Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 FBXO24-206ENST00000468962 1901 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 PTPA-223ENST00000452489 2526 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 EML3-217ENST00000531557 2509 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 GHR-201ENST00000230882 4560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 WFDC3-204ENST00000372632 704 ntTSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 QRFPR-202ENST00000394427 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 GPAT3-202ENST00000395226 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 ADM2-201ENST00000395737 535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 AC008443.3-201ENST00000412295 549 ntTSL 4 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 AL353597.1-201ENST00000414875 998 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 AL353705.2-201ENST00000428243 662 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 ZNF302-202ENST00000446502 2635 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 AC106872.10-201ENST00000503778 747 ntTSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 AC106772.1-201ENST00000506629 591 ntTSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 CPLX2-206ENST00000512824 518 ntTSL 4 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 LY6E-204ENST00000519546 971 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 CHID1-215ENST00000528581 1431 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 AP001107.2-202ENST00000528650 480 ntTSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 TMEM97-205ENST00000583381 578 ntTSL 4 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 AC022144.1-201ENST00000602255 1580 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 AC009118.2-201ENST00000613275 655 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 INPP5J-213ENST00000620191 2306 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 TCF7-204ENST00000395029 3330 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 KDM1A-201ENST00000356634 3033 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 DIS3-202ENST00000377780 5232 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 PNPO-201ENST00000225573 2256 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 AC254629.1-202ENST00000618276 2112 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 COPS3-212ENST00000539941 1699 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 LZTR1-201ENST00000215739 4572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 CDC25A-202ENST00000351231 3663 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 SLC4A3-201ENST00000273063 4246 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 REEP2-211ENST00000613650 1944 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 RHBG-204ENST00000537040 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 AC073439.1-201ENST00000624121 1774 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 ARHGAP9-204ENST00000430041 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 FUS-201ENST00000254108 5119 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 C1orf115-201ENST00000294889 3413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 WLS-202ENST00000354777 2037 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 LMX1B-204ENST00000561065 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 RCN2-203ENST00000394885 6347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 PSMD12-202ENST00000357146 2437 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 CHST3-201ENST00000373115 6970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 PKP3-201ENST00000331563 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 KIFC3-203ENST00000445690 3379 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 NOS1AP-205ENST00000493151 5559 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 WWTR1-201ENST00000360632 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 ZBTB11-202ENST00000461821 2115 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 SCOC-211ENST00000614192 1959 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 HEPN1-201ENST00000408930 1434 ntAPPRIS P1 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 AC105020.1-201ENST00000435356 2205 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 GLG1-201ENST00000205061 8261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 ERCC1-201ENST00000013807 1278 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 POLR1C-201ENST00000304004 1280 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 DUPD1-201ENST00000338487 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 DDT-201ENST00000350608 671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 MB-201ENST00000359787 1170 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 C10orf35-201ENST00000373279 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 FAM159B-201ENST00000389074 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 MB-202ENST00000397326 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 MB-203ENST00000397328 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 AL359764.1-201ENST00000444330 504 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 CRB3P1-201ENST00000449338 276 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 AL359815.1-201ENST00000457706 821 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 HLA-V-204ENST00000476601 1289 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 CCDC74BP1-201ENST00000508880 1123 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 QPRT-203ENST00000562473 579 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 ZNF324B-203ENST00000594214 564 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 CECR7-204ENST00000609932 568 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 SPTSSB-204ENST00000617024 1292 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 GPER1-207ENST00000619052 571 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 AC087645.4-201ENST00000638890 792 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 MPPE1-211ENST00000588072 4236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 TRPM2-208ENST00000621064 1669 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 TBX4-201ENST00000240335 2470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 AL671710.1-201ENST00000610245 2349 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 HMCN2-204ENST00000611173 1920 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 CDC25B-204ENST00000379598 2990 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 ISM1-201ENST00000262487 2593 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 PRLHR-201ENST00000239032 5446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 LINC00595-204ENST00000434974 2692 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 TMC6-216ENST00000590602 5268 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 ALG12-201ENST00000330817 5350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 PCDHA6-203ENST00000529310 5374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 KLC1-202ENST00000334553 2524 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 SLC22A12-201ENST00000336464 1854 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 GNAQ-201ENST00000286548 6539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 LINC00336-201ENST00000477984 2107 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 DNM2-201ENST00000355667 3541 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 XRRA1-202ENST00000340360 5681 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 LUC7L3-201ENST00000240304 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 CEP19-202ENST00000409690 2201 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 NBEAL2-205ENST00000450053 8827 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 EPM2A-201ENST00000367519 3465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 RB1CC1-201ENST00000025008 6635 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 PTPN20-203ENST00000374342 1929 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 ITGB7-202ENST00000422257 2791 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 IFFO1-211ENST00000615885 2775 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 ELAVL3-201ENST00000359227 4729 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 ADIRF-AS1-201ENST00000418273 2627 ntTSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 LITAF-202ENST00000381810 1527 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.5 ms