Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A1P3-201ENST00000395415 828 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A24P2-201ENST00000415059 510 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 ACTG1P3-201ENST00000431775 1114 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 RHOA-206ENST00000454011 889 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 RN7SL399P-201ENST00000471648 279 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 CEP57L1-208ENST00000519095 908 ntTSL 3 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 AP002748.3-205ENST00000525142 567 ntTSL 3 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 AP002748.3-203ENST00000533502 581 ntTSL 3 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 FOS-206ENST00000555347 1280 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 TGIF2-C20orf24-201ENST00000558530 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 AC012322.1-201ENST00000561657 861 ntTSL 3 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 AC091271.1-201ENST00000611877 1162 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 AC009542.2-202ENST00000619004 1067 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 RIC8A-217ENST00000626818 159 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A43-201ENST00000217909 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 ISY1-201ENST00000273541 1704 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 TBP-206ENST00000540980 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 RNFT2-209ENST00000622220 2176 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 ZBTB22-207ENST00000418724 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 ZNF512B-201ENST00000369888 5919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 C1QTNF6-202ENST00000397110 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 SP3-203ENST00000418194 3937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 MBD1-207ENST00000398488 1512 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 RASL10B-201ENST00000603017 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 STRN3-202ENST00000357479 2799 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 NLE1-203ENST00000586869 5286 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 GAREM2-202ENST00000407684 5138 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 NAA50-201ENST00000240922 6135 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 TUBG2-201ENST00000251412 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 UBXN11-205ENST00000374221 1792 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 PCDHA7-202ENST00000525929 5221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 LARGE2-206ENST00000529052 2459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 C16orf45-201ENST00000300006 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 IMP3-201ENST00000314852 2028 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 C4orf32-201ENST00000309733 8901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 LRRC28-202ENST00000331450 752 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 RUFY2-202ENST00000342616 983 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 TAGLN-202ENST00000392951 928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 YBX1P6-201ENST00000442962 1002 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 APOPT1-207ENST00000477116 906 ntTSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 PLEKHA7-214ENST00000532079 565 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 RIT1-205ENST00000539040 919 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 AC012173.1-201ENST00000567942 430 ntTSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 AC006449.3-201ENST00000620144 563 ntTSL 4 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 NDUFS7-219ENST00000620479 754 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 AC020922.1-201ENST00000591954 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 MED19-201ENST00000337672 1637 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 MIER1-209ENST00000401042 1648 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 HNF1A-202ENST00000400024 2337 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 ZNF133-212ENST00000622607 2660 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 CALD1-204ENST00000417172 1915 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 ZADH2-201ENST00000322342 7732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 CCDC17-202ENST00000421127 2216 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 IDH3B-201ENST00000380843 1545 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 GINM1-201ENST00000367419 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 CTSB-204ENST00000453527 2011 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 TRABD-201ENST00000303434 2329 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 RAVER1-207ENST00000615032 1952 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 SAMD4A-208ENST00000555192 1337 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 PRDX5-203ENST00000352435 596 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 LAMA4-203ENST00000368638 1061 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 RNF186-201ENST00000375121 1250 ntAPPRIS P1 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 IGHJ2P-201ENST00000454480 60 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 RPL13AP20-201ENST00000459725 609 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 LAMA5-AS1-203ENST00000478167 690 ntTSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 COG4-212ENST00000564653 590 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 AL118558.3-201ENST00000607414 1079 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 AC020765.3-201ENST00000613051 740 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 AL021578.1-201ENST00000613646 709 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 OR2T27-203ENST00000641652 1285 ntAPPRIS P1 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 DIAPH1-201ENST00000253811 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 DIAPH1-202ENST00000389054 5795 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 DIAPH1-204ENST00000398557 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 E2F2-201ENST00000361729 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 ADGRB2-201ENST00000373655 5400 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 SDCBP2-202ENST00000360779 1519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 FBF1-205ENST00000586717 4825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 TMEM155-201ENST00000337677 2313 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 ARID1A-201ENST00000324856 8577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 C6orf223-203ENST00000442114 3109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 PLPPR2-208ENST00000591608 2552 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 AL133373.2-201ENST00000623187 2828 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 KCTD2-201ENST00000322444 3635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 COL8A2-202ENST00000397799 4670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 PHKA1-201ENST00000339490 6121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 HECTD2-203ENST00000371681 2175 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 MOAP1-201ENST00000298894 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 C3orf18-201ENST00000357203 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 KLHL31-201ENST00000370905 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 MYZAP-201ENST00000267853 2361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 MPPE1-201ENST00000309976 1636 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 CCNYL1-201ENST00000295414 3767 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 PCGF3-201ENST00000362003 5685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 KCNAB2-212ENST00000458166 1336 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 IDH3G-204ENST00000427365 1526 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 SMYD3-214ENST00000490107 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 AL589702.1-201ENST00000641229 1509 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 CLASRP-201ENST00000221455 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 AXIN1-201ENST00000262320 3643 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 APOA1-201ENST00000236850 1227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 74.9 ms