Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 VIPR2-201ENST00000262178 3944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 AHDC1-202ENST00000374011 6438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 GGT7-201ENST00000336431 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 UBALD1-205ENST00000590891 2641 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 CMIP-201ENST00000398040 2825 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 SLC41A3-203ENST00000360370 2169 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 CSTB-204ENST00000640406 2354 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 CGREF1-206ENST00000405600 1346 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 TRAPPC3-210ENST00000617904 1305 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 NFYC-210ENST00000425457 1536 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 CDK2-204ENST00000553376 1725 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 RXRB-201ENST00000374680 2908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 CDC42BPG-201ENST00000342711 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 RECQL4-210ENST00000621189 3896 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 STAT5A-207ENST00000546010 3086 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 ATXN7-213ENST00000538065 6842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 SLC39A13-202ENST00000362021 2296 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 ZNF584-209ENST00000599238 2288 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 MITF-204ENST00000352241 4814 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 ZIC5-201ENST00000267294 4639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 SBSPON-201ENST00000297354 3801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 CSNK1G2-AS1-201ENST00000314315 1252 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 SIVA1-202ENST00000347067 550 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 CBX7-202ENST00000401405 784 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 CYTH4-203ENST00000405206 636 ntTSL 4 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 FOLR3-201ENST00000442948 805 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 KF456478.1-201ENST00000585980 472 ntTSL 3 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 GAK-222ENST00000618573 1248 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 CLN3-246ENST00000636228 1224 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 MREG-205ENST00000620139 2618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 RNF165-204ENST00000587853 2011 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 MDGA2-202ENST00000399232 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 PODNL1-202ENST00000339560 2165 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 AC069281.2-201ENST00000485071 4401 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 DUOXA2-201ENST00000323030 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 RAB37-208ENST00000402449 1560 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 PCDHA1-203ENST00000504120 5263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 EIF5A-206ENST00000571955 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 MYO1D-201ENST00000318217 5563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 AD000864.1-201ENST00000624076 2295 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 PPM1D-201ENST00000305921 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 ZNF385A-203ENST00000394313 2430 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 GATB-209ENST00000512306 1519 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 KDM6A-202ENST00000382899 5789 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 TGIF1-205ENST00000401449 1670 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 TLE2-201ENST00000262953 2705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 ARHGEF4-205ENST00000409359 5489 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 BLOC1S5-202ENST00000397457 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 MRPL2-201ENST00000230413 899 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 CBX2-201ENST00000269399 1061 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 CLEC1B-201ENST00000298527 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 MRPL43-201ENST00000299179 747 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 C11orf71-201ENST00000325636 652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 S100A14-204ENST00000368702 1218 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.58■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 HSD17B10-203ENST00000375304 916 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 NME1-NME2-202ENST00000393193 1021 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 PP14571-201ENST00000404327 934 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 AC107890.1-201ENST00000422478 521 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 S100A14-206ENST00000476873 1025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 AHSA2-208ENST00000489653 1197 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 QPRT-203ENST00000562473 579 ntTSL 3 BASIC20.58■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 AC051619.7-201ENST00000568314 623 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 MIR4453-201ENST00000584019 89 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 AC015911.4-201ENST00000588022 1070 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 RAB3D-202ENST00000589655 924 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 AL390955.2-201ENST00000603032 514 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 CPT2-210ENST00000637252 2739 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.88
CHMP3Q9Y3E7 KCNJ5-201ENST00000338350 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
CHMP3Q9Y3E7 DHCR7-201ENST00000355527 2666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
CHMP3Q9Y3E7 SEMA5B-202ENST00000357599 4792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
CHMP3Q9Y3E7 SNX1-213ENST00000561026 1374 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
CHMP3Q9Y3E7 MANBAL-204ENST00000397151 1503 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.58■□□□□ 0.88
CHMP3Q9Y3E7 MANBAL-205ENST00000397152 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
CHMP3Q9Y3E7 AC004835.1-201ENST00000428222 2907 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CHMP3Q9Y3E7 NCALD-217ENST00000521599 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CHMP3Q9Y3E7 CLDN14-201ENST00000342108 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CHMP3Q9Y3E7 ADGRB2-206ENST00000398556 4879 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CHMP3Q9Y3E7 TBXAS1-210ENST00000458722 2057 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CHMP3Q9Y3E7 AL031731.1-201ENST00000642131 2094 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
CHMP3Q9Y3E7 EPN2-203ENST00000395618 2216 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CHMP3Q9Y3E7 DARS-201ENST00000264161 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CHMP3Q9Y3E7 SSFA2-201ENST00000320370 4965 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CHMP3Q9Y3E7 CADM3-201ENST00000368124 2546 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CHMP3Q9Y3E7 GCFC2-202ENST00000409857 2516 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CHMP3Q9Y3E7 GIT2-202ENST00000354574 5387 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CHMP3Q9Y3E7 ZNF524-201ENST00000301073 1102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CHMP3Q9Y3E7 DYDC2-202ENST00000372197 2022 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CHMP3Q9Y3E7 ADGRA1-202ENST00000392607 4283 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CHMP3Q9Y3E7 BAD-202ENST00000394531 631 ntTSL 3 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CHMP3Q9Y3E7 ADAM22-202ENST00000398201 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CHMP3Q9Y3E7 CENPM-205ENST00000404067 905 ntTSL 3 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CHMP3Q9Y3E7 TEKT4P2-201ENST00000416067 1599 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CHMP3Q9Y3E7 TREML5P-201ENST00000421694 576 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
CHMP3Q9Y3E7 CDH23-AS1-201ENST00000428918 378 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CHMP3Q9Y3E7 TMEM91-205ENST00000436170 864 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CHMP3Q9Y3E7 PPP6R2P1-201ENST00000450880 1275 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
CHMP3Q9Y3E7 AMT-206ENST00000458307 1860 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CHMP3Q9Y3E7 IGHV3-42-201ENST00000520410 361 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
CHMP3Q9Y3E7 BAD-207ENST00000544785 525 ntTSL 3 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CHMP3Q9Y3E7 AC008127.1-201ENST00000548424 499 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 76 ms