Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 TRIM46-211ENST00000611379 3082 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 ZFP3-201ENST00000318833 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 MGAT4B-202ENST00000337755 3027 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 AL354813.1-201ENST00000526566 2437 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 ATP6V1E1-201ENST00000253413 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 FIP1L1-207ENST00000507922 1335 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 GAS2L2-201ENST00000604063 2661 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 SH3YL1-206ENST00000405430 2064 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 SF3A2-201ENST00000221494 1963 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 PRKD2-214ENST00000600194 2923 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 PHYHD1-201ENST00000308941 1599 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 NR4A1-204ENST00000394825 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 GUCD1-204ENST00000407471 3482 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 TPD52L2-205ENST00000352482 2339 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 TPD52L2-210ENST00000615907 2310 ntTSL 4 BASIC17.97■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 RELA-227ENST00000615805 2236 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 DKC1-213ENST00000620277 3079 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 C1orf43-204ENST00000368518 1278 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 SURF4-202ENST00000371989 2984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 PMS2P4-201ENST00000412466 1052 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 LINC02247-201ENST00000417135 743 ntTSL 3 BASIC17.97■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 OVCA2-201ENST00000572195 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 NAA60-217ENST00000572942 1089 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 MAP2K3-215ENST00000627447 351 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 TK2-203ENST00000451102 3738 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 GINS2-201ENST00000253462 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 PHB-201ENST00000300408 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 AL591845.1-201ENST00000373137 1838 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 MLXIP-201ENST00000319080 8427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 SLC39A1-202ENST00000356205 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 PKP4-AS1-203ENST00000629904 1951 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 PCDHA13-202ENST00000409494 4884 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 AHCY-201ENST00000217426 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 BCL2-202ENST00000398117 7461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 SERPINF2-203ENST00000450523 1462 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 SPSB2-203ENST00000519357 1496 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 RUNX2-204ENST00000371438 5698 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 SLC29A1-203ENST00000371724 2275 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 CD5L-201ENST00000368174 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 ARHGAP45-212ENST00000590577 3218 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 SFTPC-201ENST00000318561 997 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 SMIM29-201ENST00000335352 1160 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 HYAL1-206ENST00000447605 666 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 FAM197Y8-203ENST00000450145 560 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 CXCL1P1-201ENST00000502804 216 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 OAZ1-202ENST00000582888 969 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 TMEM97-205ENST00000583381 578 ntTSL 4 BASIC17.96■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 METTL23-202ENST00000586200 465 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 METTL23-204ENST00000586752 904 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 METTL23-212ENST00000590964 1006 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 AC090164.4-201ENST00000632451 313 ntTSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 NTRK2-206ENST00000376213 5560 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 RAI1-201ENST00000353383 7662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 SLCO5A1-203ENST00000524945 3725 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 SATB2-202ENST00000417098 5730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 C5orf24-202ENST00000394976 5065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 POC1B-202ENST00000393179 3096 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 ADRA1A-202ENST00000354550 1765 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 HYMAI-201ENST00000635591 3347 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 ROR2-202ENST00000375715 2993 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 FAM151A-201ENST00000302250 2005 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 QRFP-202ENST00000623824 1658 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.96■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 SCPEP1-201ENST00000262288 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
LIMA1Q9UHB6 MGRN1-201ENST00000262370 3968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.46
LIMA1Q9UHB6 SETD3-201ENST00000329331 1330 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.46
LIMA1Q9UHB6 FBXL5-201ENST00000341285 3385 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.46
LIMA1Q9UHB6 GABRA5-202ENST00000355395 2183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.46
LIMA1Q9UHB6 SAMD4A-204ENST00000554335 3003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.46
LIMA1Q9UHB6 CAMK2D-201ENST00000296402 5820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.46
LIMA1Q9UHB6 TMPRSS4-201ENST00000437212 2074 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMA1Q9UHB6 UGDH-202ENST00000501493 2826 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMA1Q9UHB6 SYDE1-204ENST00000600440 3058 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMA1Q9UHB6 AC013268.4-201ENST00000637413 2228 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMA1Q9UHB6 ZNF114-204ENST00000595607 2478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMA1Q9UHB6 ADAM23-201ENST00000264377 6330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMA1Q9UHB6 SFRP1-201ENST00000220772 4492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMA1Q9UHB6 GATA4-206ENST00000528712 2614 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMA1Q9UHB6 SPDEF-202ENST00000544425 1866 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMA1Q9UHB6 AC068831.3-201ENST00000553321 1858 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMA1Q9UHB6 AC091100.1-201ENST00000558424 2354 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMA1Q9UHB6 CNKSR1-202ENST00000374253 2538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMA1Q9UHB6 LUC7L3-202ENST00000393227 2284 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMA1Q9UHB6 SLC22A23-210ENST00000490273 2043 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMA1Q9UHB6 MFSD5-202ENST00000534842 2038 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMA1Q9UHB6 TMEM222-210ENST00000608611 1511 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMA1Q9UHB6 RNASEH2A-201ENST00000221486 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMA1Q9UHB6 IGKV4-1-201ENST00000390243 538 ntAPPRIS P1 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMA1Q9UHB6 PRSS29P-201ENST00000440800 595 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMA1Q9UHB6 FCHSD1-204ENST00000519800 802 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMA1Q9UHB6 FAU-209ENST00000531743 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMA1Q9UHB6 BAX-213ENST00000539787 458 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMA1Q9UHB6 AL645728.2-201ENST00000641974 660 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMA1Q9UHB6 RFPL2-203ENST00000400237 2407 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMA1Q9UHB6 ZNF512B-201ENST00000369888 5919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMA1Q9UHB6 AL138694.1-201ENST00000637731 1689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMA1Q9UHB6 GATA6-201ENST00000269216 3770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMA1Q9UHB6 FOLH1-201ENST00000256999 2635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMA1Q9UHB6 TRIM13-204ENST00000420995 2607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMA1Q9UHB6 PBX3-204ENST00000373489 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMA1Q9UHB6 STAC-201ENST00000273183 3227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.5 ms