Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 AL355140.1-201ENST00000457328 398 ntTSL 5 BASIC14.96□□□□□ -0.01
HOXD4P09016 SSNA1-204ENST00000464553 723 ntTSL 2 BASIC14.96□□□□□ -0.01
HOXD4P09016 ST7-OT4-203ENST00000466018 894 ntTSL 5 BASIC14.96□□□□□ -0.01
HOXD4P09016 AC064807.1-203ENST00000520357 575 ntTSL 5 BASIC14.96□□□□□ -0.01
HOXD4P09016 AC069262.1-201ENST00000539058 672 ntBASIC14.96□□□□□ -0.01
HOXD4P09016 PTHLH-207ENST00000539239 890 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.96□□□□□ -0.01
HOXD4P09016 AC124947.2-201ENST00000547118 1133 ntBASIC14.96□□□□□ -0.01
HOXD4P09016 HCFC1R1-203ENST00000572355 610 ntTSL 3 BASIC14.96□□□□□ -0.01
HOXD4P09016 TMEM88-202ENST00000574668 510 ntTSL 2 BASIC14.96□□□□□ -0.01
HOXD4P09016 ACTG1-208ENST00000575087 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.96□□□□□ -0.01
HOXD4P09016 AJ011932.1-201ENST00000621707 465 ntBASIC14.96□□□□□ -0.01
HOXD4P09016 SLC17A9-201ENST00000370349 2594 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.96□□□□□ -0.01
HOXD4P09016 ADAD1-201ENST00000296513 1961 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.96□□□□□ -0.01
HOXD4P09016 BAG5-202ENST00000337322 1960 ntTSL 1 (best) BASIC14.96□□□□□ -0.01
HOXD4P09016 ENOSF1-202ENST00000340116 1658 ntTSL 5 BASIC14.96□□□□□ -0.01
HOXD4P09016 CRY1-201ENST00000008527 3267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.96□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 CGREF1-205ENST00000404694 1376 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.96□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 RRM2-202ENST00000360566 3673 ntTSL 1 (best) BASIC14.96□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 HLF-201ENST00000226067 5547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.96□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 SHMT2-232ENST00000557487 1918 ntTSL 1 (best) BASIC14.96□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 ELMO1-209ENST00000448602 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.96□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 MEN1-207ENST00000377326 3150 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.95□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 TRIM7-204ENST00000393319 2320 ntTSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 MEI1-215ENST00000540833 2326 ntTSL 5 BASIC14.95□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 BORCS8-203ENST00000477565 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 HNRNPH3-202ENST00000354695 1332 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 AC026954.2-202ENST00000575474 2571 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC14.95□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 SFTPB-202ENST00000409383 1867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 CFL1-203ENST00000525451 1878 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.95□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 ZBTB4-202ENST00000380599 5866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 SLITRK4-201ENST00000338017 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 AC105917.1-201ENST00000506637 2539 ntBASIC14.95□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 LUC7L3-201ENST00000240304 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.95□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 TSPAN4-205ENST00000397406 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 AQP3-201ENST00000297991 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 AMZ2P1-202ENST00000430983 3425 ntTSL 2 BASIC14.95□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 VMA21-202ENST00000370361 693 ntTSL 5 BASIC14.95□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 GUK1-210ENST00000391865 990 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 MAPK15-202ENST00000395107 834 ntTSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 NDUFAF3-203ENST00000395458 808 ntTSL 2 BASIC14.95□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 CDK2AP2P3-201ENST00000422476 372 ntBASIC14.95□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 SLC50A1-209ENST00000484157 886 ntTSL 3 BASIC14.95□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 AC190387.1-201ENST00000551683 408 ntBASIC14.95□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 AQP6-203ENST00000551733 849 ntTSL 3 BASIC14.95□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 FLYWCH2-203ENST00000572006 754 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.95□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 PRR29-209ENST00000582540 967 ntTSL 2 BASIC14.95□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 AC016168.1-201ENST00000591422 722 ntTSL 3 BASIC14.95□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 SNHG8-201ENST00000602414 672 ntTSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 SNHG8-205ENST00000602819 470 ntTSL 2 BASIC14.95□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 SLC22A20-204ENST00000530038 1673 ntBASIC14.95□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 