Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 AL121983.1-201ENST00000424181 335 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
CUX1P39880 RFPL4A-201ENST00000434937 1035 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
CUX1P39880 AC106786.2-201ENST00000506859 561 ntTSL 4 BASIC27.02■■□□□ 1.92
CUX1P39880 AP001360.1-202ENST00000526934 479 ntTSL 3 BASIC27.02■■□□□ 1.92
CUX1P39880 MALAT1-213ENST00000618227 593 ntTSL 3 BASIC27.02■■□□□ 1.92
CUX1P39880 AGAP1-213ENST00000619456 1057 ntTSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
CUX1P39880 RAB40C-203ENST00000535977 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
CUX1P39880 PAX3-207ENST00000409551 1782 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
CUX1P39880 C1RL-210ENST00000544702 1569 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
CUX1P39880 GPSM2-201ENST00000264126 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
CUX1P39880 LRCH3-201ENST00000334859 2258 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
CUX1P39880 GRAMD2B-218ENST00000542322 2977 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
CUX1P39880 PDE6G-204ENST00000573076 1505 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
CUX1P39880 GRAPL-201ENST00000344415 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
CUX1P39880 ECSIT-209ENST00000591104 1319 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
CUX1P39880 SLC41A3-203ENST00000360370 2169 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.92
CUX1P39880 FADS3-207ENST00000527697 1640 ntTSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.91
CUX1P39880 NME6-203ENST00000415644 849 ntTSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
CUX1P39880 AL139289.2-201ENST00000424948 661 ntTSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
CUX1P39880 KLK4-202ENST00000431178 481 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
CUX1P39880 AL109811.2-201ENST00000447600 487 ntTSL 3 BASIC27.01■■□□□ 1.91
CUX1P39880 METTL21A-209ENST00000448823 869 ntTSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.91
CUX1P39880 CRYGN-205ENST00000491928 698 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
CUX1P39880 CDKN2AIP-205ENST00000510928 860 ntTSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
CUX1P39880 FAM86HP-204ENST00000513466 959 ntBASIC27.01■■□□□ 1.91
CUX1P39880 AC100810.1-201ENST00000518822 978 ntTSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
CUX1P39880 AP001007.1-201ENST00000526796 645 ntTSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
CUX1P39880 COX6B1-204ENST00000592141 660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.01■■□□□ 1.91
CUX1P39880 RAB11B-202ENST00000594216 894 ntTSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
CUX1P39880 SQOR-208ENST00000568606 1792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.91
CUX1P39880 PKN1-201ENST00000242783 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
CUX1P39880 KCNA3-201ENST00000369769 2569 ntAPPRIS P1 BASIC27.01■■□□□ 1.91
CUX1P39880 ETV7-207ENST00000620358 1599 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
CUX1P39880 ZNF711-201ENST00000276123 2887 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
CUX1P39880 TMEM132A-202ENST00000453848 3346 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
CUX1P39880 IL12RB2-202ENST00000371000 2454 ntTSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
CUX1P39880 MEIS3-206ENST00000559524 1828 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
CUX1P39880 TIGAR-201ENST00000179259 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
CUX1P39880 TMEM8A-204ENST00000431232 3691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
CUX1P39880 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
CUX1P39880 RMND1-205ENST00000622845 1484 ntTSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.91
CUX1P39880 NGLY1-207ENST00000428257 2534 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
CUX1P39880 CCL25-201ENST00000253451 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
CUX1P39880 LYPLAL1-202ENST00000366928 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CUX1P39880 TPO-206ENST00000382269 1155 ntTSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
CUX1P39880 AC026954.1-201ENST00000429771 1293 ntBASIC27■■□□□ 1.91
CUX1P39880 ATP11A-AS1-201ENST00000446442 2192 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CUX1P39880 AC009720.1-201ENST00000511867 586 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
