Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 LGALS9C-215ENST00000584941 1104 ntTSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 ZFR2-208ENST00000592398 532 ntTSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 AC106872.11-201ENST00000605838 421 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 TPTE2P2-205ENST00000606711 505 ntTSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 LINC02028-216ENST00000609015 732 ntTSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 SASH1-201ENST00000367467 7711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 KCNH2-203ENST00000430723 2648 ntTSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 DACH1-202ENST00000613252 5233 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 HCN4-201ENST00000261917 7228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 NFIX-209ENST00000587760 1487 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 NUDT10-202ENST00000376006 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 ITGA6-201ENST00000264107 5618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 CYP4F24P-201ENST00000586049 1580 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 RAB4A-205ENST00000618010 2799 ntTSL 3 BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 QRFP-202ENST00000623824 1658 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 COL5A3-201ENST00000264828 6174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 ACOX3-203ENST00000503233 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 AL512652.2-201ENST00000625156 1716 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 PANK2-209ENST00000621507 1763 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 SCARB1-208ENST00000544327 1812 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 C1orf123-201ENST00000294360 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 RUFY2-202ENST00000342616 983 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 SPDYE7P-201ENST00000355920 1064 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 MGST3-203ENST00000367885 680 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 AC006033.1-201ENST00000440505 426 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 AP000552.1-208ENST00000452952 576 ntTSL 4 BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 AC104596.1-201ENST00000507826 579 ntTSL 4 BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 AC116456.1-201ENST00000526646 815 ntTSL 3 BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 OVOL1-AS1-202ENST00000532454 494 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 AC008011.2-201ENST00000538113 792 ntTSL 3 BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 PTP4A1P2-201ENST00000546033 454 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 AC010328.2-201ENST00000597698 1111 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 AC092053.1-201ENST00000605787 1936 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 FBXL7-202ENST00000504595 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 ANKRD6-202ENST00000369408 5258 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 NCAPH2-205ENST00000420993 2037 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 DAGLB-202ENST00000425398 2044 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 AGAP6-201ENST00000374056 2703 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 HPS3-202ENST00000460120 2745 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 ZNF711-201ENST00000276123 2887 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 PLCG1-201ENST00000244007 5285 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 ZDHHC23-201ENST00000330212 3778 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 APCDD1-201ENST00000355285 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 SNX17-210ENST00000537606 2400 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 TNPO2-201ENST00000356861 4962 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 SYT12-203ENST00000525457 1678 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 AL136982.4-201ENST00000437689 1740 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 LGALS12-205ENST00000425950 1789 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 DYRK1B-205ENST00000597639 1806 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 GPS1-228ENST00000624957 1825 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 AKT1S1-207ENST00000391835 3075 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 RABGGTA-201ENST00000216840 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 C17orf62-201ENST00000306645 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 C17orf62-203ENST00000434650 2050 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 DNM3-203ENST00000367733 2322 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 CORO6-210ENST00000580212 2345 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 ESPN-216ENST00000636330 4731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 ACOXL-205ENST00000439055 2373 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 ETNK2-202ENST00000367201 2431 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 VAMP1-203ENST00000400911 1068 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 ZNF564-202ENST00000416136 255 ntTSL 3 BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 AL161908.2-201ENST00000457964 394 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 C8orf88-201ENST00000517562 894 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 RAB1B-202ENST00000527397 991 ntTSL 3 BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 ERH-203ENST00000557016 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 AL583722.2-201ENST00000557223 663 ntTSL 3 BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 AL390726.5-201ENST00000562942 871 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 AC016727.1-203ENST00000603199 540 ntTSL 4 BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 AC009542.2-202ENST00000619004 1067 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 AC006449.3-201ENST00000620144 563 ntTSL 4 BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 BAG3-201ENST00000369085 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 AC006504.5-203ENST00000590628 1335 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 CMPK2-201ENST00000256722 2884 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 TAGLN3-202ENST00000393917 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 HTR7P1-202ENST00000624664 4411 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 KAZN-203ENST00000376030 6030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 COPS3-212ENST00000539941 1699 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 RAD1-208ENST00000628399 1678 ntTSL 3 BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 CPVL-202ENST00000396276 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 PCGF1-201ENST00000233630 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 CTSB-202ENST00000353047 3875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 EPS8L2-205ENST00000526198 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 RNFT2-204ENST00000407967 2415 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 SGSM2-201ENST00000268989 4863 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 KANK3-201ENST00000330915 2787 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 SOGA3-203ENST00000525778 4077 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 RBM15B-201ENST00000563281 6641 ntAPPRIS P1 BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 ATP5S-201ENST00000245448 1671 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 AANAT-201ENST00000250615 1913 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 LETM2-201ENST00000297720 1693 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 ZBTB12BP-201ENST00000314232 1122 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 CABIN1-202ENST00000337989 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 PRDX5-203ENST00000352435 596 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 HRCT1-201ENST00000354323 950 ntAPPRIS P1 BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 ARFIP1-202ENST00000356064 1302 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 MBP-203ENST00000359645 1255 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 FCGR1B-203ENST00000369384 1044 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 MB21D2-201ENST00000392452 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 SMAGP-202ENST00000398453 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL6A1P12109 AC018467.1-201ENST00000421581 717 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.9 ms