Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 HFE2-206ENST00000634927 506 ntTSL 4 BASIC14.17□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 PTGES3-201ENST00000262033 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.17□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 PUS1-208ENST00000542167 2151 ntTSL 5 BASIC14.17□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 SIRT6-203ENST00000594279 1507 ntTSL 3 BASIC14.17□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 ZYG11A-202ENST00000371532 3942 ntTSL 5 BASIC14.17□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 TLE2-202ENST00000426948 2406 ntTSL 5 BASIC14.17□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 ELP5-201ENST00000354429 1304 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.17□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 PANK2-209ENST00000621507 1763 ntTSL 1 (best) BASIC14.17□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 CHKA-201ENST00000265689 2530 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.16□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 SART1-201ENST00000312397 3293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.16□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 TRPC3-202ENST00000379645 3548 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.16□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 TRIM7-201ENST00000274773 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.16□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 TOM1-210ENST00000449058 2389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.16□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 CCDC120-203ENST00000536628 2381 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.16□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 C12orf40-202ENST00000405531 1656 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.16□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 TCP1-203ENST00000420894 1671 ntTSL 5 BASIC14.16□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 NFE2L2-201ENST00000397062 2853 ntTSL 1 (best) BASIC14.16□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 UGT3A2-204ENST00000513300 1924 ntTSL 2 BASIC14.16□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 SDCBP-201ENST00000260130 2167 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.16□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 AC092850.2-201ENST00000623821 2697 ntBASIC14.16□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 PAX6-203ENST00000379109 3182 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.16□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 TBX4-201ENST00000240335 2470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.16□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 ADGRG3-202ENST00000450388 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.16□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 PRLH-201ENST00000165524 264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.16□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 YIF1B-201ENST00000329420 964 ntTSL 3 BASIC14.16□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 TNNC2-202ENST00000372557 780 ntTSL 3 BASIC14.16□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 HNRNPFP1-201ENST00000391730 1133 ntBASIC14.16□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 FLG-AS1-204ENST00000420707 906 ntTSL 5 BASIC14.16□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 Z98749.2-201ENST00000428294 700 ntTSL 5 BASIC14.16□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 AL592309.1-201ENST00000443127 649 ntBASIC14.16□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 AP002490.2-201ENST00000524791 560 ntBASIC14.16□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 IL11-202ENST00000585513 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.16□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 AC005759.1-201ENST00000594805 855 ntTSL 3 BASIC14.16□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 AC010503.2-201ENST00000599292 296 ntTSL 3 BASIC14.16□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 BSG-214ENST00000614867 960 ntTSL 3 BASIC14.16□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 PDLIM3-213ENST00000629667 1016 ntTSL 5 BASIC14.16□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 FMNL1-201ENST00000328118 2330 ntTSL 2 BASIC14.16□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 CXorf38-202ENST00000378421 2380 ntTSL 2 BASIC14.16□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 PDGFA-201ENST00000354513 1308 ntTSL 1 (best) BASIC14.16□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 AFF4-201ENST00000265343 9552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.16□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 LETM2-202ENST00000379957 1873 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.16□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 CCNL2-203ENST00000408952 1857 ntTSL 5 BASIC14.16□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 SERPINB6-201ENST00000335686 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.16□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 SEPT9-237ENST00000591198 2160 ntTSL 2 BASIC14.16□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 CGREF1-205ENST00000404694 1376 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.16□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 TRA2A-202ENST00000392502 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.16□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 MAPK8IP2-202ENST00000329492 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.16□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 AL662844.4-201ENST00000606367 2838 ntBASIC14.16□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 SEPT9-202ENST00000423034 3984 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.16□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 PCDHGA11-202ENST00000518882 2263 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.16□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 LRRC42-201ENST00000319223 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.16□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 PIGT-207ENST00000543458 2037 ntTSL 2 BASIC14.16□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 SGO1-201ENST00000263753 2338 ntTSL 1 (best) BASIC14.16□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 HPSE-207ENST00000513463 1458 ntTSL 1 (best) BASIC14.16□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 LINC02167-203ENST00000566900 1489 ntTSL 2 BASIC14.16□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 HGNC:18790-211ENST00000621129 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.16□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 HNRNPA3-201ENST00000392524 2067 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.16□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 C2orf81-206ENST00000640868 2407 ntAPPRIS ALT2 BASIC14.16□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 RNF19A-201ENST00000341084 4285 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.16□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 MAP2K7-202ENST00000397981 3430 ntTSL 1 (best) BASIC14.15□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 FBXO4-206ENST00000509134 1284 ntTSL 5 BASIC14.15□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 EEF1D-207ENST00000524624 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.15□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 SLC25A39P2-201ENST00000537614 270 ntBASIC14.15□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 AC018653.3-201ENST00000544657 749 ntTSL 3 BASIC14.15□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 C1QTNF1-212ENST00000583904 1129 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC14.15□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 AC067852.1-201ENST00000585572 594 ntTSL 4 BASIC14.15□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 ZNF445-205ENST00000617032 1291 ntTSL 5 BASIC14.15□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 RAB9A-203ENST00000618931 737 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.15□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 AC244153.1-203ENST00000622796 419 ntTSL 2 BASIC14.15□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 ATP6AP2-225ENST00000637482 1648 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.15□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 PANX2-201ENST00000159647 2964 ntTSL 1 (best) BASIC14.15□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 OS9-205ENST00000413095 1660 ntTSL 2 BASIC14.15□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 CD72-204ENST00000396757 2035 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.15□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 PC-204ENST00000524491 1714 ntTSL 2 BASIC14.15□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 KCNA5-201ENST00000252321 2800 ntAPPRIS P1 BASIC14.15□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 AC226118.1-201ENST00000515213 2146 ntTSL 2 BASIC14.15□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 ZNF707-223ENST00000532205 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.15□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 LRRC59-201ENST00000225972 2910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.15□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 AIFM1-202ENST00000319908 2248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.15□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 SACS-AS1-201ENST00000443092 2234 ntTSL 2 BASIC14.15□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 PDXP-202ENST00000403251 1571 ntTSL 2 BASIC14.15□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 CAMK1D-204ENST00000619168 8153 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.15□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 LRFN2-201ENST00000338305 3270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.15□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 KPNA2-202ENST00000537025 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.15□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 CNPPD1-201ENST00000360507 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.15□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 SSR4-201ENST00000320857 1671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.15□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 PLCB2-202ENST00000456256 4242 ntTSL 1 (best) BASIC14.15□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 SLC2A8-201ENST00000373352 914 ntTSL 2 BASIC14.15□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 FAM159B-201ENST00000389074 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.15□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 SUMO1-201ENST00000392244 831 ntTSL 2 BASIC14.15□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 GRAP-202ENST00000395635 834 ntTSL 2 BASIC14.15□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 SUMO1-209ENST00000409712 761 ntTSL 2 BASIC14.15□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 PLA2G16-203ENST00000415826 1099 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.15□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 TERF1P3-201ENST00000505638 1227 ntBASIC14.15□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 AC087276.3-201ENST00000526220 787 ntTSL 3 BASIC14.15□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 AC140878.1-201ENST00000565277 250 ntBASIC14.15□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 AC005544.2-201ENST00000579138 229 ntTSL 5 BASIC14.15□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 PLA2G16-206ENST00000639271 957 ntTSL 5 BASIC14.15□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 MYEF2-215ENST00000610570 2591 ntTSL 5 BASIC14.15□□□□□ -0.14
CHD3Q12873 DUOXA1-202ENST00000430224 1317 ntTSL 1 (best) BASIC14.15□□□□□ -0.14
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