Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 RBM17-201ENST00000379888 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 KLK1-201ENST00000301420 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 MIR326-201ENST00000362220 95 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 AL929472.3-201ENST00000433474 700 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 TREX1-201ENST00000433541 1105 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 LIMS3-201ENST00000437679 1220 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 LAMA5-AS1-203ENST00000478167 690 ntTSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 FAM104B-207ENST00000489298 712 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 RPL8-205ENST00000527914 551 ntTSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 PAFAH1B3-202ENST00000538771 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 AIPL1-204ENST00000570466 1196 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 MIR22HG-212ENST00000577164 931 ntTSL 4 BASIC21.85■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 AP005329.1-201ENST00000578800 1035 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 PLA2G4C-AS1-201ENST00000596552 568 ntTSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 DDX17-211ENST00000640332 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 DDX17-212ENST00000640668 2196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 PKN1-201ENST00000242783 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 SLC25A2-201ENST00000239451 1417 ntAPPRIS P1 BASIC21.85■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 SNAP47-203ENST00000366760 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 KRT8P37-201ENST00000451609 1420 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 AL691432.1-201ENST00000596308 1422 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 DDX31-201ENST00000310532 2408 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 MAPRE1-201ENST00000375571 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 AGAP6-201ENST00000374056 2703 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 UBP1-202ENST00000283629 4148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 USE1-206ENST00000595101 1776 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 TTC24-202ENST00000368237 1969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 SATB2-203ENST00000428695 2135 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 CABIN1-202ENST00000337989 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 ARHGAP22-206ENST00000435790 2595 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 SEC14L2-215ENST00000617837 2632 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 SLC22A23-205ENST00000436008 6641 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 CRABP1-201ENST00000299529 772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 ZNF593-202ENST00000374266 675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 AC053503.1-201ENST00000429882 519 ntTSL 3 BASIC21.84■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 AC093433.1-201ENST00000458048 571 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 RAB40B-202ENST00000538809 704 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 LYSMD2-204ENST00000560491 1026 ntTSL 3 BASIC21.84■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 LINC02109-201ENST00000565798 869 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 AC108134.3-202ENST00000571404 1207 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 AP002360.2-202ENST00000572035 738 ntTSL 3 BASIC21.84■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 SHBG-212ENST00000575314 1146 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 LGALS9C-215ENST00000584941 1104 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 TNNT1-212ENST00000588981 1163 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 AL021578.1-201ENST00000613646 709 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 AC073263.1-201ENST00000616370 494 ntTSL 3 BASIC21.84■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 TBCEL-205ENST00000529397 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 BPTF-201ENST00000306378 9688 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 CRH-201ENST00000276571 1543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 MEG3-205ENST00000412736 1615 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 TCP1-203ENST00000420894 1671 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 GNAS-212ENST00000371098 1719 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 IKZF4-206ENST00000547791 1712 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 TUBB3-201ENST00000315491 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 RUSC2-202ENST00000455600 5636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 HMCN2-204ENST00000611173 1920 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 SNX27-204ENST00000458013 6403 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 SERPINF2-202ENST00000382061 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 ZNF205-206ENST00000620094 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 ANKRD10-201ENST00000267339 2495 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 KRT5-201ENST00000252242 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 RIC8A-208ENST00000527696 2565 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 SREBF2-209ENST00000612482 5365 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 KMT2B-201ENST00000420124 8469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 FGFR3-202ENST00000340107 4293 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 ISLR2-210ENST00000565540 2780 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.84■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 FGFR4-203ENST00000393648 2733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 ARFGAP2-229ENST00000627920 2613 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 ITGB2-AS1-202ENST00000441379 2282 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 ACSF2-201ENST00000300441 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 ACTRT3-201ENST00000330368 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 WRAP73-202ENST00000378322 1998 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 KRT12-201ENST00000251643 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 CYB5R3-204ENST00000407332 1849 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 PRSS54-204ENST00000567164 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 CCDC183-201ENST00000338005 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 AGFG1-202ENST00000373671 1669 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 PQBP1-201ENST00000218224 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 PQBP1-202ENST00000247140 664 ntTSL 3 BASIC21.83■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 SCGN-201ENST00000334979 704 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 AL022323.1-201ENST00000366110 957 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 PQBP1-203ENST00000376563 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 PQBP1-204ENST00000376566 760 ntTSL 3 BASIC21.83■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 PQBP1-205ENST00000396763 965 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 AC092614.1-201ENST00000419640 909 ntTSL 3 BASIC21.83■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 AL583835.2-202ENST00000421363 1104 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 PQBP1-207ENST00000447146 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 VDAC1P7-201ENST00000462417 847 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 C4orf3-202ENST00000504110 667 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 AC108142.1-201ENST00000505389 286 ntTSL 3 BASIC21.83■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 AC012531.3-201ENST00000513209 777 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.83■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 FOS-206ENST00000555347 1280 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 IFI27-206ENST00000612813 725 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC21.83■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 LARP4-220ENST00000615080 856 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 SEL1L3-202ENST00000399878 4520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 PTPA-223ENST00000452489 2526 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 TLE2-217ENST00000590536 2344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 C19orf25-207ENST00000588871 2128 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 DAGLB-202ENST00000425398 2044 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 TXNDC2-201ENST00000306084 1873 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.4 ms