Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 GPX3-210ENST00000622181 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.15□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 SCUBE2-207ENST00000520467 3148 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.15□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 ZNF425-201ENST00000378061 3220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.15□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 PMS1-212ENST00000432292 3234 ntTSL 2 BASIC14.15□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 SLC10A3-203ENST00000393586 1893 ntTSL 5 BASIC14.15□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 USP32-201ENST00000300896 5171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.15□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 ATP6V1E1-201ENST00000253413 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.15□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 CYMP-AS1-201ENST00000457402 2351 ntTSL 1 (best) BASIC14.15□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 ADD1-201ENST00000264758 4045 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 SMIM10-201ENST00000330288 1536 ntAPPRIS P1 BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 C17orf62-201ENST00000306645 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 SCLT1-205ENST00000503401 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 WDR81-204ENST00000419248 3315 ntTSL 2 BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 DMTN-223ENST00000523782 2235 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 SUV39H1-202ENST00000376687 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 PBX1-215ENST00000559240 2866 ntTSL 5 BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 ZNF446-201ENST00000335841 1889 ntTSL 5 BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 MRNIP-201ENST00000292586 1238 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 VMA21-202ENST00000370361 693 ntTSL 5 BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 MECP2-203ENST00000407218 1174 ntTSL 5 BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 UFL1-AS1-201ENST00000430796 548 ntTSL 3 BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 SPDYE2-202ENST00000432940 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 SPDYE2B-201ENST00000436228 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 ITPA-203ENST00000455664 729 ntTSL 1 (best) BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 SPDYE5-201ENST00000455862 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 AC082651.1-201ENST00000478468 832 ntTSL 1 (best) BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 NOP2-220ENST00000545915 630 ntTSL 2 BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 RIC8B-209ENST00000549643 571 ntTSL 4 BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 PMF1-BGLAP-204ENST00000567140 655 ntTSL 3 BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 INO80E-210ENST00000567705 880 ntTSL 3 BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 GABARAP-205ENST00000573928 476 ntTSL 1 (best) BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 UBE2E3-205ENST00000602475 602 ntTSL 3 BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 FAM66A-202ENST00000602658 546 ntTSL 5 BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 IRF1-211ENST00000613424 821 ntTSL 1 (best) BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 FKBP4-208ENST00000630279 156 ntTSL 5 BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 CLN3-246ENST00000636228 1224 ntTSL 1 (best) BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 CRY2-211ENST00000616080 1936 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 ADAMTS4-201ENST00000367995 1961 ntTSL 1 (best) BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 HOXB6-203ENST00000484302 1960 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 TRIP6-209ENST00000619988 1303 ntTSL 1 (best) BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 OSGEP-201ENST00000206542 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 LIN54-204ENST00000505397 2742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 SGSH-201ENST00000326317 2784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 DNAAF2-202ENST00000406043 2819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 UNC5B-201ENST00000335350 6841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 AC021148.1-201ENST00000513652 1532 ntTSL 1 (best) BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 RABEPK-206ENST00000628863 1537 ntTSL 5 BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 AC119396.1-201ENST00000576789 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 SPRED3-201ENST00000338502 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 HHIPL1-201ENST00000330710 7390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 C10orf107-201ENST00000330194 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 GPS1-226ENST00000623691 1839 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 GCLC-213ENST00000616923 3694 ntTSL 1 (best) BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 ANXA8-203ENST00000583874 1860 ntTSL 1 (best) BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 MFF-201ENST00000304593 2004 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 GLOD4-202ENST00000301329 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 SERINC2-205ENST00000536384 2062 ntTSL 2 BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 SLC4A5-203ENST00000377632 3123 ntTSL 1 (best) BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 TXNDC11-202ENST00000356957 3178 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 NFATC1-208ENST00000586434 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 FOXP1-218ENST00000498215 2400 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 CENPM-201ENST00000215980 966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 THOC7-201ENST00000295899 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 PENK-201ENST00000314922 1199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 TCEAL3-202ENST00000372627 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 AC107890.1-201ENST00000422478 521 ntBASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 AC092580.3-201ENST00000430932 139 ntBASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 FAM185BP-201ENST00000443595 716 ntBASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 REEP2-206ENST00000506158 1021 ntTSL 2 BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 AL133467.1-201ENST00000554161 993 ntTSL 2 BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 AP000894.3-201ENST00000582554 351 ntTSL 5 BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 RCAN3-211ENST00000630217 658 ntTSL 1 (best) BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 SCYL1-214ENST00000533862 2570 ntTSL 5 BASIC14.14□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 MAP4K1-203ENST00000586296 1363 ntTSL 5 BASIC14.13□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 SIN3B-206ENST00000595541 2767 ntTSL 2 BASIC14.13□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 FLT1-201ENST00000282397 7092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.13□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 MAN2A1-201ENST00000261483 4667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.13□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 ST3GAL6-214ENST00000483910 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.13□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 DEF8-225ENST00000569453 1852 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC14.13□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 PCBP3-204ENST00000400309 1986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.13□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 LGALS3BP-218ENST00000591778 1961 ntTSL 2 BASIC14.13□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 IQCE-204ENST00000404984 2086 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.13□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 AL031731.1-201ENST00000642131 2094 ntBASIC14.13□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 MCMBP-201ENST00000360003 4169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.13□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 PLPPR2-201ENST00000251473 2727 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.13□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 BCL7A-203ENST00000538010 6247 ntTSL 1 (best) BASIC14.13□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 WASF1-207ENST00000392589 3220 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.13□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 RAPGEFL1-212ENST00000620260 3855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.13□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 WHAMMP3-203ENST00000621139 4494 ntTSL 1 (best) BASIC14.13□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 TLE3-226ENST00000627388 5742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.13□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 CERS6-201ENST00000305747 7217 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.13□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 BCL2L12-202ENST00000246785 1431 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.13□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 KHK-202ENST00000260599 2411 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.13□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 RPL21-203ENST00000319826 806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.13□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 C22orf39-201ENST00000333059 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.13□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 PDCD1-201ENST00000334409 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.13□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 MUC1-201ENST00000337604 859 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.13□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 WT1-203ENST00000379079 2466 ntTSL 1 (best) BASIC14.13□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 KRT8P39-201ENST00000396270 1433 ntBASIC14.13□□□□□ -0.15
CHD3Q12873 WDR6-202ENST00000415265 1883 ntTSL 2 BASIC14.13□□□□□ -0.15
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