Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 UVSSA-208ENST00000511563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 IVNS1ABP-202ENST00000367498 4199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 WNK2-204ENST00000427277 6108 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 PRPF19-201ENST00000227524 2157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 CRY2-211ENST00000616080 1936 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 RFC5-204ENST00000454402 1655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 CCDC181-206ENST00000491570 1652 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 WWC3-201ENST00000380861 6647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 TBXAS1-210ENST00000458722 2057 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 CHTF18-202ENST00000317063 2988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 C9orf78-201ENST00000372447 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 PLEKHF2-201ENST00000315367 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 FAM49B-223ENST00000522746 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 FGF6-201ENST00000228837 743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 EIF1AX-201ENST00000379593 765 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 EEF1B2-202ENST00000392221 880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 RABL2A-203ENST00000393166 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 DSCR3-202ENST00000398998 988 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 ECSIT-203ENST00000417981 970 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 AL442647.2-201ENST00000429864 857 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 KRT18P64-201ENST00000434946 1219 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 AC234783.1-201ENST00000441761 496 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 SELENOT-203ENST00000477889 944 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 PDCD6-202ENST00000505221 672 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 HNRNPA1P13-201ENST00000510646 963 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 LINC01184-209ENST00000514573 609 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 EMC4-203ENST00000557879 1009 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 AP3S2-204ENST00000558011 738 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 EPHA10-202ENST00000373048 5425 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 CD300A-202ENST00000360141 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 CYP4F3-202ENST00000585846 2056 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 MAPK8IP3-202ENST00000356010 4456 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 ENTPD6-202ENST00000360031 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 RTN4-204ENST00000357732 2390 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 UBE2QL1-201ENST00000399816 4317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 TBC1D4-201ENST00000377625 6182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 ABCA1-203ENST00000423487 1540 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 ZBTB45P2-201ENST00000452245 1531 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 CADPS2-208ENST00000615869 6066 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 SLC39A13-201ENST00000354884 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 U73166.1-201ENST00000439898 2625 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 AC118344.1-201ENST00000378432 1462 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 LINC02370-201ENST00000428272 2009 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 EIF4E-201ENST00000280892 1097 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 UCHL3-201ENST00000377595 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 ZNF589-204ENST00000440261 917 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 OMP-201ENST00000529803 492 ntAPPRIS P1 BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 AC011466.1-201ENST00000595201 566 ntTSL 4 BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 WNT11-204ENST00000621122 789 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 COX11-210ENST00000639671 696 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 STRN4-201ENST00000263280 3210 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 AC092171.3-201ENST00000610122 2651 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 NR1D2-201ENST00000312521 5258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 NRXN1-208ENST00000405472 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 WNT2-201ENST00000265441 2907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 IQSEC1-201ENST00000273221 5279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 AMT-232ENST00000636199 1546 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 IRAK1-204ENST00000393687 2049 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 AGBL5-202ENST00000360131 3177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 SLC29A1-208ENST00000393844 2326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 EIF3K-203ENST00000545173 1327 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 AIFM1-201ENST00000287295 2260 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 NSUN5-202ENST00000310326 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 CRMP1-202ENST00000397890 2911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 KDM1A-202ENST00000400181 3059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 DUSP13-210ENST00000491677 1770 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 ZSCAN18-208ENST00000595944 1768 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 S100A16-202ENST00000368704 1146 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 TAGLN-202ENST00000392951 928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 AC022494.1-201ENST00000466044 728 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 EVX1-AS-202ENST00000519050 576 ntTSL 4 BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 AC008750.2-202ENST00000532688 729 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 AL390726.5-201ENST00000562942 871 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 BRI3BPP1-201ENST00000594224 787 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 BTNL10-201ENST00000595971 695 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 RPP40-207ENST00000618533 1056 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 ABBA01031660.1-201ENST00000635219 756 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 AL033527.4-201ENST00000641026 673 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 ZNF514-201ENST00000295208 3011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 KDM2A-202ENST00000398645 6511 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 GOLGA2-213ENST00000610329 2212 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 NPLOC4-201ENST00000331134 4415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 STX17-205ENST00000525640 2523 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 RAB29-201ENST00000235932 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 IDH3B-201ENST00000380843 1545 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 IDH3G-203ENST00000370093 1662 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 ARID4B-203ENST00000366603 5946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 RCC1-202ENST00000373832 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 SETD3-202ENST00000331768 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 ZNF213-201ENST00000396878 3313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 BET1L-203ENST00000382762 2819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 ALOX12P2-203ENST00000570921 1945 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 LSMEM2-201ENST00000316436 1494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 MAP4K2-202ENST00000377350 2931 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 HRASLS5-206ENST00000540857 3032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 VPS51-201ENST00000279281 2714 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 SUSD2-201ENST00000358321 3404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 TOM1L2-201ENST00000318094 2259 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 DBNDD2-208ENST00000372723 1118 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
HOXC9P31274 DGCR6-202ENST00000413981 1039 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.1 ms