Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 GHR-201ENST00000230882 4560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 PLPPR4-202ENST00000370185 5369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 EXD3-203ENST00000465160 1585 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 MYCL-203ENST00000397332 3256 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 IGHM-202ENST00000637539 1683 ntAPPRIS P5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 HNRNPU-205ENST00000444376 6827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 TXNDC2-204ENST00000536353 1703 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 LIMS2-217ENST00000545738 1730 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 GJB3-201ENST00000373362 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 CDS1-201ENST00000295887 4461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 RASGRF1-202ENST00000419573 6294 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 MARCO-201ENST00000327097 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 FBLIM1-202ENST00000375766 3695 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 SPAG9-205ENST00000505279 4659 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 PTHLH-201ENST00000201015 1872 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 FEM1C-201ENST00000274457 5816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 ZNF281-201ENST00000294740 4891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 ACTRT3-201ENST00000330368 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 THSD1-202ENST00000349258 3189 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 USHBP1-203ENST00000431146 2136 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 POLR3E-203ENST00000418581 2529 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 HIST1H4J-201ENST00000355057 373 ntAPPRIS P1 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 CALY-203ENST00000368558 825 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 VMA21-202ENST00000370361 693 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 TMEM176B-205ENST00000450753 1006 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 RAB30-AS1-202ENST00000526795 567 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 MAX-210ENST00000555419 765 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 COMMD4-207ENST00000562789 746 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 NDUFAB1-205ENST00000570319 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 IFT20-215ENST00000585313 852 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 HEXIM2-206ENST00000591576 1176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 LAMTOR5-208ENST00000614544 846 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 SPDYE12P-201ENST00000618416 771 ntBASIC20.41■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 AC073592.8-201ENST00000624126 511 ntBASIC20.41■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 CA12-203ENST00000422263 2556 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 LY6K-205ENST00000522591 2724 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 TMTC2-201ENST00000321196 5681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 TMEM120A-201ENST00000417509 1444 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 CLN3-229ENST00000567963 1452 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 OPN5-204ENST00000489301 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 PGAP3-211ENST00000619169 2094 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 AP2A2-201ENST00000332231 4656 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 KIAA1147-202ENST00000536163 7296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 ACAP1-201ENST00000158762 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 SLC30A1-201ENST00000367001 5474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 USP4-201ENST00000265560 3126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 CES3-203ENST00000543856 3178 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 AGTPBP1-201ENST00000337006 4473 ntTSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 C8orf76-201ENST00000276704 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 NFE2-201ENST00000312156 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 TSC22D3-203ENST00000372383 2266 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 AL353597.1-201ENST00000414875 998 ntTSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 MUSTN1-201ENST00000446157 721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 CALML4-206ENST00000467889 987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 RAN-212ENST00000543796 2661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 CSRP2-202ENST00000546966 754 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 AC004846.2-201ENST00000556578 777 ntTSL 3 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 AC027796.3-201ENST00000572919 4753 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 SLC47A1-209ENST00000575023 2224 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 AJ011932.1-201ENST00000621707 465 ntBASIC20.4■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 AC090164.4-201ENST00000632451 313 ntTSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 CACNA1G-202ENST00000354983 8138 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 RDH10-201ENST00000240285 3949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 ABCB10-201ENST00000344517 3857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 SLC9A7-201ENST00000328306 3838 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 CNTNAP3B-201ENST00000276974 3240 ntTSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 LEF1-201ENST00000265165 3068 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 KLC2-203ENST00000394066 2591 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 RTCA-203ENST00000370128 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 INPP5J-202ENST00000400294 2393 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 STAT5A-201ENST00000345506 4301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 HAPLN3-201ENST00000359595 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 NDRG1-202ENST00000414097 3755 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 MSMO1-202ENST00000393766 1789 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 FBXW9-201ENST00000393261 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 FBXO4-201ENST00000281623 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 GGT3P-204ENST00000453783 1664 ntBASIC20.39■□□□□ 0.86
CHMP3Q9Y3E7 ACTR3-208ENST00000535589 1530 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 AL589702.1-201ENST00000641229 1509 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 AC112229.1-202ENST00000490013 2918 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 MXD1-201ENST00000264444 5587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 TRIM27-201ENST00000377194 2686 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 SCRIB-202ENST00000356994 5218 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 POP7-201ENST00000303151 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 C1QC-202ENST00000374639 1183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 U52111.1-201ENST00000434284 914 ntTSL 3 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 LINC01983-203ENST00000444346 519 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 UGT1A2P-201ENST00000454886 866 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 LHX6-205ENST00000464484 666 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 SATB1-217ENST00000493952 626 ntTSL 3 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 TMSB15B-204ENST00000540220 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 TMSB15B-205ENST00000563257 590 ntTSL 4 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 LINC00473-203ENST00000581850 929 ntTSL 3 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 MRPL34-202ENST00000594999 555 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 AC010336.3-201ENST00000597156 667 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 COQ4-205ENST00000609948 956 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 FAM92A-219ENST00000620645 1014 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 NRSN1-203ENST00000378478 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 AUNIP-201ENST00000374298 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 LINC01569-202ENST00000573042 2093 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 63.4 ms