Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 DYNC1LI2-202ENST00000440564 1145 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 AP000344.1-201ENST00000454268 641 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 AP000344.1-202ENST00000457193 586 ntTSL 4 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 TMEM41B-203ENST00000527813 803 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 AL136038.3-201ENST00000561909 1096 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 AC008105.3-202ENST00000585471 1077 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 AC083849.1-201ENST00000615227 514 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 HEY1-208ENST00000523976 1325 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 AC005332.1-201ENST00000577698 1310 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 GOLGA2P2Y-202ENST00000423852 1506 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 AL512625.3-203ENST00000445604 1602 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 GOLGA2P3Y-201ENST00000416946 1653 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 DAGLA-201ENST00000257215 5757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 LEKR1-209ENST00000491763 1940 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 SH2D6-202ENST00000389938 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 SLC6A13-203ENST00000445055 1950 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 TBC1D17-202ENST00000535102 2025 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 PCK2-203ENST00000545054 2505 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 USP4-201ENST00000265560 3126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 AC114490.1-201ENST00000417456 3163 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 ZFP41-203ENST00000520584 3284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 STAT5A-211ENST00000590949 3318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 CARMIL3-201ENST00000342740 4597 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 IGSF1-204ENST00000370903 4594 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 PTPN21-201ENST00000328736 6089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 AC007326.2-201ENST00000624224 7579 ntBASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 NOS1AP-201ENST00000361897 4931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 TUBGCP2-203ENST00000368563 4218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 PDZD4-201ENST00000164640 3689 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 ZNF497-201ENST00000311044 3468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 TPO-203ENST00000346956 2923 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 CNKSR1-202ENST00000374253 2538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 COCH-202ENST00000396618 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 SHROOM2-201ENST00000380913 7447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 ZNF385A-201ENST00000338010 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 FAF1-202ENST00000396153 6817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 AP000253.1-201ENST00000449339 2233 ntTSL 3 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 SLC34A2-202ENST00000503434 2174 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 XRRA1-202ENST00000340360 5681 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 PPM1F-203ENST00000407142 5587 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 CFAP45-201ENST00000368099 1842 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 RANBP3-201ENST00000034275 1762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 FBN2-205ENST00000508989 4987 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 PC-214ENST00000628663 1470 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 TP73-AS1-210ENST00000637775 1455 ntBASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 ZNF81-201ENST00000334937 610 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 TNFRSF10C-202ENST00000397703 1242 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 PSME1-205ENST00000559123 1033 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 SIGLEC29P-201ENST00000599873 1114 ntBASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 MICAL1-201ENST00000358577 3142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 PRKD2-201ENST00000291281 3070 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 LINGO1-204ENST00000561030 2677 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 MBD1-210ENST00000457839 2473 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 MED29-204ENST00000599213 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 HS2ST1-201ENST00000370550 6736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 NELFA-203ENST00000411638 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 SFI1-209ENST00000443011 3579 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 C11orf24-201ENST00000304271 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 CEP170B-203ENST00000453495 6813 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 MARCKS-201ENST00000612661 4275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 LINC00391-201ENST00000433569 1844 ntTSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 NIN-203ENST00000382041 6496 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 NRBP1-201ENST00000233557 2887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 VAT1-201ENST00000355653 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 LMF2-201ENST00000216080 2658 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 AGPS-201ENST00000264167 7764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 SEMA5B-201ENST00000195173 4523 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 GRID2IP-202ENST00000452113 3428 ntTSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 SIGLEC16-201ENST00000599858 1437 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 AP001189.5-201ENST00000637683 1413 ntTSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 NR4A3-201ENST00000330847 4982 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 ESM1-201ENST00000381403 1326 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 FLI1-207ENST00000534087 3859 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 HSD17B10-201ENST00000168216 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 NCKIPSD-201ENST00000294129 2989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 SWI5-201ENST00000320188 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 PKN1-202ENST00000342216 2960 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 AL732437.1-201ENST00000442008 595 ntTSL 4 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 ACY1-210ENST00000494103 1298 ntTSL 3 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 ANKRD13D-218ENST00000515828 1111 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 ANKRD34C-AS1-205ENST00000560452 576 ntTSL 4 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 COX5A-202ENST00000562233 441 ntTSL 3 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 COX5A-204ENST00000567270 579 ntTSL 3 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 AC116407.4-201ENST00000623319 1061 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 HTR1B-201ENST00000369947 2021 ntAPPRIS P1 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 PHB-201ENST00000300408 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 C18orf25-203ENST00000615052 5462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 GPAA1P2-202ENST00000606848 1787 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 ACSL3-202ENST00000392066 3147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 WDR20-202ENST00000322340 3060 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 TK2-221ENST00000620035 5060 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 OSBP2-201ENST00000332585 4340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 CCAR2-201ENST00000308511 4853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 C11orf68-203ENST00000530188 1528 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.08■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 CLDN15-208ENST00000611078 1509 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 ZNF398-203ENST00000483892 2121 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 TRPC6-206ENST00000532133 2648 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 MFSD5-202ENST00000534842 2038 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 PATZ1-204ENST00000405309 3711 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 ELP5-204ENST00000396628 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.1 ms