Protein–RNA interactions for Protein: Q8N205

SYNE4, Nesprin-4, humanhuman

Predictions only

Length 404 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE4Q8N205 SLC39A13-201ENST00000354884 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 TRIM46-209ENST00000543729 1703 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 RNF222-201ENST00000344001 2786 ntAPPRIS P1 BASIC20.1■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 TMEM140-201ENST00000275767 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 AC100861.1-202ENST00000500853 1970 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 SOCS3-201ENST00000330871 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 DMAC2-201ENST00000221943 1692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 GGT5-203ENST00000398292 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 POLR1D-207ENST00000621089 1606 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 RHNO1-209ENST00000618250 2070 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 HMBS-209ENST00000537841 1559 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 FAM174B-201ENST00000327355 2792 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 TMEM130-202ENST00000345589 2261 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 ATG5-210ENST00000636437 2261 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 TAL1-202ENST00000371884 4642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 DUSP13-203ENST00000372702 1778 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 CYB561D2-202ENST00000418577 1533 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 AJ239322.1-201ENST00000419362 2209 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 GOLGA2-213ENST00000610329 2212 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 LGALS2-201ENST00000215886 591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 DGCR6-202ENST00000413981 1039 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 RALY-AS1-203ENST00000440595 660 ntTSL 3 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 C9orf41-AS1-201ENST00000455609 719 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 TMEM218-210ENST00000529609 734 ntTSL 3 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 AC006064.3-201ENST00000537921 477 ntTSL 4 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 AC005342.2-201ENST00000544163 315 ntTSL 3 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 AC092552.1-201ENST00000547243 906 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 SLC38A7-207ENST00000564391 731 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 NOP53-AS1-201ENST00000602048 540 ntTSL 4 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 IFNL3-202ENST00000613087 734 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 RPSAP52-203ENST00000622976 1023 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 SETD3-202ENST00000331768 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 TRIM17-205ENST00000456946 1731 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 SPDYE2B-203ENST00000507450 1742 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 SPDYE2-203ENST00000507918 1742 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 CRY2-211ENST00000616080 1936 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 PRRC2A-201ENST00000376007 6861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 TPM1-201ENST00000267996 1670 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 QPCTL-201ENST00000012049 2310 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 LAT2-201ENST00000275635 1869 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 LHCGR-204ENST00000405626 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 DNAJA4-206ENST00000446172 1399 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 GJB3-201ENST00000373362 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 SLC22A16-202ENST00000368919 1987 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 NFIA-205ENST00000371189 1989 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 AC132872.2-201ENST00000581303 2368 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 PANX2-201ENST00000159647 2964 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 AP000787.1-201ENST00000501356 1926 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 NUP62-211ENST00000597029 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 FDPS-201ENST00000356657 1478 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 H1FOO-201ENST00000324382 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 TPSD1-202ENST00000397534 896 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 TPD52L1-214ENST00000534199 811 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 AC111170.2-201ENST00000585369 768 ntTSL 3 BASIC20.08■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 GADD45B-204ENST00000587345 765 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 KLK3-204ENST00000593997 1035 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 AC010326.2-201ENST00000602124 1020 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.08■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 NDUFS7-219ENST00000620479 754 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
SYNE4Q8N205 ATP11A-AS1-201ENST00000446442 2192 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
SYNE4Q8N205 CNOT6-202ENST00000393356 6303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
SYNE4Q8N205 AL357673.1-201ENST00000637610 2542 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.8
SYNE4Q8N205 TRAF3-204ENST00000539721 1786 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
SYNE4Q8N205 RNPS1-223ENST00000568631 1792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.8
SYNE4Q8N205 SLC39A1-211ENST00000621013 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
SYNE4Q8N205 BNIP3P1-202ENST00000550043 1585 ntBASIC20.08■□□□□ 0.8
SYNE4Q8N205 ELAC2-203ENST00000426905 2671 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
SYNE4Q8N205 LRP8-207ENST00000465675 2670 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
SYNE4Q8N205 PLEKHJ1-211ENST00000589097 2251 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SYNE4Q8N205 SNAI3-AS1-202ENST00000563475 2081 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SYNE4Q8N205 REXO1L6P-201ENST00000603433 1515 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
SYNE4Q8N205 DENND5B-201ENST00000354285 3132 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SYNE4Q8N205 ANTXRL-205ENST00000620264 2206 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SYNE4Q8N205 KLRG1-201ENST00000266551 1335 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SYNE4Q8N205 URAHP-202ENST00000409873 1349 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SYNE4Q8N205 NOMO3-201ENST00000263012 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SYNE4Q8N205 CXorf38-201ENST00000327877 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SYNE4Q8N205 MPV17-203ENST00000380044 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SYNE4Q8N205 KIF21B-203ENST00000422435 5519 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SYNE4Q8N205 MEP1AP4-201ENST00000423244 1087 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
SYNE4Q8N205 FXR1-221ENST00000491674 365 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SYNE4Q8N205 NEU3-203ENST00000529024 581 ntTSL 3 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SYNE4Q8N205 AC129507.1-201ENST00000570711 1013 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SYNE4Q8N205 AC135178.3-201ENST00000583963 531 ntTSL 4 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SYNE4Q8N205 AC093726.1-201ENST00000608064 963 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
SYNE4Q8N205 MIR6775-201ENST00000617557 69 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
SYNE4Q8N205 DACH1-203ENST00000619232 2986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SYNE4Q8N205 COX11-210ENST00000639671 696 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
SYNE4Q8N205 HARS2-206ENST00000508522 1562 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SYNE4Q8N205 MYH14-208ENST00000598205 6137 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SYNE4Q8N205 ESR2-209ENST00000555278 1883 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SYNE4Q8N205 MFSD2A-201ENST00000372809 2173 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SYNE4Q8N205 SLCO5A1-206ENST00000530307 2630 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
SYNE4Q8N205 RABEPK-201ENST00000259460 1313 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
SYNE4Q8N205 ADGRA3-202ENST00000334304 4566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
SYNE4Q8N205 Z97205.2-201ENST00000564697 1639 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
SYNE4Q8N205 PCBP1-201ENST00000303577 1750 ntAPPRIS P1 BASIC20.06■□□□□ 0.8
SYNE4Q8N205 ASAH1-240ENST00000636997 1774 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
SYNE4Q8N205 KCNJ8-201ENST00000240662 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
SYNE4Q8N205 TAAR5-201ENST00000258034 1014 ntAPPRIS P1 BASIC20.06■□□□□ 0.8
SYNE4Q8N205 SOD1-201ENST00000270142 966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.9 ms