Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 GBGT1-204ENST00000372043 1935 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 PYCR3-201ENST00000220966 2678 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 FAM49B-224ENST00000522941 1700 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 AL357673.1-201ENST00000637610 2542 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 PPP1R3G-201ENST00000405617 4907 ntAPPRIS P1 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 HOXA10-202ENST00000396344 1570 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 AC008894.3-201ENST00000624324 3103 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 BLCAP-201ENST00000373537 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 CD300LG-204ENST00000539718 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 TM2D3-207ENST00000559107 1353 ntTSL 3 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 ZBTB32-201ENST00000262630 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 CIB3-201ENST00000269878 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 RBM43-202ENST00000409092 579 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 SNHG17-203ENST00000417578 880 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 TMEM176A-202ENST00000461345 635 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 GREM1-201ENST00000560677 623 ntTSL 4 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 AL138828.2-201ENST00000615812 383 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 HAUS2-211ENST00000639412 375 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 EPB41L3-207ENST00000545076 3190 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 SCAP-201ENST00000265565 4394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 EWSR1-222ENST00000629659 2446 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 RARA-206ENST00000425707 3041 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 CENPT-208ENST00000562787 2345 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 KIF5C-201ENST00000435030 6931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 AC005622.1-201ENST00000636801 1703 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 TBC1D28-201ENST00000345096 2789 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 SH3YL1-206ENST00000405430 2064 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 BRD3-201ENST00000303407 5652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 THOC5-202ENST00000397871 2560 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 CD40-207ENST00000620709 1522 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 AIDA-201ENST00000340020 3008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 FAM184A-214ENST00000621231 4048 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 AASDHPPT-201ENST00000278618 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 DOK5-201ENST00000262593 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 MRPS21-201ENST00000581066 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 BRD2-201ENST00000374825 4894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 PCK2-205ENST00000558096 2433 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 CBLC-202ENST00000341505 1441 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 CD300A-202ENST00000360141 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 ASH1L-207ENST00000548830 1862 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 ISG20L2-202ENST00000368219 2310 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 SYTL3-203ENST00000367081 2692 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 PCDHA12-201ENST00000398631 5233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 POLR1C-201ENST00000304004 1280 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 EIF5A-201ENST00000336452 1256 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 NDUFA3-204ENST00000391764 267 ntTSL 3 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 SNX21-206ENST00000462307 1043 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 AC008750.1-201ENST00000532473 492 ntTSL 3 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 PPP1R14B-203ENST00000542235 920 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 AC116003.1-201ENST00000578340 536 ntTSL 3 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 ARHGAP33-201ENST00000007510 2545 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 GRAMD4P3-201ENST00000621665 1669 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 TFAP2B-202ENST00000393655 5773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 FLJ38576-201ENST00000623820 2459 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 SART1-201ENST00000312397 3293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 OSGEP-201ENST00000206542 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 ZNF408-201ENST00000311764 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 TSC22D1-AS1-201ENST00000616360 2845 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 CRELD1-201ENST00000326434 1994 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 QPCTL-201ENST00000012049 2310 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 BMP4-201ENST00000245451 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 SHTN1-202ENST00000355371 5361 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 DFNA5-207ENST00000419307 2265 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 MTA2-204ENST00000527204 2265 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 ETFA-203ENST00000557943 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 KRT12-201ENST00000251643 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 DZIP1-203ENST00000361396 7418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 DCAF12L2-201ENST00000360028 2599 ntAPPRIS P1 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 ADD1-201ENST00000264758 4045 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 MEIS3-206ENST00000559524 1828 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 AC006064.2-201ENST00000501075 2196 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 AHRR-203ENST00000505113 2173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 FBXO18-201ENST00000362091 3560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 AC100757.3-201ENST00000622361 1406 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 MEG3-206ENST00000423456 1771 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 SEC23A-203ENST00000545328 2734 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 TTC8-216ENST00000614125 2377 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 SYT12-203ENST00000525457 1678 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 ZDHHC11-209ENST00000511539 1303 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 ZDHHC11B-204ENST00000622126 1301 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 TEAD3-204ENST00000639578 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 FKBP2-201ENST00000309366 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 OR52W1-201ENST00000311352 1114 ntAPPRIS P1 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 NUDT4P1-201ENST00000322209 1206 ntAPPRIS P1 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 C1orf43-203ENST00000368516 872 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 HNRNPA3P1-201ENST00000401429 1139 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 FAM221A-202ENST00000409192 888 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 AC241585.1-201ENST00000433527 519 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 HNRNPA3P5-201ENST00000455201 833 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 FBXO4-206ENST00000509134 1284 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 AL162231.3-201ENST00000556278 902 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 AC022167.4-201ENST00000570290 498 ntTSL 3 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 AC105021.1-202ENST00000570572 669 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 GABARAP-205ENST00000573928 476 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 AC087741.1-203ENST00000576824 820 ntTSL 3 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 ZNF667-AS1-202ENST00000586091 678 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 AL589739.1-201ENST00000607720 493 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 NAA30-204ENST00000556492 7644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 GALNT18-201ENST00000227756 2504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 KRT8-201ENST00000293308 1882 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.9 ms