Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 ITGA3-202ENST00000320031 4888 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 KIAA1147-202ENST00000536163 7296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 SFN-201ENST00000339276 1320 ntAPPRIS P1 BASIC17.89■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 CLDN6-201ENST00000328796 1369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 RNF32-204ENST00000392743 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 NFATC3-222ENST00000575270 3824 ntTSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 MEGF6-201ENST00000294599 4501 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 TAF3-201ENST00000344293 4872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 ADGRB2-203ENST00000398538 4675 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 PTPRN2-205ENST00000409483 4711 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 ZNF7-207ENST00000528372 2905 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 UGT8-201ENST00000310836 4084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 PRSS50-201ENST00000460241 2960 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 REPS1-208ENST00000450536 4537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 GBA2-202ENST00000378094 3757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 WAC-203ENST00000354911 3042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 AC096667.1-201ENST00000640078 3465 ntTSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 ANTXR1-201ENST00000303714 5859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 WNK2-201ENST00000297954 7138 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 SYN1-202ENST00000340666 3172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 UNC119B-201ENST00000344651 4404 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 NTRK3-202ENST00000355254 2938 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 PDZRN3-201ENST00000263666 4248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 CHTF18-202ENST00000317063 2988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 LCK-206ENST00000373564 2137 ntTSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 ZNF789-202ENST00000379724 510 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 FTCD-AS1-201ENST00000446649 500 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 MRPL2-208ENST00000489623 570 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 AC108751.1-201ENST00000490852 363 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 REEP2-206ENST00000506158 1021 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 AC091180.3-201ENST00000506504 963 ntTSL 3 BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 AP002469.2-201ENST00000531724 424 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 TRMT112-202ENST00000535126 704 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 RPL28-209ENST00000560055 670 ntTSL 3 BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 METRN-205ENST00000568415 612 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 ARHGAP9-203ENST00000424809 2569 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 RAP2C-201ENST00000342983 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 AC007182.1-201ENST00000455232 2159 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 MYH14-202ENST00000376970 6787 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 CCDC136-212ENST00000487361 2268 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 HSD17B7P2-202ENST00000494540 1401 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 LSS-205ENST00000457828 4390 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 TMED9-201ENST00000332598 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 EPS15L1-207ENST00000594975 2489 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 GAS7-203ENST00000432992 4970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 NQO2-201ENST00000338130 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 WNK1-206ENST00000535572 9886 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 BANK1-207ENST00000508653 2115 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 GTF2H1-203ENST00000453096 2707 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 CNOT8-204ENST00000517876 2708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 ZFAND5-205ENST00000376962 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 ENOSF1-202ENST00000340116 1658 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 SYT12-203ENST00000525457 1678 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 RNF34-202ENST00000392464 1722 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 SLC22A5-203ENST00000435065 1746 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 SPDYE2B-203ENST00000507450 1742 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 SPDYE2-203ENST00000507918 1742 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 ARHGAP39-202ENST00000377307 4673 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 COBL-201ENST00000265136 5291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 MAGEA12-202ENST00000393869 1761 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 DBN1-202ENST00000309007 2995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 SCN3B-202ENST00000392770 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 ADARB2-201ENST00000381305 703 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 SLC4A1APP2-201ENST00000424054 1259 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 AP000688.4-201ENST00000436303 446 ntTSL 3 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 VN2R19P-201ENST00000442399 1052 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 TMEM205-202ENST00000447337 916 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 MDH2-205ENST00000461263 648 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 SLC30A5-203ENST00000502979 681 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 IL18BP-211ENST00000531053 853 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 AC109635.5-201ENST00000533593 962 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 AP000721.2-201ENST00000537170 650 ntTSL 4 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 MIR4751-201ENST00000578027 74 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 AC011476.2-201ENST00000585492 1271 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 AC008878.2-201ENST00000601870 942 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 CDSN-202ENST00000376288 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 ARL15-201ENST00000502271 3248 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 TSPAN4-208ENST00000409531 1339 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 CTDSP2-201ENST00000398073 4795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 TMEM120A-201ENST00000417509 1444 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 GABRG3-206ENST00000555083 1405 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 LMNB1-201ENST00000261366 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 CNTNAP3-201ENST00000297668 5064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 DNAJC2-203ENST00000379263 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 STXBP5-207ENST00000546097 2160 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 CLDN14-201ENST00000342108 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 TIPRL-202ENST00000367833 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 CES4A-207ENST00000540947 2284 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 STK39-201ENST00000355999 3820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 BTBD11-205ENST00000490090 4614 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 RAB40B-206ENST00000571995 3859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 GRAMD2B-217ENST00000515200 3109 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 SLC43A1-204ENST00000528450 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 GRID2IP-201ENST00000435185 3215 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 VIPR1-204ENST00000438259 2427 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 PSMA8-202ENST00000343848 1675 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 AP3D1-202ENST00000355272 5034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 TLCD2-201ENST00000330676 5971 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 TACR2-202ENST00000373307 1740 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 GLIDR-204ENST00000638724 1765 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.3 ms