000354216 1837 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 BCL2L12-202ENST00000246785 1431 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 RBFA-202ENST00000306735 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 GATA3-201ENST00000346208 2654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 APP-204ENST00000357903 3543 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 PTK6-202ENST00000542869 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 RASSF1-205ENST00000395126 1657 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 CLN3-203ENST00000357806 1469 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 AL049795.1-201ENST00000373604 642 ntTSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 ZNF789-202ENST00000379724 510 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 PMS2P4-201ENST00000412466 1052 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 SLC26A4-AS1-202ENST00000449741 586 ntTSL 4 BASIC16.38■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 MAP1LC3B-207ENST00000565788 625 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 AL031432.2-201ENST00000566714 459 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 AL928711.1-201ENST00000570165 459 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 TCAP-202ENST00000578283 583 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 AC004597.1-201ENST00000595525 561 ntTSL 4 BASIC16.38■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 GK2-201ENST00000358842 1942 ntAPPRIS P1 BASIC16.38■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 AP005117.1-202ENST00000581724 1908 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 NRXN1-229ENST00000628515 3243 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 MDFIC-202ENST00000393486 4393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 HYMAI-201ENST00000635591 3347 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 PITPNM1-202ENST00000436757 4216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 TPD52L2-203ENST00000348257 2237 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 JRK-203ENST00000571961 2687 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 AMZ2P1-202ENST00000430983 3425 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 UBAC2-203ENST00000403766 1375 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 NR4A3-202ENST00000338488 2588 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 DEF8-225ENST00000569453 1852 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 SCNN1A-221ENST00000543768 2361 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 CROCC-201ENST00000375541 6656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 AL139423.1-201ENST00000606802 7923 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 SBSN-201ENST00000452271 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 ARL6IP1-201ENST00000304414 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 TRMT2A-202ENST00000403707 2928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 SPSB2-203ENST00000519357 1496 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 ZNF764-201ENST00000252797 2738 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 STT3B-201ENST00000295770 4248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 KCNS1-201ENST00000306117 4538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 ZFP90-203ENST00000563169 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 ATP6AP2-201ENST00000378438 2022 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 ADRA1A-202ENST00000354550 1765 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 MGME1-201ENST00000377704 1781 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 HLA-B-249ENST00000412585 1547 ntAPPRIS P1 BASIC16.37■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 ANAPC11-201ENST00000344877 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 UFD1-202ENST00000399523 1007 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 ICAM2-202ENST00000418105 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 AL031284.1-201ENST00000419297 478 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 AL450487.1-201ENST00000426799 995 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 ODF3B-205ENST00000428989 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 FTCD-AS1-201ENST00000446649 500 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 AL513480.1-201ENST00000451731 511 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 AL807752.3-201ENST00000456356 748 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 PRAP1-202ENST00000463201 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 PPIE-208ENST00000470213 927 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 SPCS2-207ENST00000530257 612 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 ANAPC11-213ENST00000577747 672 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 ICAM2-208ENST00000579788 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 TMEM97-205ENST00000583381 578 ntTSL 4 BASIC16.37■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 AC020909.1-201ENST00000599632 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 AC097376.2-204ENST00000609359 627 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 PHOSPHO2-207ENST00000616524 1253 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 AL031008.1-201ENST00000619963 541 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 LMF2-202ENST00000474879 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.7 ms