Protein–RNA interactions for Protein: Q3LFD5

USP41, Putative ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 41, humanhuman

Predictions only

Length 358 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP41Q3LFD5 MAP9-202ENST00000379248 1165 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 RPUSD3-204ENST00000424438 1005 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 UFL1-AS1-201ENST00000430796 548 ntTSL 3 BASIC17.37■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 AL158198.1-201ENST00000449143 380 ntTSL 3 BASIC17.37■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 SERBP1P3-201ENST00000459980 809 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 CCDC25-209ENST00000522915 785 ntTSL 3 BASIC17.37■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 AC015688.8-201ENST00000577746 656 ntTSL 4 BASIC17.37■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 ZNF226-211ENST00000588742 447 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 SNHG28-203ENST00000621242 708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 ARCN1-203ENST00000392859 1709 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 AL603756.1-201ENST00000606511 2163 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 TRIM33-201ENST00000358465 8339 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 EIPR1-202ENST00000398659 1795 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 YY1-201ENST00000262238 6697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 DCST1-202ENST00000368419 2207 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 COTL1-201ENST00000262428 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 ZNF668-201ENST00000300849 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 ZGLP1-202ENST00000403903 2303 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 TAF1C-222ENST00000570117 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 ZFYVE28-208ENST00000511071 3273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 LBX2-AS1-201ENST00000548978 1852 ntTSL 3 BASIC17.37■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 SGSM2-201ENST00000268989 4863 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 AC007541.1-201ENST00000570282 1469 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 LINC00921-202ENST00000573951 2468 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 TMTC4-203ENST00000376234 3483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 RGS12-203ENST00000344733 5469 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 SAMD11-202ENST00000342066 2551 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 SAMD11-217ENST00000622503 2557 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 TMEFF2-201ENST00000272771 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 AL079303.2-201ENST00000555107 2613 ntTSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 TNIP1-208ENST00000520931 2680 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 BCAM-206ENST00000589651 2686 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 ACOT7-204ENST00000377855 1614 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 TSC22D1-AS1-201ENST00000616360 2845 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 NFIC-203ENST00000443272 1716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 RAD1-202ENST00000341754 2341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 IGFBP3-203ENST00000381086 2322 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 POM121C-208ENST00000615331 5835 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 PFKL-201ENST00000349048 2912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 SYVN1-201ENST00000294256 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 CSF1-204ENST00000369802 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 ADCYAP1R1-203ENST00000409363 1889 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 MPL-202ENST00000413998 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 EIF4H-202ENST00000353999 2503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 VCX2-201ENST00000317103 815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 ADIRF-201ENST00000372013 917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 BLCAP-202ENST00000397131 633 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 BLCAP-203ENST00000397134 566 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 C2orf76-202ENST00000409466 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 NME2P1-201ENST00000426182 414 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 AL353779.1-201ENST00000434793 351 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 LACTB2-203ENST00000522447 1034 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 IFT20-215ENST00000585313 852 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 AL132655.2-201ENST00000596276 594 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 VCX-203ENST00000620630 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 AKR7L-202ENST00000429712 1313 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 DIAPH1-201ENST00000253811 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 DIAPH1-202ENST00000389054 5795 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 DIAPH1-204ENST00000398557 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 SH3BP4-202ENST00000392011 5194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 NRP1-204ENST00000374822 2213 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 PIGX-202ENST00000392391 3057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 MINDY2-202ENST00000450403 4820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 MIB2-232ENST00000520777 3321 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 FBXW9-201ENST00000393261 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 NFATC4-215ENST00000554661 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 PCDHGA12-202ENST00000613314 2634 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 GTPBP8-202ENST00000383677 1787 ntTSL 3 BASIC17.35■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 RAN-212ENST00000543796 2661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 MCF2L-203ENST00000375604 6445 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 LINC01660-203ENST00000618517 1859 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 TPST2-201ENST00000338754 5697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 ODF2-204ENST00000372814 2249 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 ZSCAN10-202ENST00000538082 2350 ntTSL 4 BASIC17.35■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 FBXO18-201ENST00000362091 3560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 SLC12A2-208ENST00000628403 3617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 NPM2-201ENST00000289820 1100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 GK-202ENST00000378941 458 ntTSL 3 BASIC17.35■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 C9orf24-204ENST00000379127 596 ntTSL 3 BASIC17.35■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 NPM2-202ENST00000381530 925 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 C3orf67-212ENST00000491845 832 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 AL512361.1-201ENST00000554200 418 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 AC010336.2-201ENST00000564226 506 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 TP53TG3HP-202ENST00000569755 579 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 ARMC7-205ENST00000584947 445 ntTSL 3 BASIC17.35■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 Metazoa_SRP.112-201ENST00000613101 279 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 SNRPN-201ENST00000346403 1304 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 FAM174A-201ENST00000312637 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 KRT8P12-202ENST00000472924 1397 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 OTUB1-206ENST00000535715 1391 ntTSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 DAG1-201ENST00000308775 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 GDE1-201ENST00000353258 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 ARID5A-203ENST00000454558 3079 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 FAM135A-209ENST00000505769 4806 ntTSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 CASKIN2-201ENST00000321617 5015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 CCDC105-201ENST00000292574 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 CCKAR-201ENST00000295589 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 TONSL-203ENST00000613741 1713 ntTSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 TMEM161A-201ENST00000162044 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
USP41Q3LFD5 ZMYM3-203ENST00000373981 1841 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.1 ms