Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 SERF2-217ENST00000630046 862 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 RCAN3-210ENST00000618490 2386 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 BLOC1S5-202ENST00000397457 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 ZNF211-201ENST00000240731 2440 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 AADAT-208ENST00000515480 2193 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 SBSN-201ENST00000452271 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 AGPAT3-201ENST00000291572 5546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 CHRDL1-204ENST00000444321 1658 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 MGAT1-203ENST00000393340 3077 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 DEK-201ENST00000244776 1441 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 UBA6-AS1-201ENST00000498917 1445 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 PPP1R27-202ENST00000570394 1443 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 ABHD2-207ENST00000565973 2347 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 ZNF385B-204ENST00000410066 3288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 MAPK11-201ENST00000330651 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 NRSN1-203ENST00000378478 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 HEYL-201ENST00000372852 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 TRAM1-205ENST00000521425 3394 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 ZSCAN18-201ENST00000240727 2779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 KCNQ2-202ENST00000344462 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 JAK2-201ENST00000381652 5285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 POLDIP3-202ENST00000339677 783 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 FAM104B-202ENST00000358460 1179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 NSL1-201ENST00000366976 722 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 TNNI1-203ENST00000367312 1100 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 NUDT1-205ENST00000397048 783 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 COPS6-202ENST00000418625 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 HOXB-AS1-201ENST00000435312 806 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 AL034550.1-201ENST00000442179 986 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 AC245100.5-201ENST00000452108 331 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 AC007389.4-201ENST00000454674 793 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 ASF1B-202ENST00000474890 765 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 AC026774.1-201ENST00000503652 691 ntTSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 AP000721.1-201ENST00000535431 559 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 NDUFA4L2-206ENST00000556732 883 ntTSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 TMEM170A-203ENST00000566980 547 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 MIR4259-201ENST00000584466 101 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 AC008758.5-201ENST00000595562 617 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 H2BFM-203ENST00000598335 465 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 HIST1H2BO-201ENST00000616182 381 ntAPPRIS P1 BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 AC073263.1-201ENST00000616370 494 ntTSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 AL160035.1-201ENST00000637583 576 ntTSL 4 BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 AL033527.5-201ENST00000641382 801 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 PAAF1-207ENST00000536003 1639 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 KCTD2-201ENST00000322444 3635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 IGHA1-202ENST00000641837 1310 ntAPPRIS P5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 AC105760.2-201ENST00000418430 2341 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 PITX2-204ENST00000394595 1693 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 CFLAR-214ENST00000443227 1679 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 TRIM46-209ENST00000543729 1703 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 AC004890.2-201ENST00000426347 2419 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 KCNQ5-212ENST00000628967 3527 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 AC226118.1-201ENST00000515213 2146 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 GJB3-201ENST00000373362 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 KRT8P37-201ENST00000451609 1420 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 AC010186.2-201ENST00000575094 2612 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 COL9A1-201ENST00000320755 3059 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 POTEE-204ENST00000613282 1926 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 POTEI-202ENST00000615053 1926 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 TFEB-201ENST00000230323 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 BID-201ENST00000317361 2495 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 CXorf38-201ENST00000327877 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 MRPL55-215ENST00000366742 630 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 AC017116.1-201ENST00000445938 708 ntTSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 AL161908.2-201ENST00000457964 394 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 AL513217.1-202ENST00000458139 600 ntTSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 NAA38-206ENST00000576384 424 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 YIF1B-214ENST00000591784 940 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 Six3os1_5.1-201ENST00000611000 271 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 C11orf53-203ENST00000637637 1049 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 OR2T27-203ENST00000641652 1285 ntAPPRIS P1 BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 DOLPP1-202ENST00000372546 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 GGT7-201ENST00000336431 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 ERICH5-201ENST00000318528 1761 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 GALNT11-205ENST00000430044 2727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 MAP3K8-207ENST00000542547 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 CLIP2-201ENST00000223398 5563 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 KIF16B-206ENST00000636835 5109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 BCS1L-205ENST00000412366 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 RASL11B-201ENST00000248706 1995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 SNAI2-201ENST00000020945 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 NSFL1C-202ENST00000353088 2611 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 HMBS-209ENST00000537841 1559 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 CCT2-202ENST00000543146 2189 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 OASL-204ENST00000620239 1695 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 INPP4A-205ENST00000409851 3365 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 RIMKLB-202ENST00000357529 5830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 PCBP1-201ENST00000303577 1750 ntAPPRIS P1 BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 PHF12-201ENST00000268756 2957 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 SHISA7-201ENST00000376325 6033 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 TMEM183A-201ENST00000367242 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 SLC35G1-202ENST00000427197 2402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 CTNNAL1-201ENST00000325551 2490 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 SFTPB-202ENST00000409383 1867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 PLA2G2D-202ENST00000617227 1856 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 TFF2-201ENST00000291526 737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 TPM1-207ENST00000403994 1049 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 RHOXF1P1-201ENST00000454625 772 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 RN7SL399P-201ENST00000471648 279 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXC9P31274 ATXN2-AS-201ENST00000547021 485 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.7 ms