Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 AC133550.1-201ENST00000563565 295 ntTSL 3 BASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 AC040963.1-202ENST00000589729 644 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 AC010503.2-201ENST00000599292 296 ntTSL 3 BASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 AL096865.1-201ENST00000606796 927 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 SBK3-202ENST00000612221 1270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 AC093512.1-201ENST00000617969 520 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 AC010507.1-202ENST00000633286 381 ntTSL 3 BASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 PML-215ENST00000565898 5393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 FADS3-207ENST00000527697 1640 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 AC092919.2-201ENST00000623631 1645 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 BET1L-203ENST00000382762 2819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 TMEM25-202ENST00000354064 1965 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 PCBP3-204ENST00000400309 1986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 RREB1-204ENST00000379938 8778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 IQCE-210ENST00000438376 2170 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 GALNT18-201ENST00000227756 2504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 FAM234A-203ENST00000399932 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 AC132872.2-201ENST00000581303 2368 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 FBXO4-201ENST00000281623 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 CCDC183-201ENST00000338005 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 ENOSF1-202ENST00000340116 1658 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 HYAL3-207ENST00000621157 1696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 PUDP-203ENST00000424830 1334 ntTSL 3 BASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 AKAP8P1-201ENST00000434743 1349 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 PDE4A-201ENST00000293683 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 GRB7-201ENST00000309156 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 SPN-201ENST00000360121 6894 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 NPM2-203ENST00000397940 1874 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 UQCC3-202ENST00000531323 2288 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.12■□□□□ 0.01
MSX1P28360 CD244-203ENST00000368034 2463 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
MSX1P28360 SERF2-203ENST00000381359 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
MSX1P28360 ADARB1-204ENST00000389863 3563 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
MSX1P28360 ZNRF3-201ENST00000402174 2667 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
MSX1P28360 AC226118.1-201ENST00000515213 2146 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
MSX1P28360 AL357673.1-201ENST00000637610 2542 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
MSX1P28360 OLIG2-201ENST00000333337 3262 ntAPPRIS P1 BASIC15.11■□□□□ 0.01
MSX1P28360 CHTOP-203ENST00000368690 2165 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
MSX1P28360 ANKRD23-203ENST00000418232 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
MSX1P28360 TTC8-216ENST00000614125 2377 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
MSX1P28360 ADAMTS13-206ENST00000371929 4934 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
MSX1P28360 CIB3-201ENST00000269878 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
MSX1P28360 ALKBH6-202ENST00000378875 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
MSX1P28360 MECP2-203ENST00000407218 1174 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
MSX1P28360 LINC00029-202ENST00000414668 1117 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
MSX1P28360 TTC31-205ENST00000442235 958 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
MSX1P28360 BCRP1-201ENST00000444246 691 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
MSX1P28360 PTGES3-204ENST00000448157 1017 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
MSX1P28360 ITGA9-AS1-209ENST00000450990 562 ntTSL 4 BASIC15.11■□□□□ 0.01
MSX1P28360 LINC01640-201ENST00000452505 550 ntTSL 4 BASIC15.11■□□□□ 0.01
MSX1P28360 AC023141.5-201ENST00000458585 616 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
MSX1P28360 SMCO4-204ENST00000527149 472 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
MSX1P28360 KRTAP5-9-201ENST00000528743 1136 ntAPPRIS P1 BASIC15.11■□□□□ 0.01
MSX1P28360 CFL1-212ENST00000531413 636 ntTSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
MSX1P28360 BRF1-219ENST00000551787 824 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
MSX1P28360 AC025678.2-201ENST00000562061 970 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
MSX1P28360 TMEM97-205ENST00000583381 578 ntTSL 4 BASIC15.11■□□□□ 0.01
MSX1P28360 AC022145.2-201ENST00000598203 171 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
MSX1P28360 LETM2-201ENST00000297720 1693 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
MSX1P28360 ACP5-212ENST00000592828 1699 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
MSX1P28360 DENND3-201ENST00000262585 5438 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
MSX1P28360 LINC00323-202ENST00000441268 2095 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
MSX1P28360 MTA2-204ENST00000527204 2265 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
MSX1P28360 SLC6A9-202ENST00000360584 2330 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
MSX1P28360 JKAMP-215ENST00000616435 2338 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
MSX1P28360 CLEC18C-201ENST00000314151 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
MSX1P28360 CLEC18A-208ENST00000568461 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
MSX1P28360 AC139530.2-201ENST00000571730 1922 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
MSX1P28360 GGT4P-201ENST00000623672 1708 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
MSX1P28360 OPCML-202ENST00000374778 1302 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
MSX1P28360 CYP2S1-201ENST00000310054 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
MSX1P28360 ZFYVE19-203ENST00000355341 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
MSX1P28360 JMJD4-206ENST00000615711 2591 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
MSX1P28360 RPH3AL-222ENST00000618002 2578 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
MSX1P28360 DOLPP1-202ENST00000372546 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
MSX1P28360 CBWD1-201ENST00000314367 1771 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
MSX1P28360 TK2-201ENST00000299697 5114 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
MSX1P28360 KSR1-201ENST00000268763 2806 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
MSX1P28360 PCDHA2-201ENST00000378132 2626 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
MSX1P28360 PDXP-202ENST00000403251 1571 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
MSX1P28360 RBM47-212ENST00000514014 2419 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
MSX1P28360 PITPNM2-208ENST00000542749 6660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
MSX1P28360 CDKN1B-201ENST00000228872 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
MSX1P28360 PROSER2-201ENST00000277570 3333 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
MSX1P28360 NFATC4-203ENST00000422617 5491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
MSX1P28360 ABLIM2-202ENST00000361581 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
MSX1P28360 TLE2-204ENST00000455444 2253 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
MSX1P28360 NACC2-201ENST00000277554 6899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
MSX1P28360 C11orf24-201ENST00000304271 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
MSX1P28360 LINC00472-203ENST00000426635 2958 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
MSX1P28360 NUP50-202ENST00000396096 1895 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
MSX1P28360 PSMA8-202ENST00000343848 1675 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
MSX1P28360 TMTC4-203ENST00000376234 3483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
MSX1P28360 OPN5-204ENST00000489301 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
MSX1P28360 MIER1-205ENST00000371014 1728 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
MSX1P28360 MIB1-201ENST00000261537 9576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
MSX1P28360 PDE2A-226ENST00000544570 3119 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
MSX1P28360 NKX2-6-201ENST00000325017 906 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
MSX1P28360 FAM24B-201ENST00000368896 704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
MSX1P28360 DANCR-201ENST00000411630 904 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
MSX1P28360 RNASEH1-AS1-202ENST00000438436 1218 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.4 ms