PDE4C-201ENST00000262805 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 DUSP18-201ENST00000334679 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 EPS15L1-207ENST00000594975 2489 ntTSL 2 BASIC14.95□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 TSPYL5-201ENST00000322128 4491 ntAPPRIS P1 BASIC14.95□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 ATXN2-201ENST00000377617 4702 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 GMDS-AS1-201ENST00000456943 2308 ntTSL 2 BASIC14.95□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 SLC34A1-204ENST00000512593 1912 ntTSL 2 BASIC14.95□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 KDM4F-201ENST00000545950 1917 ntAPPRIS P1 BASIC14.95□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 MANBAL-204ENST00000397151 1503 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.95□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 MANBAL-205ENST00000397152 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 FRMD8P1-201ENST00000440433 1524 ntBASIC14.95□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 UXT-AS1-201ENST00000590504 1525 ntBASIC14.95□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 PRPF40B-201ENST00000261897 3602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 RANBP3-201ENST00000034275 1762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 BTC-201ENST00000395743 2816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 MINDY1-201ENST00000312210 2400 ntTSL 2 BASIC14.95□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 KCNJ2-AS1-201ENST00000590966 2442 ntBASIC14.95□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 FBXO21-201ENST00000330622 2906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 AC106886.4-201ENST00000623557 2502 ntBASIC14.95□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 FAM83C-201ENST00000374408 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 HIPK4-201ENST00000291823 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 AC119396.1-201ENST00000576789 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.94□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 SLC39A13-213ENST00000533076 1805 ntTSL 2 BASIC14.94□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 SH2B3-202ENST00000538307 2062 ntTSL 2 BASIC14.94□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 TRIM33-201ENST00000358465 8339 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 SLC29A1-209ENST00000427851 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 CPEB3-203ENST00000614585 5789 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.94□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 GP5-201ENST00000401815 3534 ntAPPRIS P1 BASIC14.94□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 CD55-204ENST00000367064 2760 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 ANKK1-201ENST00000303941 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 AC005833.1-201ENST00000280684 4237 ntAPPRIS P1 BASIC14.94□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 UNC5C-202ENST00000504962 1789 ntTSL 2 BASIC14.94□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 UNC13A-206ENST00000552293 5314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.94□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 RABGAP1L-201ENST00000251507 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.94□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 CABP2-201ENST00000294288 925 ntTSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 MRGPRF-202ENST00000320913 705 ntTSL 2 BASIC14.94□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 NUDT4P1-201ENST00000322209 1206 ntAPPRIS P1 BASIC14.94□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 SLC25A1P3-201ENST00000395415 828 ntBASIC14.94□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 TMEM191A-202ENST00000419950 663 ntTSL 3 BASIC14.94□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 AL022316.1-201ENST00000428765 572 ntTSL 4 BASIC14.94□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 RBPMS2P1-201ENST00000437762 623 ntBASIC14.94□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 RPS3A-212ENST00000514682 985 ntTSL 5 BASIC14.94□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 SMCO4-204ENST00000527149 472 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.94□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 WASHC3-213ENST00000545679 865 ntTSL 2 BASIC14.94□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 AC008127.1-201ENST00000548424 499 ntTSL 5 BASIC14.94□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 VPS29-207ENST00000549970 818 ntTSL 3 BASIC14.94□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 NNAT-201ENST00000062104 1297 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 Z92544.3-201ENST00000624747 417 ntBASIC14.94□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 CKMT1B-215ENST00000627381 1074 ntTSL 5 BASIC14.94□□□□□ -0.02
HOXD4P09016 BDKRB2-201ENST00000539359 1600 ntTSL 2 BASIC14.94□□□□□ -0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.6 ms