Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 MAPK7-202ENST00000308406 3149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 TPBG-202ENST00000535040 3392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.16□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 CLEC10A-204ENST00000571664 1442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 RALGDS-202ENST00000372050 3634 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 CARNMT1-202ENST00000376834 4130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 AHCYL2-202ENST00000446544 5026 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 TRMT44-205ENST00000513449 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 MBNL1-205ENST00000355460 5941 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 B4GALNT2-201ENST00000300404 1906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 TBCD-202ENST00000539345 3975 ntTSL 5 BASIC13.16□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 IGLL1-201ENST00000249053 716 ntTSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 NUDT6-201ENST00000304430 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 LCE3D-201ENST00000368787 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 ROMO1-204ENST00000374078 498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 CXorf40A-202ENST00000393985 1148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 PON3-205ENST00000451904 1053 ntTSL 3 BASIC13.16□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 COX6C-204ENST00000520271 571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.16□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 GLI4-207ENST00000521682 1082 ntTSL 3 BASIC13.16□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 CLN6-204ENST00000564752 900 ntTSL 3 BASIC13.16□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 DCTN5-208ENST00000568589 772 ntTSL 2 BASIC13.16□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 LINC00092-202ENST00000580908 580 ntTSL 2 BASIC13.16□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 ELAVL1-202ENST00000593807 856 ntTSL 3 BASIC13.16□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 CLN6-214ENST00000636314 442 ntTSL 3 BASIC13.16□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 BCAR3-201ENST00000260502 3171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 MTRF1L-201ENST00000367230 3431 ntTSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 NFE2-202ENST00000435572 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 SEMA4C-201ENST00000305476 3545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 PLAGL1-208ENST00000437412 2640 ntTSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 PHLDB2-203ENST00000412622 5996 ntTSL 5 BASIC13.16□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 SAPCD2-201ENST00000409687 3848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 CYB561-203ENST00000392976 3151 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.16□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 ZNF671-201ENST00000317398 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 CDH23-202ENST00000299366 3954 ntTSL 5 BASIC13.15□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 ULBP2-201ENST00000367351 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 UBAC2-202ENST00000376440 2525 ntTSL 2 BASIC13.15□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 SLC4A3-202ENST00000317151 4069 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.15□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 CCNY-201ENST00000265375 4768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 CMTM3-203ENST00000460097 1797 ntTSL 2 BASIC13.15□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 KCNMA1-202ENST00000286628 6233 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 C19orf48-201ENST00000345523 1503 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.15□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 BAIAP2-219ENST00000575245 2229 ntTSL 5 BASIC13.15□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 TNRC18-203ENST00000399537 10572 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.15□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 TNRC18-205ENST00000430969 10562 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.15□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 AUTS2-218ENST00000615871 4511 ntTSL 5 BASIC13.15□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 MRPS34-201ENST00000177742 1040 ntTSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 ELANE-201ENST00000263621 920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 ENSA-206ENST00000361631 725 ntTSL 2 BASIC13.15□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 SZT2-202ENST00000372450 1191 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 MIEN1-201ENST00000394231 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 AL645929.1-201ENST00000420084 975 ntBASIC13.15□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 MOBP-204ENST00000420739 940 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC13.15□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 SRP19-202ENST00000445150 833 ntTSL 2 BASIC13.15□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 LBX1-AS1-204ENST00000456391 421 ntTSL 5 BASIC13.15□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 AL671277.2-201ENST00000458060 996 ntBASIC13.15□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 AC063952.2-201ENST00000498792 1227 ntBASIC13.15□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 AC008429.1-203ENST00000518894 548 ntTSL 4 BASIC13.15□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 AC127526.4-201ENST00000527970 983 ntTSL 3 BASIC13.15□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 PPOX-219ENST00000544598 813 ntTSL 2 BASIC13.15□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 FCGRT-210ENST00000596975 1054 ntTSL 5 BASIC13.15□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 AL772307.1-201ENST00000639363 1066 ntTSL 2 BASIC13.15□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 SNX18-202ENST00000343017 3140 ntBASIC13.15□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 DNAJC27-201ENST00000264711 4992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 C15orf59-204ENST00000569673 6573 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.15□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 TCAF1-205ENST00000479870 5733 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 ERG28-201ENST00000256319 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 CSNK2A1-203ENST00000400217 1451 ntTSL 2 BASIC13.15□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 NFATC4-221ENST00000555453 3169 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 HS6ST2-201ENST00000370833 1938 ntTSL 5 BASIC13.15□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 TRAPPC8-201ENST00000283351 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 JAKMIP1-204ENST00000409831 2371 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.15□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 CDCA5-201ENST00000275517 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 PDLIM7-202ENST00000355841 1689 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.31
RPUSD4Q96CM3 MICAL1-201ENST00000358577 3142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.31
RPUSD4Q96CM3 RNF135-202ENST00000328381 2892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
RPUSD4Q96CM3 GPSM1-202ENST00000354753 3533 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
RPUSD4Q96CM3 YIF1B-204ENST00000392124 1404 ntTSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
RPUSD4Q96CM3 RBM26-203ENST00000438737 4132 ntTSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
RPUSD4Q96CM3 CES4A-207ENST00000540947 2284 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC13.14□□□□□ -0.31
RPUSD4Q96CM3 GTF2I-212ENST00000573035 4548 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
RPUSD4Q96CM3 ASCL1-201ENST00000266744 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
RPUSD4Q96CM3 PITPNM1-216ENST00000534749 4189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
RPUSD4Q96CM3 AP005117.1-202ENST00000581724 1908 ntBASIC13.14□□□□□ -0.31
RPUSD4Q96CM3 MED16-207ENST00000589119 2772 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
RPUSD4Q96CM3 RAI2-203ENST00000415486 2037 ntTSL 2 BASIC13.14□□□□□ -0.31
RPUSD4Q96CM3 SLC22A23-210ENST00000490273 2043 ntTSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
RPUSD4Q96CM3 SULT2B1-201ENST00000201586 1295 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
RPUSD4Q96CM3 HRAS-201ENST00000311189 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
RPUSD4Q96CM3 ZNF575-201ENST00000314228 1298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.14□□□□□ -0.31
RPUSD4Q96CM3 CLN3-202ENST00000355477 1173 ntTSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
RPUSD4Q96CM3 ABCD1-202ENST00000370129 1016 ntTSL 2 BASIC13.14□□□□□ -0.31
RPUSD4Q96CM3 TSPY22P-201ENST00000427496 604 ntBASIC13.14□□□□□ -0.31
RPUSD4Q96CM3 AC104076.2-201ENST00000448912 469 ntBASIC13.14□□□□□ -0.31
RPUSD4Q96CM3 AF250324.1-201ENST00000506276 703 ntTSL 3 BASIC13.14□□□□□ -0.31
RPUSD4Q96CM3 AC021087.1-201ENST00000512642 522 ntTSL 2 BASIC13.14□□□□□ -0.31
RPUSD4Q96CM3 TMEM218-206ENST00000527766 812 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.14□□□□□ -0.31
RPUSD4Q96CM3 AC126696.3-202ENST00000570159 553 ntTSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
RPUSD4Q96CM3 AC083849.1-201ENST00000615227 514 ntBASIC13.14□□□□□ -0.31
RPUSD4Q96CM3 C10orf142-202ENST00000623589 1010 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
RPUSD4Q96CM3 AIFM1-202ENST00000319908 2248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
RPUSD4Q96CM3 PPP1R37-201ENST00000221462 3163 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
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