Protein–RNA interactions for Protein: Q13286

CLN3, Battenin, humanhuman

Predictions only

Length 438 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3Q13286 ETV3L-201ENST00000454449 1976 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 INPP4A-204ENST00000409540 3231 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 ACTN4-201ENST00000252699 4963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 KLK15-201ENST00000326856 1389 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 CLN3-201ENST00000333496 1608 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 MAP4K4-205ENST00000350878 7640 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 NR4A2-204ENST00000409572 2878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 SNHG22-201ENST00000589499 1615 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 PLEKHB1-203ENST00000398492 2275 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 SCNN1D-201ENST00000325425 2679 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 LRRC32-202ENST00000404995 2656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 SZT2-AS1-201ENST00000396885 699 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 AL669831.5-201ENST00000434264 844 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 SERBP1P3-201ENST00000459980 809 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 AC092658.1-201ENST00000505836 891 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 AC124067.4-202ENST00000522471 397 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 AC009133.1-203ENST00000569039 589 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 ALAS2-203ENST00000396198 1936 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 HIST1H2AC-202ENST00000377791 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 LTBP4-205ENST00000396819 4764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 IL17RC-206ENST00000416074 2342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 SPC24-206ENST00000592540 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 AFG3L1P-203ENST00000418696 2965 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 RAB40C-203ENST00000535977 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 CASZ1-202ENST00000377022 7936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 ULBP2-201ENST00000367351 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 IRF3-217ENST00000597198 1741 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 AC068880.1-201ENST00000507289 2297 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 ROCK2-209ENST00000616279 6401 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 AP005717.1-201ENST00000500705 1899 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 CROCCP3-201ENST00000263511 5368 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 DDX17-211ENST00000640332 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 DDX17-212ENST00000640668 2196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 FAM222A-201ENST00000358906 2731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 PIGQ-203ENST00000321878 3006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 CPEB2-204ENST00000382401 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 B3GALT5-206ENST00000615480 2617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 POMK-203ENST00000614426 1527 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 PCDHGC5-202ENST00000610789 2763 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 SF1-203ENST00000377387 2947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 MYZAP-201ENST00000267853 2361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 KANSL1L-201ENST00000281772 4754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 EEF1B2-201ENST00000236957 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 PDSS2-201ENST00000369031 1236 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 RAB34-206ENST00000415040 1293 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 VAT1-202ENST00000420567 1069 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 IQCF3-202ENST00000440739 505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 AC025442.1-201ENST00000521596 481 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 TMEM5-AS1-201ENST00000546214 563 ntTSL 4 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 ZNF586-205ENST00000598885 578 ntTSL 4 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 SRD5A3P1-201ENST00000603021 949 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 AL512343.1-201ENST00000605837 169 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 AL606495.2-201ENST00000605867 535 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 FHL2-212ENST00000607522 759 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 AC107419.1-202ENST00000608735 1081 ntTSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 NDUFS7-218ENST00000618074 688 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 CD1D-201ENST00000368171 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 PTPN5-202ENST00000396166 2299 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 IQSEC2-202ENST00000396435 6015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 CXCL6-201ENST00000226317 1718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 THEG-201ENST00000342640 1877 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 CXXC1P1-201ENST00000483225 1897 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 C21orf58-203ENST00000397680 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 TJP3-205ENST00000587686 2946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 PIMREG-201ENST00000250056 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 PDCD5-203ENST00000419343 1799 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 GABRB3-202ENST00000311550 5781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 NRG1-216ENST00000523079 2359 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 PRSS36-201ENST00000268281 2840 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 RNFT2-204ENST00000407967 2415 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 FKBP6-202ENST00000413573 1507 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 MRPS22-212ENST00000495075 1547 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 ACTN3-203ENST00000513398 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 PRRT4-205ENST00000489835 2313 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 TJP1-212ENST00000614355 6977 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 SLC34A2-202ENST00000503434 2174 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 GNE-204ENST00000539208 2190 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 SLC22A12-201ENST00000336464 1854 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 VGLL4-202ENST00000413604 1554 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 DDHD1-201ENST00000323669 5503 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 ZFP91-201ENST00000316059 5220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 NBL1-201ENST00000289749 731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 SCAND1-201ENST00000305978 902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 ACRV1-201ENST00000315608 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 CCDC84-201ENST00000334418 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 NTMT1-201ENST00000372480 852 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 BEX3-203ENST00000372635 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 PRAF2-201ENST00000376386 801 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 PIR-201ENST00000380420 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 KRTAP10-1-201ENST00000400375 1215 ntAPPRIS P1 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 LINC00116-202ENST00000426713 461 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 ZNF589-204ENST00000440261 917 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 Z94721.1-201ENST00000444102 385 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 MYCLP2-201ENST00000449268 967 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 AC091729.1-201ENST00000449721 869 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 AC099552.3-201ENST00000454149 367 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 RHOXF1P1-201ENST00000454625 772 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 IL12A-202ENST00000466512 1283 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 HSPB7-207ENST00000487046 844 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CLN3Q13286 SERF1B-208ENST00000515588 792 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48 ms