Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 ZFAND2A-201ENST00000316495 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 KLK12-202ENST00000319590 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.08□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 FAM220CP-201ENST00000395253 831 ntBASIC13.08□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 ZFAND2A-203ENST00000401903 968 ntTSL 3 BASIC13.08□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 DMKN-212ENST00000443640 842 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.08□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 ZNF436-AS1-203ENST00000454117 997 ntTSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 AC122714.2-201ENST00000502787 707 ntBASIC13.08□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 LAT-211ENST00000566177 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 RN7SL850P-201ENST00000579959 291 ntBASIC13.08□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 AC087645.2-201ENST00000586321 799 ntTSL 3 BASIC13.08□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 ZNF772-206ENST00000600175 737 ntTSL 2 BASIC13.08□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 RASGRF2-206ENST00000638442 2842 ntTSL 5 BASIC13.08□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 DYRK3-201ENST00000367106 2329 ntTSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 ZNF140-210ENST00000544426 2340 ntTSL 2 BASIC13.08□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 COL7A1-201ENST00000328333 9276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 FCER2-202ENST00000360067 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.08□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 ARPP19-202ENST00000561650 3245 ntTSL 2 BASIC13.08□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 BICDL1-201ENST00000397558 3055 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.08□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 KANK2-207ENST00000589894 2703 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.08□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 BVES-202ENST00000336775 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 BCAS3-204ENST00000585744 2203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.08□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 TNIK-202ENST00000341852 4727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 HNRNPU-201ENST00000283179 3120 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.08□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 CMKLR1-204ENST00000550402 1893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 MARC1-201ENST00000366910 7439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 CRK-202ENST00000398970 3675 ntTSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 CYLD-202ENST00000398568 3536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 FUK-201ENST00000288078 4081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 AC005906.2-217ENST00000639573 1711 ntTSL 5 BASIC13.08□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 PDPK1-202ENST00000342085 7241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 CRELD2-201ENST00000328268 1357 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 AP000787.1-201ENST00000501356 1926 ntTSL 2 BASIC13.07□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 TAF4B-203ENST00000578121 3204 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.07□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 EDN3-201ENST00000311585 2655 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 SGK1-205ENST00000413996 2686 ntTSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 SYT9-201ENST00000318881 3955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 RAF1-205ENST00000442415 3085 ntTSL 5 BASIC13.07□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 PAX3-207ENST00000409551 1782 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 AC126335.2-201ENST00000623362 4637 ntBASIC13.07□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 LRCH1-202ENST00000389797 3314 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 KDM8-202ENST00000441782 1612 ntTSL 2 BASIC13.07□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 SEH1L-202ENST00000399892 1846 ntTSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 KCNMA1-262ENST00000639489 4302 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.07□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 MUL1-201ENST00000264198 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 AAK1-202ENST00000409068 2606 ntTSL 2 BASIC13.07□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 SLX1A-201ENST00000251303 1091 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 HAAO-201ENST00000294973 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 DNAJC4-201ENST00000321460 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 SLX1B-201ENST00000330181 1165 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 DGCR6-201ENST00000331444 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 ANKRD37-201ENST00000335174 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 EIF6-202ENST00000374443 1017 ntTSL 5 BASIC13.07□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 C1QC-201ENST00000374637 1089 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.07□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 VENTXP7-201ENST00000475503 772 ntBASIC13.07□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 ACY1-210ENST00000494103 1298 ntTSL 3 BASIC13.07□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 LTBR-211ENST00000543190 785 ntTSL 3 BASIC13.07□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 AC004801.5-202ENST00000546804 530 ntTSL 4 BASIC13.07□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 RDH5-202ENST00000547072 1054 ntTSL 5 BASIC13.07□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 RNASEK-203ENST00000549393 783 ntTSL 3 BASIC13.07□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 AC016590.1-204ENST00000586442 813 ntTSL 5 BASIC13.07□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 AC104971.2-201ENST00000588144 1209 ntTSL 2 BASIC13.07□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 AL138831.2-201ENST00000606564 490 ntBASIC13.07□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 NDUFV2-AS1-203ENST00000608008 779 ntBASIC13.07□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 NRBP1-201ENST00000233557 2887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.07□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 SMTNL2-201ENST00000338859 1919 ntTSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 ITSN2-203ENST00000406921 4563 ntTSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 PPRC1-203ENST00000413464 4580 ntTSL 2 BASIC13.07□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 TRAPPC3-209ENST00000616395 1336 ntTSL 3 BASIC13.07□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 TRAPPC3-210ENST00000617904 1305 ntTSL 2 BASIC13.07□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 CCDC183-AS1-201ENST00000414656 2386 ntTSL 2 BASIC13.07□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 PCNX4-203ENST00000406854 4666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.07□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 HMOX2-204ENST00000414777 1752 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.07□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 CUX2-201ENST00000261726 6844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 SORCS2-201ENST00000329016 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.07□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 RNF150-201ENST00000306799 4535 ntTSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 SORCS1-201ENST00000263054 7272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 SLC25A32-201ENST00000297578 2891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.06□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 FAM160B1-203ENST00000369250 2870 ntTSL 1 (best) BASIC13.06□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 TRAF1-201ENST00000373887 6324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.06□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 RTEL1-203ENST00000360203 4623 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.06□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 AC006449.6-201ENST00000612330 2296 ntBASIC13.06□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 H2BFM-201ENST00000355016 1882 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.06□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 SP100-204ENST00000409341 1898 ntTSL 1 (best) BASIC13.06□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 ATP6AP2-217ENST00000636580 2337 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.06□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 TLE4-204ENST00000376537 2793 ntTSL 1 (best) BASIC13.06□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 ZFYVE28-201ENST00000290974 4131 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.06□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 CHN2-201ENST00000222792 3530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.06□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 SHC1-204ENST00000368450 3059 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.06□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 SHC1-205ENST00000368453 3062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.06□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 AP000487.1-202ENST00000500185 2602 ntTSL 2 BASIC13.06□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 PDE9A-203ENST00000335440 1728 ntTSL 1 (best) BASIC13.06□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 KLF11-205ENST00000535335 4033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.06□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 GGT4P-201ENST00000623672 1708 ntBASIC13.06□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 NUMBL-201ENST00000252891 3561 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.06□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 PFDN6-201ENST00000374606 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.06□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 PLPP5-202ENST00000422581 853 ntTSL 1 (best) BASIC13.06□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 TMPOP1-202ENST00000424642 1267 ntBASIC13.06□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 PACRGL-218ENST00000507634 1142 ntTSL 5 BASIC13.06□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 KRT8P26-201ENST00000534154 1276 ntBASIC13.06□□□□□ -0.32
RPUSD4Q96CM3 AL136038.3-201ENST00000561909 1096 ntBASIC13.06□□□□□ -0.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.5 ms