Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 MRFAP1-205ENST00000617365 2112 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 HNRNPUL2-BSCL2-201ENST00000403734 4001 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 ABTB1-201ENST00000232744 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 SSC5D-202ENST00000587166 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 ZSWIM8-201ENST00000398706 6062 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 SLC25A35-205ENST00000580340 1541 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 FBN2-205ENST00000508989 4987 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 ATG9B-212ENST00000639579 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 SLC30A5-202ENST00000396591 4360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 NEDD4-202ENST00000435532 5869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 CLDN5-202ENST00000406028 2548 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 TBXAS1-204ENST00000416849 2505 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 TIA1-206ENST00000445587 1440 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 RIC8B-203ENST00000392839 2440 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 RAVER2-202ENST00000371072 4362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 PTPN12-201ENST00000248594 3406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 MRGPRF-202ENST00000320913 705 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 TEX30-202ENST00000376021 1038 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 COLEC11-205ENST00000402922 1134 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 TAS2R41-201ENST00000408916 924 ntAPPRIS P1 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 AL158071.2-201ENST00000423380 815 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 AC124057.1-201ENST00000433035 404 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 PAEP-208ENST00000479141 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 PRR29-209ENST00000582540 967 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 MIR4453-201ENST00000584019 89 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 ZNF667-AS1-202ENST00000586091 678 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 TNNT1-211ENST00000588426 683 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 AC254562.3-201ENST00000626627 631 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 ACY1-212ENST00000635797 1294 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 PRDM5-212ENST00000515109 2259 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 DNM1-216ENST00000634267 2909 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 LRRTM1-202ENST00000409148 2126 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 IL12RB1-201ENST00000322153 1902 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 RPS5-202ENST00000596046 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 MYC-202ENST00000377970 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 FRMPD4-201ENST00000380682 8465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 NT5DC3-201ENST00000392876 7207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 KCNK7-203ENST00000394216 1563 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 ERLEC1-201ENST00000185150 2433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 ZNF773-201ENST00000282292 2206 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 COL9A1-201ENST00000320755 3059 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 ABHD3-209ENST00000580981 1836 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 DMRTA2-201ENST00000404795 3137 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 C14orf28-201ENST00000325192 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 ZFP41-201ENST00000330701 4797 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 TTLL10-201ENST00000379288 2114 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 ARHGEF19-201ENST00000270747 3029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 PTPN6-204ENST00000456013 2389 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 FHAD1-205ENST00000375997 1459 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 NDUFV1-223ENST00000532303 1493 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 NOX4-215ENST00000534731 2156 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 AFMID-201ENST00000327898 1700 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 SLC38A6-202ENST00000354886 1730 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 MRGPRD-201ENST00000309106 966 ntAPPRIS P1 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 RPL21-203ENST00000319826 806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 C1orf43-203ENST00000368516 872 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 TRAPPC3-203ENST00000373163 951 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 MIR661-201ENST00000384842 89 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 RAC2-204ENST00000406508 893 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 AL365255.1-202ENST00000413887 363 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 AC015922.1-201ENST00000421102 1152 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 AP001471.1-201ENST00000454245 672 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 CCDC159-201ENST00000458408 1062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 AC092691.1-201ENST00000484092 554 ntTSL 4 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 LINC02242-201ENST00000507298 641 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 AC106795.3-201ENST00000511650 547 ntTSL 4 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 TMSB15B-204ENST00000540220 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 ASXL1-206ENST00000542461 1068 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 AC015712.4-202ENST00000558641 1007 ntTSL 4 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 TMSB15B-205ENST00000563257 590 ntTSL 4 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 AC067852.1-201ENST00000585572 594 ntTSL 4 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 YTHDF3-AS1-201ENST00000603538 718 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 AC006974.1-201ENST00000637928 1501 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 SELENOF-201ENST00000331835 1781 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 SSB-202ENST00000409333 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 TCEA1-201ENST00000396401 2718 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 GPBAR1-204ENST00000522678 2003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 TMTC4-203ENST00000376234 3483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 LRFN3-201ENST00000246529 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 FBXL5-202ENST00000412094 2837 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 RAB31-207ENST00000578921 4055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 RTN4-204ENST00000357732 2390 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 PODXL-202ENST00000378555 2105 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 MARVELD3-204ENST00000565261 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 ATRNL1-201ENST00000355044 8479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 ZNF419-204ENST00000415379 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 ARHGEF4-206ENST00000428230 2172 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 KCTD14-201ENST00000353172 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 NYX-201ENST00000342595 2713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 AC026471.1-201ENST00000564629 3026 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 AD000671.3-202ENST00000591091 1712 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 SGPP2-201ENST00000321276 3336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 AC060834.1-201ENST00000443027 2032 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 MAPKAPK3-208ENST00000621469 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 LSP1-203ENST00000405957 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 APLNR-203ENST00000611099 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 PDCD7-201ENST00000204549 2851 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 PITPNC1-203ENST00000580974 6182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 BHMT2-205ENST00000521567 1537 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 ZSCAN10-202ENST00000538082 2350 ntTSL 4 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.7 ms