Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 AC025678.2-201ENST00000562061 970 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 PFN1-203ENST00000574872 1173 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 MOB3A-209ENST00000592280 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 MIR6080-201ENST00000617359 66 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 UGGT2-212ENST00000621375 1004 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 UGGT2-213ENST00000638479 1010 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 ABCC5-203ENST00000382494 1923 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 AC008677.1-201ENST00000519230 1561 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 CCT2-202ENST00000543146 2189 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 PCGF2-206ENST00000618941 1499 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 ARNTL-201ENST00000389707 2776 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 SLC25A48-203ENST00000425402 2062 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 TAF1B-201ENST00000263663 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 CYMP-AS1-201ENST00000457402 2351 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 IRF3-217ENST00000597198 1741 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 RUNX2-202ENST00000371432 5487 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 CMTM3-202ENST00000424011 2330 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 RNF183-203ENST00000441031 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 LLGL2-209ENST00000578363 1393 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 RASSF1-205ENST00000395126 1657 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 TMUB2-204ENST00000538716 1953 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 SERHL2-203ENST00000340239 1315 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 BID-201ENST00000317361 2495 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 EEFSEC-202ENST00000483457 1859 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 GALE-216ENST00000617979 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 LCE1A-201ENST00000335123 422 ntAPPRIS P1 BASIC16.53■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 LRRC37A5P-201ENST00000374304 1103 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 MRPL28-202ENST00000389675 865 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 RFX3-AS1-201ENST00000423112 552 ntTSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 AC004865.2-202ENST00000444348 852 ntTSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 AC078942.1-201ENST00000448698 589 ntTSL 4 BASIC16.53■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 OST4-203ENST00000456793 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 AC092691.1-201ENST00000484092 554 ntTSL 4 BASIC16.53■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 AC018653.3-201ENST00000544657 749 ntTSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 AC108449.3-201ENST00000560714 585 ntTSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 FSTL3-206ENST00000592947 2144 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 C18orf21-207ENST00000610527 1059 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 AC018529.1-201ENST00000613063 361 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 C18orf21-208ENST00000618334 856 ntTSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 CBR3-AS1-216ENST00000624883 564 ntTSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 PLA2G12A-201ENST00000243501 5226 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 ADAM6-201ENST00000606026 1843 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 DCP1B-201ENST00000280665 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 ACSL6-201ENST00000296869 2561 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 GAL3ST4-201ENST00000360039 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 GUCA1A-203ENST00000394237 2233 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 MPP1-205ENST00000413259 2195 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 EWSR1-222ENST00000629659 2446 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 USP2-202ENST00000455332 2903 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 CD14-202ENST00000401743 1648 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 CYP2U1-202ENST00000508453 3125 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 WBP2-204ENST00000585462 1895 ntTSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 FMNL1-201ENST00000328118 2330 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 TVP23B-201ENST00000307767 2064 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 RCOR3-204ENST00000452621 1827 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 ZNF514-201ENST00000295208 3011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 DCST1-201ENST00000295542 2279 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 FAM181B-201ENST00000329203 3924 ntAPPRIS P1 BASIC16.52■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 CHRNE-201ENST00000293780 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 P4HA2-201ENST00000166534 2230 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 PYCR3-201ENST00000220966 2678 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 CD276-213ENST00000561213 2690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 AC092364.2-201ENST00000596710 2692 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 LINC00313-201ENST00000332440 579 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 H3F3C-201ENST00000340398 1057 ntAPPRIS P1 BASIC16.52■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 CSRP2-202ENST00000546966 754 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 AC015911.4-201ENST00000588022 1070 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 WNT1-202ENST00000613114 1278 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 AL355974.2-201ENST00000614099 556 ntTSL 4 BASIC16.52■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 AL355974.2-202ENST00000617298 936 ntTSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
LHX3Q9UBR4 ALDOA-226ENST00000569798 1499 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 MRPS21-201ENST00000581066 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 SERAC1-201ENST00000367101 1907 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 XKR4-203ENST00000622811 3907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 BX088651.4-201ENST00000435586 2579 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 KRT35-202ENST00000393989 1670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 CCDC181-206ENST00000491570 1652 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 SHISA5-219ENST00000612611 1677 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 DOK4-201ENST00000340099 2772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 ANXA8-203ENST00000583874 1860 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 DOC2B-203ENST00000613549 6048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 NSUN5-202ENST00000310326 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 IKBKE-204ENST00000584998 2487 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 MFSD1-202ENST00000392813 2244 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 IQCE-212ENST00000476665 2400 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 SGSM2-202ENST00000426855 4734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 NPM1-201ENST00000296930 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 KCTD15-202ENST00000430256 2555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 DUOXA1-202ENST00000430224 1317 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 GAL3ST1-203ENST00000402321 1908 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 MCM3AP-AS1-202ENST00000420074 1947 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 RUBCNL-203ENST00000378787 2731 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 AP1AR-201ENST00000274000 2902 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 PPP3CA-201ENST00000323055 4519 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 CCDC110-201ENST00000307588 2898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 GPS1-208ENST00000578552 1874 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 FHL2-201ENST00000322142 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 AC090286.1-201ENST00000354432 1489 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 NTNG1-202ENST00000370065 1485 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 TUBB6-211ENST00000591208 1492 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.6 ms