Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 SPDYE2-203ENST00000507918 1742 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 TACR2-203ENST00000619173 1713 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 ZNF302-202ENST00000446502 2635 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 NMD3-202ENST00000460469 3061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 DUSP13-210ENST00000491677 1770 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 SERPINH1-201ENST00000358171 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 FBXL12-206ENST00000588922 1843 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 ASH1L-207ENST00000548830 1862 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 REXO1L8P-201ENST00000604378 1897 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 ANKRD29-208ENST00000592179 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 DNM1-216ENST00000634267 2909 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 ULK2-201ENST00000361658 3908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 SLC22A16-202ENST00000368919 1987 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 FBXL3-201ENST00000355619 3503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 HOXB1-201ENST00000239174 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 TNFSF8-203ENST00000618336 1523 ntTSL 3 BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 PCM1-206ENST00000518537 2171 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 FAM49B-223ENST00000522746 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 PITX2-204ENST00000394595 1693 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 FOXA1-201ENST00000250448 2862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 ADSL-220ENST00000636714 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 NSL1-201ENST00000366976 722 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 SHBG-202ENST00000380450 1271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 IFI27L1-201ENST00000393115 674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 PEMT-203ENST00000395782 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 ITIH1-202ENST00000405128 1122 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 AL442647.2-201ENST00000429864 857 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 GOLGA2P4-201ENST00000441462 777 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 LINC01939-201ENST00000445279 694 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 CDKN2AIP-205ENST00000510928 860 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 SLC1A4-205ENST00000531327 1217 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 SNAI3-AS1-206ENST00000569786 588 ntTSL 3 BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 AC009134.1-201ENST00000571939 443 ntTSL 3 BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 C19orf38-203ENST00000592854 1060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 Metazoa_SRP.80-201ENST00000619894 320 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 PDE4A-201ENST00000293683 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 NFIA-205ENST00000371189 1989 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 STX2-201ENST00000261653 3331 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 CDKN1B-201ENST00000228872 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 CNNM3-201ENST00000305510 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 HNRNPA1P48-201ENST00000562726 1377 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 KRT86-201ENST00000293525 2091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 ORMDL3-201ENST00000304046 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 KRT8P22-201ENST00000562317 1415 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 C18orf8-201ENST00000269221 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 EID3-201ENST00000527879 1467 ntAPPRIS P1 BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 ATG5-210ENST00000636437 2261 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 SMIM5-201ENST00000375215 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 FMNL1-201ENST00000328118 2330 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 DDX55-203ENST00000421670 1574 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 HSD17B12-201ENST00000278353 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 NSFL1C-202ENST00000353088 2611 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 DHCR7-201ENST00000355527 2666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 FZD10-201ENST00000229030 3281 ntAPPRIS P1 BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 FZD10-202ENST00000539839 3282 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 CSTB-204ENST00000640406 2354 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 FO393414.2-201ENST00000405153 598 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 AL121983.1-201ENST00000424181 335 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 MTX3-202ENST00000512528 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 LINC02279-201ENST00000553435 737 ntTSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 AL132639.3-201ENST00000556537 530 ntTSL 4 BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 AC005523.1-201ENST00000598782 418 ntTSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 AC097634.3-201ENST00000613067 820 ntTSL 3 BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 RDM1-220ENST00000616596 1032 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 RDM1-228ENST00000620284 1177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 AC244517.4-201ENST00000624549 580 ntTSL 4 BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 MEIKIN-203ENST00000442687 1315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 TRAM1-201ENST00000262213 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 MAP3K8-207ENST00000542547 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 SH2B1-216ENST00000618521 2935 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 ETV7-201ENST00000339796 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 DMAC2-210ENST00000592922 1622 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 IL18BP-204ENST00000393703 1788 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 SBSN-201ENST00000452271 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 INTS4P2-202ENST00000614726 2019 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 TMEM130-202ENST00000345589 2261 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 CAMK2B-204ENST00000350811 2292 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 SLC7A2-205ENST00000522656 2274 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 PLEKHJ1-211ENST00000589097 2251 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 MTMR14-203ENST00000353332 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 AKIRIN1-202ENST00000432648 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 DIP2A-204ENST00000457905 3044 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 ABHD11-201ENST00000222800 1483 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 MECR-201ENST00000263702 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 POLR2J-201ENST00000292614 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 TXNDC2-201ENST00000306084 1873 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 MFF-202ENST00000337110 1760 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 SAMD11-202ENST00000342066 2551 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 MPV17-206ENST00000402722 827 ntTSL 3 BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 LINC01759-201ENST00000412639 985 ntTSL 3 BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 SFTPC-202ENST00000437090 773 ntTSL 3 BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 RPL7P3-201ENST00000441388 714 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 IGFBP2-204ENST00000456764 846 ntTSL 3 BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 CRYGN-205ENST00000491928 698 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 UVSSA-208ENST00000511563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 AC126768.2-201ENST00000511693 718 ntTSL 3 BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 PRG2-202ENST00000525955 1367 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.6 ms