CUX1P39880 SLED1-202ENST00000512051 380 ntBASIC27■■□□□ 1.91
CUX1P39880 GCHFR-203ENST00000558670 412 ntTSL 3 BASIC27■■□□□ 1.91
CUX1P39880 SCGB1C2-201ENST00000595228 478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CUX1P39880 WRAP73-202ENST00000378322 1998 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CUX1P39880 ACSM2B-211ENST00000567001 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CUX1P39880 KCNJ2-202ENST00000535240 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CUX1P39880 WDR70-202ENST00000504564 1526 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CUX1P39880 ZNF598-204ENST00000563630 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CUX1P39880 PPIF-201ENST00000225174 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CUX1P39880 CCDC3-201ENST00000378825 2731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CUX1P39880 CHST10-203ENST00000409701 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CUX1P39880 IGSF9-206ENST00000611023 2663 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CUX1P39880 ZNF454-202ENST00000519564 2142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
CUX1P39880 SLC22A16-202ENST00000368919 1987 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CUX1P39880 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CUX1P39880 DPF2-205ENST00000528416 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CUX1P39880 EPN2-203ENST00000395618 2216 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
CUX1P39880 HAUS4P1-201ENST00000406739 1145 ntBASIC27■■□□□ 1.91
CUX1P39880 VDAC1P7-201ENST00000462417 847 ntBASIC27■■□□□ 1.91
CUX1P39880 PLEKHA7-214ENST00000532079 565 ntTSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
CUX1P39880 AC018653.3-202ENST00000538062 735 ntTSL 3 BASIC27■■□□□ 1.91
CUX1P39880 DUX4L45-201ENST00000566406 1057 ntBASIC27■■□□□ 1.91
CUX1P39880 AL354740.1-203ENST00000593917 424 ntTSL 3 BASIC27■■□□□ 1.91
CUX1P39880 KLHDC3-202ENST00000326974 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CUX1P39880 AL592424.1-201ENST00000563624 1536 ntBASIC27■■□□□ 1.91
CUX1P39880 TLE6-202ENST00000452088 1883 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
CUX1P39880 CALM1-216ENST00000626705 1341 ntTSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
CUX1P39880 DDX55-203ENST00000421670 1574 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
CUX1P39880 BNIP3P1-202ENST00000550043 1585 ntBASIC26.99■■□□□ 1.91
CUX1P39880 AIFM3-201ENST00000399163 2309 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
CUX1P39880 AL138694.1-201ENST00000637731 1689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
CUX1P39880 VPS37B-201ENST00000267202 3028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
CUX1P39880 ERICH5-201ENST00000318528 1761 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
CUX1P39880 BRWD1P1-201ENST00000401091 371 ntBASIC26.99■■□□□ 1.91
CUX1P39880 ELP6-209ENST00000446787 894 ntTSL 3 BASIC26.99■■□□□ 1.91
CUX1P39880 AGER-214ENST00000538695 487 ntTSL 2 BASIC26.99■■□□□ 1.91
CUX1P39880 AC243960.2-201ENST00000600996 747 ntBASIC26.99■■□□□ 1.91
CUX1P39880 AGER-215ENST00000620802 737 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
CUX1P39880 RBCK1-215ENST00000640614 2599 ntTSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
CUX1P39880 AC078925.2-201ENST00000624013 1973 ntBASIC26.99■■□□□ 1.91
CUX1P39880 AC120498.9-201ENST00000339021 3867 ntBASIC26.99■■□□□ 1.91
CUX1P39880 BTD-207ENST00000449107 1820 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC26.99■■□□□ 1.91
CUX1P39880 ITGB2-AS1-202ENST00000441379 2282 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
CUX1P39880 XXYLT1-201ENST00000310380 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
CUX1P39880 THEM4-201ENST00000368814 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
CUX1P39880 SH2D2A-202ENST00000368199 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
CUX1P39880 ST3GAL3-201ENST00000262915 2470 ntTSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
CUX1P39880 GTPBP3-201ENST00000324894 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
CUX1P39880 GDF5-202ENST00000374372 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
CUX1P39880 KRT86-201ENST00000293525 2091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
CUX1P39880 AADAT-208ENST00000515480 2193 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
CUX1P39880 ISCA1-201ENST00000311534 813 ntTSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.2 ms