Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 SERF1A-205ENST00000507348 663 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 AC100810.1-201ENST00000518822 978 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 TMEM218-210ENST00000529609 734 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 CTBP2P3-201ENST00000585629 1255 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 AC008770.3-202ENST00000591944 567 ntTSL 4 BASIC20.11■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 MALAT1-213ENST00000618227 593 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 IQSEC1-201ENST00000273221 5279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 TCEA1-201ENST00000396401 2718 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 CDK8-201ENST00000381527 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 ZC3H12A-201ENST00000373087 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 LPAR5-202ENST00000431922 2695 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 ZFP92-201ENST00000338647 6105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 DFNA5-207ENST00000419307 2265 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 ABCA1-203ENST00000423487 1540 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 UBE2N-201ENST00000318066 5186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 CRYM-201ENST00000219599 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 LIN54-204ENST00000505397 2742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 ARHGEF19-201ENST00000270747 3029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 HSFX1-201ENST00000370416 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 PKN3-201ENST00000291906 3375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 MAPK8IP3-202ENST00000356010 4456 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 NRSN1-203ENST00000378478 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 SCAND1-201ENST00000305978 902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 OR8S1-201ENST00000310194 1080 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 SPATC1L-202ENST00000330205 1182 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 ZDHHC12-201ENST00000372663 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 BMP7-AS1-201ENST00000445956 436 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 KRT17P7-201ENST00000451704 1104 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 AL161908.2-201ENST00000457964 394 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 RN7SL752P-201ENST00000463779 287 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 RCHY1-210ENST00000513257 759 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 AC025442.1-201ENST00000521596 481 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 AC009163.1-201ENST00000530512 573 ntTSL 4 BASIC20.1■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 AC123567.1-201ENST00000548294 1261 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 AC010327.1-201ENST00000587871 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 HIST1H2AB-201ENST00000615868 393 ntAPPRIS P1 BASIC20.1■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 PIGT-221ENST00000638594 1835 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 UBE2QL1-201ENST00000399816 4317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 PACS2-202ENST00000430725 2944 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 SLC25A48-203ENST00000425402 2062 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 AP000487.1-202ENST00000500185 2602 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 PSMF1-201ENST00000246015 2042 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 FAM227B-201ENST00000299338 2008 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 GGNBP2-212ENST00000613102 2847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 PLEKHG5-207ENST00000400913 4698 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 NRP1-203ENST00000374821 1988 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 AHCYL2-201ENST00000325006 5056 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 DMAC2-201ENST00000221943 1692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 TSC22D4-201ENST00000300181 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 TOM1L2-201ENST00000318094 2259 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 NLRP6-203ENST00000534750 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 MRPL55-201ENST00000295008 632 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 TARDBPP1-201ENST00000442013 1203 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 AC073130.2-202ENST00000444244 842 ntTSL 3 BASIC20.09■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 RAB30-AS1-207ENST00000533708 825 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 NOP53-AS1-201ENST00000602048 540 ntTSL 4 BASIC20.09■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 GNRHR2-204ENST00000604273 1078 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 LINC01115-203ENST00000606068 577 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 NECAB1-201ENST00000417640 5289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 C2CD2L-201ENST00000336702 4771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 SLC29A2-202ENST00000357440 2514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 MATN3-201ENST00000407540 2524 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 SLC29A2-205ENST00000544554 2505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 OXA1L-203ENST00000412791 1440 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 SLC39A1-202ENST00000356205 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 ABLIM2-203ENST00000361737 3396 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 KPNA2-202ENST00000537025 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 CYB5R2-204ENST00000524790 1338 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 UBL3-201ENST00000380680 4384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 SMIM5-201ENST00000375215 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 RAD1-202ENST00000341754 2341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 HEYL-201ENST00000372852 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 CYP4F3-202ENST00000585846 2056 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 MEIS3-210ENST00000561096 1883 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 ZNF789-201ENST00000331410 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 IDH3G-203ENST00000370093 1662 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 EIF4E-201ENST00000280892 1097 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 C1orf68-201ENST00000368775 949 ntAPPRIS P1 BASIC20.08■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 SDHB-201ENST00000375499 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 AL512384.1-201ENST00000406683 331 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 AL133456.1-201ENST00000415655 577 ntTSL 4 BASIC20.08■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 AL161638.1-201ENST00000420354 481 ntTSL 3 BASIC20.08■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 AC140481.1-201ENST00000448777 706 ntTSL 3 BASIC20.08■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 AC147067.1-201ENST00000466692 579 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 GIMAP3P-201ENST00000495150 836 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 AC011495.1-201ENST00000498085 584 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 PDCD6-202ENST00000505221 672 ntTSL 3 BASIC20.08■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 CSF1R-209ENST00000543093 921 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 GABARAPL2-202ENST00000563744 791 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 AC079336.2-201ENST00000578408 927 ntTSL 3 BASIC20.08■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 AP001033.1-201ENST00000584509 466 ntTSL 3 BASIC20.08■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 YPEL2-205ENST00000585166 881 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 MIR8072-201ENST00000614241 80 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 IER3IP1-202ENST00000639845 832 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
TRIM28Q13263 C12orf66-204ENST00000544871 2441 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 ACTG1-208ENST00000575087 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 SARAF-201ENST00000256255 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 MAP4K2-202ENST00000377350 2931 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 EIF2B4-212ENST00000622434 1771 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.8
TRIM28Q13263 CMTM3-202ENST00000424011 2330 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
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