Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUW8

TDP1, Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1, humanhuman

Predictions only

Length 608 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TDP1Q9NUW8 LSR-212ENST00000602122 2480 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 NFATC4-215ENST00000554661 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 ITGB7-202ENST00000422257 2791 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 BRPF1-201ENST00000383829 4736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 C1orf43-201ENST00000350592 1610 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 CTD-2194D22.4-201ENST00000514569 1635 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 PRR19-204ENST00000598490 1641 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 GJB3-201ENST00000373362 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 BATF2-202ENST00000435842 1949 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 TLE2-201ENST00000262953 2705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 YBEY-202ENST00000339195 890 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 TSPAN4-201ENST00000346501 882 ntTSL 3 BASIC16.75■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 ZNF593-202ENST00000374266 675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 YBEY-203ENST00000397691 764 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.75■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 TGFA-205ENST00000444975 985 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 AC092910.3-201ENST00000484076 969 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 ZNF586-205ENST00000598885 578 ntTSL 4 BASIC16.75■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 AL157392.3-207ENST00000601758 744 ntTSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 SRD5A3P1-201ENST00000603021 949 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 5S_rRNA.22-201ENST00000614916 106 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 AC004461.2-201ENST00000629517 803 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 CACNA1A-214ENST00000614285 8410 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 LMF1-AS1-202ENST00000569574 1408 ntTSL 3 BASIC16.75■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 VEPH1-218ENST00000494677 1714 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 PPP1R3E-201ENST00000452015 4773 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 AC012414.7-201ENST00000621235 1507 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 LUC7L3-201ENST00000240304 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 AC004890.2-201ENST00000426347 2419 ntTSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 GALNT14-202ENST00000349752 2733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 TCEA1-201ENST00000396401 2718 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 SCAMP4-201ENST00000316097 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 ZNRF3-201ENST00000402174 2667 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 KLHDC3-202ENST00000326974 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 PRR5-218ENST00000624862 1900 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 FDPS-201ENST00000356657 1478 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 ETV2-205ENST00000479824 1342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 SH2D3C-203ENST00000373277 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 AC010186.2-201ENST00000575094 2612 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 FAM181B-201ENST00000329203 3924 ntAPPRIS P1 BASIC16.74■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 VSIG10L2-202ENST00000638636 2304 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 CLDN11-201ENST00000064724 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 ADAM23-201ENST00000264377 6330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 APH1A-203ENST00000369109 1713 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 GNAS-212ENST00000371098 1719 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 AL136982.4-201ENST00000437689 1740 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 SUSD2-201ENST00000358321 3404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 RGS14-201ENST00000408923 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 TLE2-204ENST00000455444 2253 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 ZNF584-209ENST00000599238 2288 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 HRCT1-201ENST00000354323 950 ntAPPRIS P1 BASIC16.74■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 LGMN-202ENST00000393218 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 DGCR5-201ENST00000399539 862 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 Z98749.2-207ENST00000443658 679 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 AL356441.1-201ENST00000452618 492 ntTSL 3 BASIC16.74■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 AC092910.3-202ENST00000469070 982 ntTSL 3 BASIC16.74■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 AC008406.2-201ENST00000507058 532 ntTSL 3 BASIC16.74■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 NEIL2-207ENST00000528323 998 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 AC005523.1-201ENST00000598782 418 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 IER3IP1-202ENST00000639845 832 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 RASL11B-201ENST00000248706 1995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 KIAA0895-207ENST00000436884 1952 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 PKM-216ENST00000565184 2503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 VPS26A-202ENST00000373382 3229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 UBALD1-205ENST00000590891 2641 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 SLC7A15P-201ENST00000424028 1363 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 GOSR1-201ENST00000225724 6039 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 PDCD7-201ENST00000204549 2851 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 PPEF2-207ENST00000621010 1797 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 FADS3-207ENST00000527697 1640 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 CACNA1A-201ENST00000360228 8627 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 ZNF211-201ENST00000240731 2440 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 TRPV4-205ENST00000537083 2436 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 PIMREG-201ENST00000250056 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 H2AFY-202ENST00000312469 1859 ntTSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 CABP1-204ENST00000453000 1857 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 ASH1L-207ENST00000548830 1862 ntTSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 ARHGEF28-212ENST00000513042 6273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 PROSER2-201ENST00000277570 3333 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 SUZ12-201ENST00000322652 4491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 HTR3E-201ENST00000335304 1912 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 RPS5-201ENST00000196551 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 SPAG7-201ENST00000206020 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 RPLP2-201ENST00000321153 781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 FO393414.2-201ENST00000405153 598 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 ESPNP-202ENST00000414828 571 ntTSL 3 BASIC16.73■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 MEP1AP4-201ENST00000423244 1087 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 AC020915.1-202ENST00000427361 922 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 AC087294.1-202ENST00000439136 487 ntTSL 3 BASIC16.73■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 POU5F1P6-201ENST00000466990 990 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 HSPB7-207ENST00000487046 844 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 IFITM2-204ENST00000533141 588 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC16.73■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 AP001107.3-201ENST00000534065 544 ntTSL 4 BASIC16.73■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 EEF1AKMT3-204ENST00000551420 836 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 AC138207.8-201ENST00000579692 739 ntTSL 3 BASIC16.73■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 AC087294.1-201ENST00000580291 1152 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 CHCHD2P3-201ENST00000603038 451 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 AL031056.2-201ENST00000637957 1217 ntTSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 LINC00595-204ENST00000434974 2692 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 MAGEA8-201ENST00000286482 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
TDP1Q9NUW8 MEG3-206ENST00000423456 1771 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30 ms