Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 TICAM2-201ENST00000427199 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 CACNA1I-201ENST00000401624 6740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 FADS1-216ENST00000542506 1725 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 SYBU-209ENST00000446070 2919 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 PPP1R3G-201ENST00000405617 4907 ntAPPRIS P1 BASIC19.48■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 SMIM25-203ENST00000425497 2010 ntTSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 WDR45B-201ENST00000392325 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 NAGK-208ENST00000455662 1778 ntTSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 BID-201ENST00000317361 2495 ntTSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 AP2A2-201ENST00000332231 4656 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 SALL4-203ENST00000395997 1918 ntTSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 TMUB2-212ENST00000589785 1918 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 PRMT6-201ENST00000370078 2616 ntAPPRIS P1 BASIC19.47■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 AC069281.2-201ENST00000485071 4401 ntTSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 RAP1GDS1-203ENST00000380158 2085 ntTSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 BCL2-202ENST00000398117 7461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 YTHDF1-202ENST00000370339 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 DPF3-204ENST00000546183 1514 ntTSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC181-206ENST00000491570 1652 ntTSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 AC006063.2-201ENST00000640161 1696 ntTSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 UPK3B-202ENST00000334348 2373 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 DYNC1LI1-204ENST00000432458 1827 ntTSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 FAM46A-201ENST00000320172 5609 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 CDH15-201ENST00000289746 2847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 FGF8-203ENST00000346714 694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 MAL-203ENST00000353004 873 ntTSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 C1QC-202ENST00000374639 1183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 PDHA1-203ENST00000379805 734 ntTSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 RNU1-129P-201ENST00000384064 167 ntBASIC19.47■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 IGKV4-1-201ENST00000390243 538 ntAPPRIS P1 BASIC19.47■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 MCFD2-205ENST00000409218 648 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 PDE6D-202ENST00000409772 672 ntTSL 3 BASIC19.47■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 MCFD2-208ENST00000409973 821 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 AP000688.4-201ENST00000436303 446 ntTSL 3 BASIC19.47■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 HYAL1-206ENST00000447605 666 ntTSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 PMF1-BGLAP-203ENST00000490491 1007 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 PLA2G12A-202ENST00000502283 1189 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 FCHSD1-204ENST00000519800 802 ntTSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 ANAPC11-210ENST00000574924 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 U1.21-201ENST00000580816 167 ntBASIC19.47■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 CALM3-211ENST00000598871 561 ntTSL 4 BASIC19.47■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 LRP11-201ENST00000239367 3260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 DACT1-202ENST00000395153 3734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 FAM104A-202ENST00000405159 2865 ntTSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 CDK11B-208ENST00000629289 2490 ntTSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 IL3RA-202ENST00000381469 1476 ntTSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 GUCD1-203ENST00000404664 1606 ntTSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 MIR155HG-201ENST00000456917 1600 ntTSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 MRPL57-201ENST00000309594 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 SLC46A2-201ENST00000374228 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 KCNA5-201ENST00000252321 2800 ntAPPRIS P1 BASIC19.47■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 REPS1-208ENST00000450536 4537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 CTCF-201ENST00000264010 3939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 PEX6-202ENST00000304611 3478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 FEN1-201ENST00000305885 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 ATXN2-201ENST00000377617 4702 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 COL27A1-201ENST00000356083 7790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 AL592424.1-201ENST00000563624 1536 ntBASIC19.46■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 UBAC2-203ENST00000403766 1375 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 PRKD2-216ENST00000601806 2906 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 SAE1-202ENST00000392776 1851 ntTSL 3 BASIC19.46■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 AL121845.3-201ENST00000490623 3119 ntTSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 ADAM9-206ENST00000481513 2387 ntTSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 SFTPC-201ENST00000318561 997 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 GUK1-203ENST00000366718 1275 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC19.46■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 AL049795.1-201ENST00000373604 642 ntTSL 3 BASIC19.46■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 UBE2C-206ENST00000405520 641 ntTSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 ATP6V0CP3-201ENST00000417255 467 ntBASIC19.46■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 AL162431.1-201ENST00000434447 543 ntTSL 3 BASIC19.46■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 AC092910.1-201ENST00000482027 1129 ntBASIC19.46■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 BRICD5-202ENST00000562360 783 ntTSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 OVCA2-201ENST00000572195 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 SNHG15-203ENST00000578968 982 ntTSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 AC036176.1-201ENST00000589905 785 ntTSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00454-206ENST00000609861 841 ntTSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 UBE2C-208ENST00000617055 705 ntTSL 3 BASIC19.46■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 LONRF3-203ENST00000422289 2898 ntTSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 CORO2B-201ENST00000261861 3569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 CORO2B-204ENST00000566799 3566 ntTSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 SCRIB-202ENST00000356994 5218 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 MDGA2-202ENST00000399232 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 CHMP5-201ENST00000223500 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 ATP4B-201ENST00000335288 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC59-201ENST00000256151 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 HSFX1-201ENST00000370416 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM143-202ENST00000377431 1960 ntTSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 ZDHHC4-206ENST00000405731 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM51-202ENST00000376014 1843 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 ACSS1-201ENST00000323482 3680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 ARL8B-201ENST00000256496 3005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 ANKK1-201ENST00000303941 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 AC005253.1-201ENST00000597411 2001 ntTSL 4 BASIC19.46■□□□□ 0.71
LIMCH1Q9UPQ0 FOXO3-202ENST00000406360 7341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
LIMCH1Q9UPQ0 DCLK2-201ENST00000296550 4265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
LIMCH1Q9UPQ0 DDX5-201ENST00000225792 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
LIMCH1Q9UPQ0 CHRNG-201ENST00000389492 1398 ntTSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
LIMCH1Q9UPQ0 AC012485.3-201ENST00000637634 2424 ntTSL 5 BASIC19.45■□□□□ 0.7
LIMCH1Q9UPQ0 RHCE-201ENST00000294413 1591 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC90B-202ENST00000455220 1550 ntTSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
LIMCH1Q9UPQ0 RASA4-204ENST00000462172 2634 ntTSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 103.6 ms