Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,988 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 RPARP-AS1-201ENST00000473970 1297 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 TIMM8B-201ENST00000504148 819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 CX3CL1-203ENST00000564948 563 ntTSL 3 BASIC19.15■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 HYAL3-201ENST00000336307 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 CCDC116-203ENST00000607942 1913 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 TOM1L2-201ENST00000318094 2259 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 CNR1-203ENST00000369501 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 AC100861.1-202ENST00000500853 1970 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 XRCC1-202ENST00000543982 1994 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 UBTF-202ENST00000343638 4684 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 GALNT9-201ENST00000328957 2410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 SLC29A1-203ENST00000371724 2275 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 GBGT1-204ENST00000372043 1935 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 ZNF584-209ENST00000599238 2288 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
SCN9AQ15858 COQ7-201ENST00000321998 2657 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 TTC8-202ENST00000345383 2329 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 HAPLN4-201ENST00000291481 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 MIR155HG-201ENST00000456917 1600 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 PCM1-206ENST00000518537 2171 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 SLC35E4-201ENST00000343605 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 MRPL58-201ENST00000301585 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 C1QBPP1-201ENST00000400117 770 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 H2AFV-206ENST00000437072 589 ntTSL 4 BASIC19.14■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 RPL13AP20-201ENST00000459725 609 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 RPL13AP25-201ENST00000484130 612 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 AGER-214ENST00000538695 487 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 SCGB1C2-201ENST00000595228 478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 ATF5-205ENST00000600336 682 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 AGER-215ENST00000620802 737 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 SLC43A1-201ENST00000278426 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 RGS6-218ENST00000556437 1689 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 TP73-209ENST00000603362 1668 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 CASP9-210ENST00000546424 4463 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 CCDC142-201ENST00000290418 2835 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 DLK1-202ENST00000341267 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 ECSIT-209ENST00000591104 1319 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 LGI4-202ENST00000392225 2891 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 CNGA3-205ENST00000436404 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 RHBDF1-201ENST00000262316 2992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 TRPV4-205ENST00000537083 2436 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 ANKRD23-202ENST00000331001 2455 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 TRPV4-207ENST00000541794 2475 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 DNM1-216ENST00000634267 2909 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 AKIRIN1-202ENST00000432648 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 AGRP-201ENST00000290953 764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 GOLIM4-201ENST00000309027 2100 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 AC004803.1-204ENST00000543290 512 ntTSL 4 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 RAB11B-202ENST00000594216 894 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 AC097359.3-201ENST00000603982 1210 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 APH1A-204ENST00000414276 1718 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 APBB1-202ENST00000311051 2619 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 LUC7L3-201ENST00000240304 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 TP73-AS1-203ENST00000423764 2875 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 DACH1-201ENST00000611519 4789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 DNM1P34-201ENST00000567292 2276 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 CACNA1A-218ENST00000635895 8657 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 CACNA1A-257ENST00000638009 8665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 SOX14-201ENST00000306087 2055 ntAPPRIS P1 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 DDX19B-204ENST00000451014 1608 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 ASCC2-202ENST00000397771 2823 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 SLC25A2-201ENST00000239451 1417 ntAPPRIS P1 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 CCNJL-203ENST00000393977 3320 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 P2RY6-208ENST00000540124 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 TJP3-205ENST00000587686 2946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 CD209-207ENST00000593660 1497 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 RBPMS2-202ENST00000560606 1746 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 SLC47A1-209ENST00000575023 2224 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 NUDT19-201ENST00000397061 2967 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 SLC39A13-201ENST00000354884 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 FUT8-213ENST00000557164 2269 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 CTSD-207ENST00000636571 1790 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 TUBA3E-201ENST00000312988 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 CYTL1-201ENST00000307746 1003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 RUFY2-202ENST00000342616 983 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 MOGAT3-202ENST00000379423 933 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 U82695.1-202ENST00000428676 700 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 PHKG1P2-201ENST00000457537 863 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 FAM104B-207ENST00000489298 712 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 GCHFR-203ENST00000558670 412 ntTSL 3 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 AC010491.1-202ENST00000567048 528 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 YIF1B-216ENST00000592694 1181 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 FAM213B-205ENST00000444521 2827 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 XAF1-201ENST00000346752 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 ZNF746-203ENST00000461958 5051 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 PTHLH-201ENST00000201015 1872 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 AP005717.1-201ENST00000500705 1899 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 ADORA2A-213ENST00000610595 2736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 FBXL5-202ENST00000412094 2837 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 ACP5-202ENST00000412435 1527 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 SNX31-201ENST00000311812 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 MIIP-201ENST00000235332 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 DDX42-216ENST00000583590 4148 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 ZBTB12BP-201ENST00000314232 1122 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 ZNF593-202ENST00000374266 675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 AC018467.1-201ENST00000421581 717 ntTSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 TMEM147-AS1-201ENST00000444728 487 ntTSL 3 BASIC19.12■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 TMEM44-AS1-203ENST00000453671 1119 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 AC078785.1-203ENST00000467342 573 ntTSL 4 BASIC19.12■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 AC126768.2-201ENST00000511693 718 ntTSL 3 BASIC19.12■□□□□ 0.65
SCN9AQ15858 METTL26-214ENST00000614890 801 ntTSL 3 BASIC19.12■□□□□ 0.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.8 ms