Protein–RNA interactions for Protein: H3BMG3

SMKR1, Small lysine-rich protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 65 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMKR1H3BMG3 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC17.26■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC17.24■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.34
SMKR1H3BMG3 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.34
SMKR1H3BMG3 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.34
SMKR1H3BMG3 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SMKR1H3BMG3 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SMKR1H3BMG3 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SMKR1H3BMG3 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SMKR1H3BMG3 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SMKR1H3BMG3 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SMKR1H3BMG3 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SMKR1H3BMG3 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SMKR1H3BMG3 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SMKR1H3BMG3 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SMKR1H3BMG3 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SMKR1H3BMG3 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SMKR1H3BMG3 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SMKR1H3BMG3 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SMKR1H3BMG3 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SMKR1H3BMG3 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SMKR1H3BMG3 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SMKR1H3BMG3 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SMKR1H3BMG3 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SMKR1H3BMG3 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SMKR1H3BMG3 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SMKR1H3BMG3 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SMKR1H3BMG3 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SMKR1H3BMG3 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SMKR1H3BMG3 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SMKR1H3BMG3 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SMKR1H3BMG3 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SMKR1H3BMG3 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SMKR1H3BMG3 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SMKR1H3BMG3 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SMKR1H3BMG3 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SMKR1H3BMG3 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SMKR1H3BMG3 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SMKR1H3BMG3 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SMKR1H3BMG3 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SMKR1H3BMG3 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SMKR1H3BMG3 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SMKR1H3BMG3 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMKR1H3BMG3 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
SMKR1H3BMG3 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.5 ms