Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 ITM2B-201ENST00000378549 805 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 AMACR-204ENST00000382085 1195 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 RFXANK-203ENST00000407360 1212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 ATP6V0CP3-201ENST00000417255 467 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 LINC01972-201ENST00000422271 553 ntTSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 HHATL-AS1-201ENST00000423165 557 ntTSL 4 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 SEC24B-AS1-201ENST00000499359 957 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 SEC24B-AS1-204ENST00000510971 554 ntTSL 4 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 SMN2-210ENST00000511812 867 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 PUS1-205ENST00000535067 838 ntTSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 LINC01481-203ENST00000549651 883 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 TMEM263-206ENST00000550344 925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 TUBB3-205ENST00000554336 903 ntTSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 METTL23-203ENST00000586738 1059 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 METTL23-205ENST00000588302 925 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 AC027612.4-201ENST00000605371 583 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 AL590999.1-203ENST00000606829 542 ntTSL 4 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 TMEM265-201ENST00000615541 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 AC093512.1-201ENST00000617969 520 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 AC004706.3-202ENST00000621574 984 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 NR2C2-201ENST00000323373 2406 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 CALCR-207ENST00000426151 1741 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 MASTL-203ENST00000375946 3623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 SYBU-231ENST00000533065 2645 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 CACFD1-202ENST00000316948 2794 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 FAM189B-202ENST00000361361 3082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 PCDH1-203ENST00000394536 3827 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 PRKAG1-217ENST00000552212 1497 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 ONECUT1-201ENST00000305901 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 RCAN3-202ENST00000374395 6802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 TRIM27-202ENST00000377199 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 EGLN1-201ENST00000366641 7097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 MAP4-202ENST00000360240 5142 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.14
VPS4AQ9UN37 COL17A1-202ENST00000369733 5488 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 LTK-204ENST00000561619 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 PGBD5-201ENST00000391860 10961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 WDR61-201ENST00000267973 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 KRT85-202ENST00000544265 1387 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 ZNF767P-201ENST00000463567 3520 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 KCNC2-209ENST00000550433 2931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 RUSC1-201ENST00000292254 2163 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 PCM1-206ENST00000518537 2171 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 CDK16-202ENST00000357227 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 PRMT2-208ENST00000451211 1878 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 PDZD4-202ENST00000393758 3763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 HDHD2-201ENST00000300605 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 NEK7-201ENST00000367383 586 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 SH3TC1-202ENST00000382521 829 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 NKIRAS1-204ENST00000416026 795 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 AL109613.1-202ENST00000427243 639 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 HCG4B-203ENST00000450128 991 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 FAM153C-206ENST00000507848 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 LMX1B-203ENST00000526117 1195 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 NDUFS7-216ENST00000546283 1060 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 RNASEK-207ENST00000552842 595 ntTSL 3 BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 AC025678.2-201ENST00000562061 970 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 AC004835.2-201ENST00000603762 682 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 PLPPR2-201ENST00000251473 2727 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 GTF2H1-203ENST00000453096 2707 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 SHTN1-201ENST00000260777 5308 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 DUOXA2-201ENST00000323030 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 PAX3-207ENST00000409551 1782 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 FLJ16779-201ENST00000612722 7638 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 ADAMTSL4-204ENST00000369041 2908 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 LINC00599-203ENST00000519461 2922 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 ASXL1-210ENST00000613218 7038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 FADS2-202ENST00000278840 3630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 FAM3D-201ENST00000358781 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 CD1E-213ENST00000444681 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 GPR176-205ENST00000561100 2816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 VANGL2-201ENST00000368061 5340 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 JMJD1C-202ENST00000399262 8666 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 ARHGEF10-201ENST00000349830 5590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 VOPP1-207ENST00000428648 2866 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 GMPPA-204ENST00000373908 1501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 NFIX-214ENST00000592199 1509 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 PYCR1-201ENST00000329875 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 RNF168-201ENST00000318037 5347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 TAF1D-203ENST00000448108 2082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 AC005920.1-201ENST00000501718 2054 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 CEP72-201ENST00000264935 2434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 ZNF408-201ENST00000311764 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 C12orf66-204ENST00000544871 2441 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 NRIP1-203ENST00000400202 7671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 RTN3-205ENST00000356000 2645 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 PHLDB1-202ENST00000361417 5753 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 IQCC-202ENST00000537469 2252 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 YPEL3-203ENST00000562641 1941 ntTSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 SERINC2-202ENST00000373710 2146 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 ZNF514-201ENST00000295208 3011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 TSPAN4-205ENST00000397406 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 CCT6A-202ENST00000335503 2529 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 UPK2-201ENST00000264031 916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 GPX7-201ENST00000361314 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 LINC02558-202ENST00000436395 298 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 NRSN2-AS1-202ENST00000442637 762 ntTSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 TWIST2-201ENST00000448943 1176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 SLC25A36-204ENST00000453248 1040 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 ITGB1BP1-205ENST00000456913 1043 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS4AQ9UN37 ITGB1BP1-216ENST00000488451 874 ntTSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.5 ms