Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 TRA2B-202ENST00000342294 288 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 GSTZ1-202ENST00000349555 867 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 PIGU-202ENST00000374820 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 TRIM36-203ENST00000379618 693 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 LBH-204ENST00000406087 559 ntTSL 4 BASIC15.36■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 KRT18P27-201ENST00000427733 1299 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 COX10-202ENST00000429152 875 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 SMIM27-204ENST00000453396 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 SPCS2-202ENST00000526361 772 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 AC107918.2-201ENST00000530817 355 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 ETFA-208ENST00000559602 792 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 AC008667.4-201ENST00000607370 168 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 TEX264-216ENST00000614067 1174 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 FAM197Y3-203ENST00000618346 717 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 C1QL3-202ENST00000619991 783 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 FUT5-201ENST00000252675 1916 ntAPPRIS P1 BASIC15.36■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 TBP-202ENST00000392092 1903 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 SEC63-201ENST00000369002 6411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 RSRP1-201ENST00000243189 1502 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 INTS14-209ENST00000567744 2419 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 B3GNT3-202ENST00000595387 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 EIPR1-202ENST00000398659 1795 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 NPR3-203ENST00000415167 1753 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 PDHX-203ENST00000448838 2653 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 NSFL1C-201ENST00000216879 3568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 HEMK1-201ENST00000232854 6087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 WLS-202ENST00000354777 2037 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 ORMDL1-203ENST00000392350 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 PGAP3-201ENST00000300658 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 FBXL12-206ENST00000588922 1843 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 UNC13B-203ENST00000396787 5293 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 PLEKHG3-202ENST00000394691 4397 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 EPHX2-201ENST00000380476 2064 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 ARFGAP1-201ENST00000353546 2776 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 C1orf43-201ENST00000350592 1610 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 EIF2B4-206ENST00000451130 1633 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 ADCY1-204ENST00000621543 1647 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 SCYL1-214ENST00000533862 2570 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 TBC1D3D-201ENST00000616101 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 TBC1D3K-201ENST00000620247 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 LY6E-207ENST00000520466 1419 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 DNM2-203ENST00000389253 3581 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 PICALM-204ENST00000526033 3613 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 SCP2-204ENST00000407246 2239 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 FRMD6-AS1-201ENST00000617151 2229 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 AL353997.2-201ENST00000579352 4955 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 EWSR1-201ENST00000331029 2267 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 AC006449.6-201ENST00000612330 2296 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 CCDC6-201ENST00000263102 5811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 PCGF1-201ENST00000233630 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 LCMT2-202ENST00000567039 1545 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 UBR5-201ENST00000220959 9418 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 HSPB1-201ENST00000248553 909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 LCE1B-201ENST00000360090 1139 ntAPPRIS P1 BASIC15.35■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 AP001062.3-201ENST00000422357 704 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 C21orf33-205ENST00000427803 1077 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 AC007967.2-201ENST00000432613 625 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 KRT18P3-201ENST00000451602 1288 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 CD99L2-206ENST00000466436 988 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 HS6ST1P1-201ENST00000481504 1234 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 EEF1E1-205ENST00000507463 654 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 AC091182.1-202ENST00000518765 713 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 AC068389.2-201ENST00000529518 430 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 AC116612.1-201ENST00000557144 562 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 CYGB-205ENST00000590175 830 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 RPS15-207ENST00000591032 550 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 RPS15-212ENST00000593052 629 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 WT1-AS_2.1-201ENST00000613208 137 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 CCL3-204ENST00000613922 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 AC005593.1-201ENST00000624894 515 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 ACY1-212ENST00000635797 1294 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 LSS-202ENST00000397728 4936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 TVP23B-201ENST00000307767 2064 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 ZBP1-202ENST00000395822 2073 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 COPS7B-206ENST00000410017 2051 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 MYH11-211ENST00000576790 6272 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 TBL2-205ENST00000432538 1573 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 RCAN3-210ENST00000618490 2386 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 HSP90B1-210ENST00000614327 1338 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 CACNA1I-203ENST00000404898 9892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 F3-202ENST00000370207 1879 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 BTN3A1-204ENST00000425234 1882 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 ERO1B-202ENST00000354619 4567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 TRIM24-202ENST00000415680 3799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 C16orf71-201ENST00000299320 2722 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 HFE2-204ENST00000475797 1381 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 ABTB1-201ENST00000232744 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 AL596087.1-201ENST00000400979 1969 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 ANAPC13-206ENST00000514612 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 NEUROD1-201ENST00000295108 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 APH1A-204ENST00000414276 1718 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 WDR74-205ENST00000525752 1724 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 AK4-202ENST00000395334 6998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 TRPC3-202ENST00000379645 3548 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 RBM4-204ENST00000408993 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 MUL1-201ENST00000264198 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 ZDHHC13-202ENST00000446113 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 VSTM2A-204ENST00000407838 3112 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 SP100-204ENST00000409341 1898 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
KLHL28Q9NXS3 MAPK14-201ENST00000229794 3779 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.9 ms