Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 AL589182.1-202ENST00000548416 533 ntTSL 4 BASIC16.61■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 AC087641.1-201ENST00000557561 1021 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 AC013565.3-202ENST00000570120 460 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 IFNL4P1-201ENST00000607083 540 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 AC018529.2-201ENST00000612024 828 ntTSL 4 BASIC16.61■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 SMN2-213ENST00000614240 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 BSG-214ENST00000614867 960 ntTSL 3 BASIC16.61■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 MIR1199-201ENST00000621445 119 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 PLA2G16-206ENST00000639271 957 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 SARDH-205ENST00000422262 2367 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 EYA2-208ENST00000497062 2384 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 GIT2-220ENST00000553118 2424 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 AC129492.6-201ENST00000611383 1305 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 HNRNPDL-210ENST00000630827 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 PHTF1-205ENST00000393357 3244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 DAND5-202ENST00000585548 1731 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 SLC16A3-211ENST00000581287 4830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 GFM1-208ENST00000478576 2147 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 SEPT9-211ENST00000585930 1387 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 C17orf100-201ENST00000542475 1756 ntAPPRIS P1 BASIC16.61■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 FAM160B1-202ENST00000369248 5810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 FRMD5-202ENST00000417257 5011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 CLCN7-202ENST00000382745 4720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 TXNDC2-201ENST00000306084 1873 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 SCP2-201ENST00000371509 1889 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 PCGF3-213ENST00000620529 1899 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 SMG1P3-206ENST00000522841 2774 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 FUT5-201ENST00000252675 1916 ntAPPRIS P1 BASIC16.6■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 SLC27A6-201ENST00000262462 3219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 NLGN4X-203ENST00000381093 5865 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 COQ8B-201ENST00000243583 2041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 SLITRK4-201ENST00000338017 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 SPATC1-201ENST00000377470 2007 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 ZNF418-208ENST00000599852 2501 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 PEX6-202ENST00000304611 3478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 AC067930.6-201ENST00000623257 4947 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 PRPF31-201ENST00000321030 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 PCDH19-202ENST00000373034 9756 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 ASB7-202ENST00000343276 1694 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 GALNT14-201ENST00000324589 2169 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 PTPN21-201ENST00000328736 6089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 C14orf93-202ENST00000341470 2221 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 TMC6-216ENST00000590602 5268 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 SGSH-201ENST00000326317 2784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 AC006449.6-201ENST00000612330 2296 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 DNAJB8-AS1-201ENST00000471626 1798 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 SNHG17-206ENST00000436764 973 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 AC136632.2-201ENST00000512891 861 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 TSPAN4-214ENST00000525201 834 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 AC005412.3-201ENST00000580309 715 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 AC022150.1-201ENST00000599222 640 ntTSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 C18orf21-207ENST00000610527 1059 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 SSBP1-215ENST00000612337 884 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 C18orf21-208ENST00000618334 856 ntTSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 BTC-201ENST00000395743 2816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 PRMT5-203ENST00000397440 1907 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 KIF26A-201ENST00000315264 6714 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 AFG3L2-201ENST00000269143 3247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 PTPRO-202ENST00000348962 5061 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 KCNT1-214ENST00000631073 3948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 RAB37-208ENST00000402449 1560 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 PITPNM2-208ENST00000542749 6660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 LTBR-201ENST00000228918 2260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 CORO2B-201ENST00000261861 3569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 SHISA5-208ENST00000442747 2250 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 CORO2B-204ENST00000566799 3566 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 HOXA5-201ENST00000222726 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 ZMIZ2-202ENST00000309315 5144 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 CYP4F22-202ENST00000601005 2445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 SERTM1-201ENST00000315190 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 AL512625.1-201ENST00000305709 2541 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 COL4A1-204ENST00000543140 2547 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 SLC22A12-201ENST00000336464 1854 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 CCDC116-203ENST00000607942 1913 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 SLC25A48-203ENST00000425402 2062 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 KEAP1-201ENST00000171111 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 DHDH-201ENST00000221403 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 MRNIP-201ENST00000292586 1238 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 SLX1A-202ENST00000345535 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 SLX1B-202ENST00000351581 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 CYCS-202ENST00000409409 974 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.59■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 TSTD1-204ENST00000423014 593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 AL391069.2-202ENST00000447795 622 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 AC080013.1-201ENST00000495318 566 ntTSL 4 BASIC16.59■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 FGD4-212ENST00000534526 2977 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 AL450267.1-201ENST00000557174 520 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 ETFA-208ENST00000559602 792 ntTSL 3 BASIC16.59■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 PPP1R1B-208ENST00000580825 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 CLEC4GP1-201ENST00000596555 870 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 ADORA1-209ENST00000640524 653 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 PER1-201ENST00000317276 4707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 ADORA1-203ENST00000367235 2219 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 FOXP3-202ENST00000376199 2274 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 FDX1-201ENST00000260270 3206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 TNFAIP3-207ENST00000614035 1430 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 MXI1-202ENST00000332674 3470 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 RSRP1-201ENST00000243189 1502 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 MLLT6-210ENST00000620609 2714 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 POLI-208ENST00000579534 6133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
VPS39Q96JC1 LETM2-201ENST00000297720 1693 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.2 ms