Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 SHF-202ENST00000458022 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 PTPRVP-202ENST00000490575 953 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 AC140878.1-201ENST00000565277 250 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 MIR4453-201ENST00000584019 89 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 AC098484.3-202ENST00000603943 1011 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 LINC02084-201ENST00000606069 1096 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 COQ4-205ENST00000609948 956 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 AL355974.2-201ENST00000614099 556 ntTSL 4 BASIC16.44■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 AL355974.2-202ENST00000617298 936 ntTSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 GPC1-201ENST00000264039 3713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 AATK-201ENST00000326724 5257 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 FAM49B-224ENST00000522941 1700 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 SLC27A2-201ENST00000267842 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 SARDH-205ENST00000422262 2367 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 GXYLT2-201ENST00000389617 3260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 AMHR2-202ENST00000379791 1437 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 ZNF79-204ENST00000617266 1969 ntTSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 PYCR1-201ENST00000329875 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 U82695.1-201ENST00000635752 1889 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 DUOXA1-202ENST00000430224 1317 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 TIMM50-220ENST00000607714 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 NFIC-211ENST00000641145 8399 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 NKAIN1-201ENST00000373736 2589 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 WAC-203ENST00000354911 3042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 ZMYM3-203ENST00000373981 1841 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 CPD-201ENST00000225719 9394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 SNX1-213ENST00000561026 1374 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 CPEB2-201ENST00000259997 5612 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 CALCR-207ENST00000426151 1741 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 LINC01569-202ENST00000573042 2093 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 C15orf38-AP3S2-201ENST00000398333 2439 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 SRP19-201ENST00000282999 937 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 ZNF524-201ENST00000301073 1102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 FKBP2-201ENST00000309366 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 SNURF-201ENST00000338327 331 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 TNNT3-204ENST00000381558 1258 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 WRB-204ENST00000398753 699 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 AL353597.1-201ENST00000414875 998 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 PSMA8-203ENST00000415576 1280 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 CDH23-AS1-201ENST00000428918 378 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 C2orf88-205ENST00000443551 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 AC125807.1-201ENST00000483097 614 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 RNA5SP410-201ENST00000516285 106 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 BEST1-205ENST00000526988 1263 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 WDR25-203ENST00000542471 1214 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 ZNF606-202ENST00000546715 636 ntTSL 4 BASIC16.43■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 MRPL34-202ENST00000594999 555 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 CD14-202ENST00000401743 1648 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 RAD1-202ENST00000341754 2341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 BEGAIN-201ENST00000355173 2674 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 RELA-227ENST00000615805 2236 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 TRIL-201ENST00000539664 4935 ntAPPRIS P1 BASIC16.43■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 LCMT2-202ENST00000567039 1545 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 MSMO1-202ENST00000393766 1789 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 AC105202.1-204ENST00000502167 1781 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 OTOL1-201ENST00000327928 1434 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 FICD-204ENST00000552695 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 SCARF1-205ENST00000571272 2871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 COL8A2-202ENST00000397799 4670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 ZBTB4-202ENST00000380599 5866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 PELI2-201ENST00000267460 5909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 IMPA1-201ENST00000256108 2690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 GIT2-202ENST00000354574 5387 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 JRK-210ENST00000614134 8932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 SLC47A1-209ENST00000575023 2224 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 FLJ38576-201ENST00000623820 2459 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 VPS51-201ENST00000279281 2714 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 ARMC6-203ENST00000392336 1866 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 LYPD5-202ENST00000414615 2137 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 ATP6V0E2-201ENST00000421974 2605 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 C4orf50-202ENST00000531445 6860 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 ARHGAP27-214ENST00000532891 2604 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 UBALD1-205ENST00000590891 2641 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 ST6GALNAC6-216ENST00000622357 2396 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 FUT3-202ENST00000458379 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 RPL36-201ENST00000347512 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 C6orf52-202ENST00000379586 430 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 BAD-202ENST00000394531 631 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 RAB17-204ENST00000409822 1077 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 AL353705.2-201ENST00000428243 662 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 LINC01983-203ENST00000444346 519 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 NSUN5P1-208ENST00000473960 500 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 LINC01089-211ENST00000543334 1282 ntTSL 4 BASIC16.42■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 BAD-207ENST00000544785 525 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 MAX-210ENST00000555419 765 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 AC138304.1-201ENST00000563841 424 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 AC104985.1-201ENST00000587528 507 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 ASH2L-212ENST00000545394 2808 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 NFE2-201ENST00000312156 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 CEBPG-201ENST00000284000 4109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 PRR30-202ENST00000432962 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 P4HA2-201ENST00000166534 2230 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 LINC01979-201ENST00000576738 5271 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 DARS-201ENST00000264161 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 PCDH10-201ENST00000264360 8489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 SIT1-204ENST00000618781 1317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 MIER1-205ENST00000371014 1728 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 EWSAT1-206ENST00000558922 1725 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 GALNT18-201ENST00000227756 2504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 RGL3-201ENST00000380456 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.4 ms